2010 Fiscal Year Annual Research Report
マウス細胞内に普遍的に存在する50ー100ヌクレオチド低分子RNAの多角的解析
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21200039
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| Research Institution | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター、DBCLS) |
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Principal Investigator |
清澤 秀孔 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター、DBCLS), 新領域融合研究センター, 融合プロジェクト特任研究員 (30295422)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河合 剛太 千葉工業大学, 工学部, 教授 (70211860)
牛田 千里 弘前大学, 農業生命科学部, 准教授 (50250593)
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| Keywords | アンチセンスRNA / 低分子RNA / non-coding RNA / NMR / 立体構造 / SAT(センス-アンチセンス転写産物) |
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| Research Abstract |
同一のマウスSAT遺伝子座に由来し、互いにセンス鎖およびアンチセンス鎖にコードされているS3 RNAとAS2 RNAについて、脳、胸腺、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、胃、腸、精巣における発現をノザンハイブリダイゼーションにより調べた。この結果、AS2 RNAはこれらすべての器官で発現しているのに対し、S3は検出されなかった。S3はNIH3T3細胞株での発現が確認されていることから、in vivoでは少なくとも線維芽細胞で発現していることが期待される。
内在性のアンチセンスRNAの存在を考慮したカスタムのマイクロアレイを作製し、100nt程度までの低分子RNAをターゲットとしてマイクロアレイ解析を行った。発現の高かった低分子RNA候補48種類について各臓器・器官での発現を解析した。その結果、7種類のRNAが上記すべての器官で発現していることが判明した。このうち3種類はその大きさと配列からendo-siRNAであることが、また、残り5種類はこれまでに報告されていない新規RNAであることが予想された。
また、新規サイズ低分子RNAの機能性を追求する一つの方法として、in vitroで発生・分化させた細胞からのRNAサンプルにおいて、発生・分化特異的に動的に発現が変化する低分子RNAの同定を試みた。次世代シーケンサーによって直接解析された配列データについて、二次構造予測を行い、得られた二次構造に基づいてクラスタリングを行うことを試みている。これによって、新しい構造モチーフをもつ低分子RNAが発見できると期待している。
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