2009 Fiscal Year Annual Research Report
次世代テクノロジーを駆使した疾患モデルマウス開発の高速化
| Project/Area Number |
21240043
|
|---|
| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
|---|
Principal Investigator |
権藤 洋一 The Institute of Physical and Chemical Research, 新規変異マウス研究開発チーム, チームリーダー (40225678)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福村 龍太郎 独立行政法人理化学研究所, 新規変異マウス研究開発チーム, 開発研究員 (90392240)
村田 卓也 独立行政法人理化学研究所, 新規変異マウス研究開発チーム, 開発研究員 (70305001)
牧野 茂 独立行政法人理化学研究所, 新規変異マウス研究開発チーム, 開発研究員 (30462732)
|
|---|
| Keywords | ミュータジェネシス / 逆遺伝学 / 疾患モデル動物 / 突然変異体 / ゲノム機能 / ENU / 次世代シーケンシング / マウス遺伝学 |
|---|
| Research Abstract |
急速に開発が進むゲノム解析システムを駆使してENU変異マウスライブラリーに蓄積した点突然変異をカタログ化する。さらに、変異マウス系統の分子表現型を高速高精度に実施できるシステム開発を行う。カタログ化については、まず従来法HRM検出でより安価簡便高速に年間100変異発見を達成した。また、2009年4月に市販化されたSureSelectシステムを利用して、分担者福村が2匹の変異マウスゲノム中のタンパク質コーディングエキソン総数3.7Mb領域を濃縮するシステム開発に着手した。濃縮したゲノムDNAをIllumina次世代シーケンサーを用いて連携研究者河合が解析し2010年1月にシーケンスデータが送られて来た。福村を中心として解析したところ従来1Mbに1個発見していたENU誘発変異を1匹の3.5Mb領域から2週間ほどの情報解析によってすでに6個発見した。まだ完全にデータを網羅していない可能性を考慮するとこれまでの倍以上の変異が発見できる可能性があり、現在、マウス全タンパクコーディング配列を濃縮してIlluminaおよびSOLiDの両次世代シーケンサーを用いて解析する予定である。この担当であるオミックス領域河合は理研内外のシーケンシング解析を担っており依頼してデータが送られてくるまで半年ほどかかっているのが律速段階となっているが、第1の目標としていた次世代シーケンサーでコーディング配列上の変異発見が可能であることをすでに証明し、あとは費用対効果も含め多数変異系統をカタログ化し公開していく。第2の目標である分子表現型においては、SuFu遺伝子点突然変異系統が脳発生異常を示すことを分担者牧野が確立し、その12。5日胚の脳からmRNLを抽出し、河合によってIlluminaを用いてトランスクリプトームデータが送られてきた。現在懐石中である。分担者村田は、結核治療薬イソニアジドに強い副作用を示すNat1変異系統にイソニアジドを投与し肝臓や尿糞などを回収し、連携研究者菊地がNMRメタボロームで解析した。基礎結果を村田が分子生物学会にて発表した。
|
