2020 Fiscal Year Research-status Report
Investigation of the diversity of infection mechanisms of phytoplasmas in the Pacific island nations through genomic and epidemiological studies
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20KK0132
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
志柿 俊朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (90825217)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前島 健作 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (20726062)
宮崎 彰雄 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (70847748)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2025-03-31
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| Keywords | ファイトプラズマ / 分子疫学 / 遺伝的多様性 / ゲノム / 太平洋島嶼国 / LAMP |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、太平洋島嶼国の農業生産上の脅威となっている昆虫媒介性病害ファイトプラズマ病に関して、(1)作物並びに周辺の中間宿主植物における感染状況を網羅的に解明し、(2)島嶼地域におけるファイトプラズマの遺伝的多様性を解明し、宿主範囲および伝染環を特定する。これらの結果をもとに(3)ファイトプラズマの多様性獲得の進化メカニズムを明らかにするとともに、多様性にもとづいた新たな観点での予防技術を開発することを目的とする。
本年度は、COVID-19の影響により日本と現地との間での往来が困難で、現地でも厳しい外出制限等があったため、現地協力者との間でウェブ会議およびメール会議により研究方法に関する議論を実施するとともに、現地での調査に必要な実験試薬等の確認と送付をおこない、研究推進のための準備を進めた。また、純粋培養が困難なファイトプラズマのゲノム解読を効率的に行うことを目指して、DNA修飾の差異を利用して植物ゲノムとファイトプラズマゲノムを分離し、ファイトプラズマゲノムを数十倍に濃縮する技術を確立し、それを用いた高効率なゲノム解読が可能であることを実証した。この技術を用いることで、実際にフィールドで発生したファイトプラズマ罹病植物を直接の材料として、ファイトプラズマのドラフトゲノム情報を容易に取得可能であることを明らかにした。この成果は、本研究におけるファイトプラズマの遺伝的多様性の解明の基盤をなすきわめて重要な知見である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
COVID-19による影響はあるものの想定の範囲内であり、研究推進に向けた連携を構築できている。また、本研究の遂行に必須となる技術確立も着実に進めることができており、おおむね順調に進展していると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
各国の協力者との間で情報交換を進め、現地での調査・サンプリングを実施する。日本からの渡航の是非は、COVID-19の影響を勘案して検討する。フィリピンでの調査を効率的に実施するため、現地の学会にオンライン参加し、プロジェクトに関するプレゼンテーションと情報交換を実施する。また、関連する成果を国内の学会において発表する。
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| Causes of Carryover |
現地との間で渡航が困難であり、現地においても外出制限が課されるなど、フィールドでの調査が困難だったため。次年度は調査や渡航が可能になり次第、計画に沿って使用を進める。
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