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2022 Fiscal Year Research-status Report

新たな創薬資源の採集調査と新奇天然物生合成マシナリーの探索と解明

Research Project

Project/Area Number 20KK0173
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

阿部 郁朗  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 淡川 孝義  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (80609834) [Withdrawn]
森 貴裕  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (60734564)
牛丸 理一郎  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (10873648)
Project Period (FY) 2020-10-27 – 2024-03-31
Keywords創薬資源採集調査 / 天然物生合成 / 生合成マシナリー / 生物多様性
Outline of Annual Research Achievements

以下の4つの項目を2020年度から4年間の計画で遂行した。
(1)植物内生菌、土壌微生物の最終単離(中国側が主導)長鎖対象地域として、未開拓薬用資源の宝庫、生物多様性ホットスポットとされる、中国南西部を選択した。(2)低分子化合物の単離構造決定、生物活性評価(中国側が主導)上述したカルチャー・コレクションについて、異なる培養条件下で二次代謝産物生産を詳細に検討し、微生物が生産する二次代謝産物とその生物活性を網羅的に解析した。(3)生合成マシナリーの解明と物質生産系の構築(日本側と中国側で同時進行)上述したカルチャー・コレクションで、有用な生物活性物質生産能を示した微生物について、全ゲノム配列を決定し、バイオインフォマティクスの技術を駆使したゲノムマイニングにより、テルペン、ポリケタイド、ペプチドなど、生物間相互作用に重要な役割を演ずる可能性が予想される創薬シード合物の新奇生合成酵素遺伝子を網羅的に探索し、その生合成マシナリーの詳細を解明る。大腸菌や酵母、麹菌などを宿主として、これら遺伝子の異種発現による物質生産系を構築する。有機化学を基盤として、生合成反応機構の詳細を酵素遺伝子レベルで明らかにする。(4)酵素結晶構造解析、機能改変と生合成リデザイン(日
本側が主導)X線結晶構造解析により、酵素反応の立体構造基盤を明らかにするとともに、結晶構造に基づく酵素触媒機能の拡張と最適化をめざす。さらなる構造多様性の拡大と物質生産系の構築を実現し、所望の構造を有する、天然物を凌ぐ新規有用活性物質の安定供給をめざした。
昨年度も、新奇トリテルペン生合成経路の発見など、質量ともに充実した研究成果をあげることに成功した。また、6月、9 月、11月の3回、日中若手シンポジウムをオンラインで開催した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新型コロナウイルス感染拡大により依然として互いの往来はならなかったが、共同研究成果が着実に多くの優れた共著論文に実りつつある。

Strategy for Future Research Activity

今年度は最終年度。昨年度に引き続き、上述した4つの項目を年間計画で同時進行させる。本年度こそは、研究代表者を含め、若手研究者を戦略的に当該地域に派遣し、国際共同研究を強力に推進することで、独創的、先駆的な研究を格段に発展させる。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症拡大が本年も終息することなく、入国制限によりポスドクや留学生の来日が困難になり来年度にずれこんだため。結果として、試薬・ガラス器具などの購入に充てる物品費、また、研究成果発表を予定していた国際学会が延期になったため旅費、など次年度に繰りこした。

  • Research Products

    (25 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 5 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 曁南大学/武漢大学/北京中医薬大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      曁南大学/武漢大学/北京中医薬大学
  • [Int'l Joint Research] ボン大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ボン大学
  • [Journal Article] Discovery of non-squalene triterpenes2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Lauterbach Lukas、Bian Guangkai、Chen Rong、Hou Anwei、Mori Takahiro、Cheng Shu、Hu Ben、Lu Li、Mu Xin、Li Min、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Moriya Toshio、Senda Toshiya、Wang Xinghuan、Deng Zixin、Abe Ikuro、Dickschat Jeroen S.、Liu Tiangang
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 606 Pages: 414~419

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04773-3

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Stereoselectivity and Substrate Specificity of the Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Oxygenase TqaL2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Ushimaru Richiro、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 21512~21520

    • DOI

      10.1021/jacs.2c08116

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Mori Takahiro、Chen Heping、Lyu Shuang、Nonoyama Akihito、Lee Shoukou、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 95-95

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27636-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Noncanonical Functions of Enzyme Cofactors as Building Blocks in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Abe Ikuro
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: 2 Pages: 1950~1963

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00391

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood2022

    • Author(s)
      Wang Xiao-Hui、Gao Bo-Wen、Nakashima Yu、Mori Takahiro、Zhang Zhong-Xiu、Kodama Takeshi、Lee Yuan-E、Zhang Ze-Kun、Wong Chin-Piow、Liu Qian-Qian、Qi Bo-Wen、Wang Juan、Li Jun、Liu Xiao、Abe Ikuro、Morita Hiroyuki、Tu Peng-Fei、Shi She-Po
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 348-348

    • DOI

      10.1038/s41467-022-27971-z

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Characterization of Enzymes Catalyzing the Initial Steps of the β-Lactam Tabtoxin Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Lyu Jiaqi、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 3337~3341

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00878

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based redesign of Fe(<scp>ii</scp>)/2-oxoglutarate-dependent oxygenase AndA to catalyze spiro-ring formation2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Nakashima Yu、Chen Heping、Hoshino Shotaro、Mitsuhashi Takaaki、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 5510~5513

    • DOI

      10.1039/D2CC00736C

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rational Engineering of the Nonheme Iron- and 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase SptF2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Yu Ziheng、Tao Hui、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 1737~1741

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00409

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cordycicadins A?D, Antifeedant Polyketides from the Entomopathogenic Fungus <i>Cordyceps cicadae</i> JXCH12022

    • Author(s)
      Li Xinyang、Chen He-Ping、Zhou Lin、Fan Jing、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro、Liu Ji-Kai
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 8627~8632

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c03432

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A Multifunctional Cytochrome P450 and a Meroterpenoid Cyclase in the Biosynthesis of Fungal Meroterpenoid Atlantinone B2022

    • Author(s)
      Qi Bo-wen、Li Na、Zhang Bei-bei、Zhang Ze-kun、Wang Wen-jing、Liu Xiao、Wang Juan、Awakawa Takayoshi、Tu Peng-fei、Abe Ikuro、Shi She-po、Li Jun
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 2526~2530

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00684

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Biosynthesis of dihydroxyardeemin by heterologous expression2022

    • Author(s)
      Zhou Lu、Abe Ikuro、Awakawa Takayoshi
    • Journal Title

      Tetrahedron

      Volume: 127 Pages: 133095~133095

    • DOI

      10.1016/j.tet.2022.133095

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Harnessing Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent oxygenases for structural diversification of fungal meroterpenoids2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Current Opinion in Biotechnology

      Volume: 77 Pages: 102763~102763

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2022.102763

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for endoperoxide-forming oxygenases2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      Volume: 18 Pages: 707~721

    • DOI

      10.3762/bjoc.18.71

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      4th International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, San Diego, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      PSJ-PSK Joint Symposium: Natural Products in Drug Discovery, the 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan, Sapporo, Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NAD as a Building Block in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      Directing Biosynthesis VI, Edinburgh, UK
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular Basis for the P450-catalyzed C-N Bond Formation in Indolactam Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      International Conference on Cytochrome P450, Washington, D.C., USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      Gordon Research Conference, Natural Products and Bioactive Compounds, Proctor Academy, NH, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NAD as a Building Block in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      15th Asian Congress on Biotechnology, Bali, Indonesia
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NAD as a Building Block in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      29th Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists (FAOBMB) Conference & 2022 Chinese Society of Biochemistry and Molecular Biology Conference, Shenzhen (Online)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      4th Lijiang International Forum on Pharmaceutical Sciences, Guiling (Online), China
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      Conference on Synthetic Biology Approaches and its Applications, Osaka (Online), Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

URL: 

Published: 2023-12-25  

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