2023 Fiscal Year Annual Research Report
Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia
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20KK0179
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
中村 昇太 大阪大学, 微生物病研究所, 准教授 (90432434)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松本 悠希 大阪大学, 微生物病研究所, 特任助教(常勤) (30749114)
金城 武士 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90724211)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2024-03-31
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| Keywords | 結核 / 非結核性抗酸菌症 / MLST / 分子疫学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2022年度はMLSTデータベースの拡張と引き続き構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行った。データベース拡張により、同定可能な菌種がこれまでの175種から212種となり、加えて種名が定まっていない162種のMycobacterium sp.を含むデータベースを構築した。また亜種についてはこれまでの M. abscessus亜種等も含む全16亜種が同定可能となった。2022年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計3回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体24検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち10検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされているMycobacteriumabscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。また他の検体についても亜種レベルでの同定を行うことができた。M. abscessus についてはNTM症の治療におけるキードラッグであるクラリスロマイシンおよびアミカシンの耐性についても変異を特定し、薬剤耐性予測を行った。2023年度は、海外共同研究者である Karunawati 副医学部長の協力のもと、MinIONを用いたリアルタイム解析システムをインドネシア大学へ導入し、現地教員および大学院生への技術供与を行った。今後、本システムを用いて結核およびNTM症由来の分離株をシーケンスし、インドネシアにおける抗酸菌症の疫学調査を行う。
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[Journal Article] MGIT-seq for the Identification of Nontuberculous Mycobacteria and Drug Resistance: a Prospective Study2023
Author(s)
Fukushima Kiyoharu,Matsumoto Yuki,Matsuki Takanori,Saito Haruko,Motooka Daisuke,Komukai Sho,Fukui Eriko,Yamuchi June,Nitta Tadayoshi,Niitsu Takayuki,Abe Yuko,Nabeshima Hiroshi,Nagahama Yasuharu,Nii Takuro,Tsujino Kazuyuki,Miki Keisuke,Kitada Seigo,Kumanogoh Atsushi,Akira Shizuo,Nakamura Shota,Kida Hiroshi
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Journal Title
Journal of Clinical Microbiology
Volume: 61
Pages: -
DOI
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