2012 Fiscal Year Annual Research Report
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21228003
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中川 真一 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 准主任研究員 (50324679)
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| Project Period (FY) |
2009-05-11 – 2014-03-31
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| Keywords | スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA |
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| Research Abstract |
抗癌剤候補化合物として発見されたFR901464を改変して作成した安定誘導体Spliceostatin A（SSA）はスプライシング因子複合体SF3bに結合してスプライシング反応を阻害するとともに、イントロン配列を持ったpre-mRNAの核内繋留を阻害することにより、pre-mRNAの翻訳を引き起こす。昨年度実施したSSA処理細胞のRNA-seqによる網羅的な解析から、SSAによって一部のmRNAが転写途中でポリA付加を受けることがわかった。ポリA付加部位を詳細に解析するため、ポリAを含むシーケンスリードをゲノムにマップしたところSSAによるポリA付加はイントロンで最も頻繁に起こっていた。近年、疾患に伴ってポリA付加部位の変化が報告され（選択的ポリアデニル化）、がんなどとの関連が注目されている。従ってこのSSAによるmRNAポリA付加異常はSSAによって引き起こされる生理活性の一部を担うと考えられる。また、このSSAによる異常なmRNA生成にはSSAの標的であるSF3bの存在が必要であり、SF3bのノックダウンによってSSAの効果が消失した。同様のことは、pre-mRNAの核内繋留の阻害ついても観察されたことから、SSAは単にSF3bの機能を阻害するのではなくSF3bを足場に数々のRNA代謝異常を引き起こしていることがわかった。そこでSSA-SF3b複合体のプロテオミクス解析を行い真の標的候補を得ている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
スプライシング阻害剤を用いてスプライシングとpre-mRNAの監視機構、転写との関係を明らかにすることを最大の目標としているが、RNA-seq法を用いて、ポリA付加部位の変化がゲノムワイドに起こることを見いだした。スプライシング因子がポリA付加を制御するという新しい発見であると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
スプライシングの持つpre-mRNAの監視機構のメカニズムを明らかにする。そのためにスプライシング因子によるポリA付加の制御機構を解明する。次にSSA-SF3b複合体の標的因子を明らかにする。そのために生理的条件下でSSA-SF3b複合体に結合する因子をMS解析により同定し、核内ノンコーディングRNAの局在における機能を解析する。
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[Journal Article] SAP155-mediated splicing of FUSE-binding protein-interacting repressor serves as a molecular switch for c-myc gene expression2012
Author(s)
Matsushita, K., Kajiwara, T., Tamura, M., Satoh, M., Tanaka, N., Tomonaga, T., Matsubara, H., Shimada, H., Yoshimoto, R., Ito, A., Kubo, S., Natsume, T., Levens, D., Yoshida, M., and Nomura, F
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Journal Title
Mol. Cancer Res
Volume: 10
Pages: 787-799
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Malat1 is not an essential component of nuclear speckles in mice2012
Author(s)
Nakagawa, S., Ip, J. Y., Shioi, G., Tripathi, V., Zong, X., Hirose, T., and Prasanth, K. V
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Journal Title
RNA
Volume: 18
Pages: 1487-1499
DOI
Peer Reviewed
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