2020 Fiscal Year Research-status Report
Genomic survey of enteric pathogens in India for developing anti-adhesion therapies
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20KK0183
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
飯田 哲也 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (90221746)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
沖 大也 大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員(常勤) (30845285)
河原 一樹 大阪大学, 薬学研究科, 助教 (60585058)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2023-03-31
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| Keywords | 腸管病原体 / コレラ / 下痢症 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年、発展途上国では、安全な水の入手、十分な衛生環境などの環境条件が改善されつつあるにもかかわらず、コレラは依然として世界的な脅威であり、インドはこの感染症の影響を受ける主要な国の一つである。最近の報告では、コレラの「ホットスポット」がインド国中に複数存在することが確認されており、世界的な輸送システムの発達と相まって、インドだけでなく他の国での将来のパンデミックの発生にも潜在的なリスクをもたらす可能性があることから、コレラの分子疫学に関する包括的な研究が急務となっている。本研究では、インド国立コレラ・腸管感染症研究所（NICED）と共同で、インド国内のホットスポットを中心に、アウトブレークが生じた各地域からコレラ菌の臨床・環境株を収集し、疫学調査およびゲノム解析を実施することで、コレラ菌の病原性発現の要となる宿主への付着・定着機構の解明に役立てる。コレラ菌の付着機構の理解に基づき設計される付着阻害剤は、耐性菌を生み出さない新規のコレラ対策であり、抗生物質やワクチンによる治療が難しい乳幼児や高齢者も対象とした有望な治療法としてコレラ撲滅に大きく寄与することが期待される。
令和2年度は、インドのホットスポットを中心に各地の医療機関において収集された、コレラ発症者および発症者の家族や周辺住民の糞便試料から抽出したDNA、RNAサンプルを使用し、次世代シーケンサーによるメタゲノムショットガンシーケンスを実施した。サンプル数が膨大であるため解析は継続中であるが、コレラ患者だけでなくコレラを発症していない健常者であっても、コレラ菌の遺伝子が検出された。このことは、ホットスポットの周辺住民らはコレラ菌の無症候性保菌者であり、彼らがコレラの感染源の一つとなり得ることを示している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
令和2年度は、新型コロナウイルスの感染拡大のため、インドのNICEDへの出張を中止せざるを得なくなり、当初予定していたコレラ菌の流行株の分離培養や分子疫学実験が実施できなかったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度は、コレラのホットスポットを中心に、各地域医療機関から糞便試料等（感染者及び無症候性保菌者からの採取）を収集するほか、河川や生活用水等から検査試料を採取し、TCBS選択培地等を用いてコレラ菌の臨床株、環境株を分離培養することを目標とする。分離培養したコレラ菌の臨床・環境株のゲノム解析を実施する。インド国内のホットスポットを代表するような株を選択し、ナノポアシークエンスとイルミナシークエンスを組み合わせたハイブリッドアセンブル手法を用いて完全長ゲノム解析を行う。
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| Causes of Carryover |
令和2年度は、新型コロナウイルスが感染拡大し、インドのNICEDへの海外出張を中止せざるを得なくなり、当初予定していたコレラ菌の流行株の分離培養や分子疫学実験が実施できなかったため。
令和3年度は、NICEDへの出張、分離培養したコレラ菌の臨床・環境株のゲノム解析を実施する予定であり、繰り越した経費はこれらに充てる予定である。
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