Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 20KK0179
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 中村 昇太 大阪大学, 微生物病研究所, 特任准教授(常勤) (90432434)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 松本 悠希 大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員(常勤) (30749114) ; 金城 武士 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90724211)
• Project Period (FY): 2020-10-27 – 2023-03-31
• Keywords: 結核 / 非結核性抗酸菌症 / MLST / 分子疫学

Outline of Annual Research Achievements

2021年度は構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行うとともにMinIONシークエンサーの出力配列を用いて薬剤耐性変異の検出手法の確立を行った。2021年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計8回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体48検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち45検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされているMycobacterium abscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリアルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。非結核性抗酸菌症の治療においてはクラリスロマイシンがキードラッグとされており、その耐性獲得が危惧されていることから、また取得したMinIONシークエンシングデータを用いて、クラリスロマイシンに対する耐性を引き起こすとされている耐性型erm(41)遺伝子および 23S rRNA 遺伝子の検出可能性についても検討を行い、耐性型の検出手法を確立した。2022年度は、海外共同研究者である Karuniawati 副医学部長の協力のもと、この解析システムをインドネシア大学およびその連携病院へ導入し、インドネシアにおける結核の疫学調査の実施を進める。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

コロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため

Strategy for Future Research Activity

我が国およびインドネシアの感染状況が落ち着きつつあるため、インドネシアへの渡航計画を立て、現地で海外共同研究者である Karuniawati 副医学部長の協力のもとでゲノム解析拠点の立ち上げを推進してゆく。

Causes of Carryover

コロナ禍の影響によりインドネシアへの渡航ができなかっため。