2022 Fiscal Year Research-status Report
Investigation of the diversity of infection mechanisms of phytoplasmas in the Pacific island nations through genomic and epidemiological studies
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20KK0132
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
志柿 俊朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (90825217)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前島 健作 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20726062)
宮崎 彰雄 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (70847748)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2025-03-31
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| Keywords | ファイトプラズマ / ゲノム解析 / フィリピン / ソロモン / ブーゲンビル |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2022年度中、コロナウイルスの影響などもあり調査対象となっている各国への渡航は困難で、物資のやり取りにも時間を要する状況であったが、フィリピンとソロモン諸島においては幸い現地研究者の多大な協力があった。特に年度内では、ソロモン諸島から送られたFTAカードによる感染植物サンプルの解析が進んだ。LAMP・PCR陽性のサンプルが6検体見つかり、シーケンス解析の結果、全て同じ種に属するファイトプラズマと同定され、現地における伝染環の一端が明らかになった。
フィリピンでは現地の協力者が多数のサンプル採集を行ったが、DNAの解析は行われていない。但し、フィリピン各島で採集された植物の病徴を見る限り、ファイトプラズマに感染していると思われるものが多数ある。
ブーゲンビルでの調査は現地からの情報が乏しく、渡航・調査に至っていない。ただし、過去にファイトプラズマ感染の植物は報告されており、適宜現地情報の収集に努めた。
加えて、これまで未確立となっていた、同種のファイトプラズマ系統間における遺伝的近縁性の評価手法として、全ゲノム情報を用いることの有用性を評価した。その結果、全ゲノム情報に基づく比較により、同じ地域の異なる宿主植物、あるいは異なる地域の同種の宿主植物から得られたファイトプラズマに関して、近縁性を正しく評価できると考えられる結果が得られた。本法は、今後の島嶼部におけるファイトプラズマの伝染環の解明に役立つことが期待される。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究開始から2022年度まで、コロナウイルスによる渡航制限があり、現地渡航が非常に難しい状況であった。また、フィリピンやソロモン諸島の現地においても活動は制限され、調査やサンプル採集が予定通りに進まなかった。ただし、オンラインによる頻繁なミーティングを行い、現地協力者にも、状況下出来得る限り活動していただいたため、サンプルがかなり収集できたのは幸運であった。従って全体としてはやや遅れている程度である。
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| Strategy for Future Research Activity |
2023年5月現在コロナウイルスによる渡航制限はほぼ解除されている。そのため積極的な渡航が可能になると思われる。これまでの様にFTAカードのみではなく、実際の植物体やDNAを直接持ち帰る事が可能となる。2023年度中に渡航してのサンプリングは終えて、解析に注力するようにしたい。
フィリピンでの学会は現地情報を得るのに貴重な機会であるが、これまでコロナウイルスの影響で中止あるいはオンラインでの開催であった。本年度より現地開催となり、活発な情報収集ができるようになると思う。また、現地の協力者の方にも日本を訪問していただこうと考えている。
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| Causes of Carryover |
2022年度は新型コロナウイルスの影響により、海外渡航による調査や現地研究者による現地調査も困難な状況にあった。2023年度は国内研究者の海外渡航による調査を複数回実施するとともに、現地研究者による調査費用を支出予定であり、研究の進展が期待される。
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