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2012 Fiscal Year Annual Research Report

光応答性DNAを活用した光駆動型分子マシンの開発

Research Project

Project/Area Number 21241031
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

浅沼 浩之  名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (20282577)

Project Period (FY) 2009-04-01 – 2013-03-31
Keywordsアゾベンゼン / 光制御 / 可視光応答 / DNAエンザイム / 緑色蛍光性タンパク質 / 無細胞タンパク質合成系 / 遺伝子発現
Research Abstract

従来型の紫外光応答型アゾベンゼンでは、光異性化に360nmの紫外光を照射する必要があり、酵素が損傷するので遺伝子発現の光制御は困難であった。そこで本年度は生体系で機能する光駆動型分子マシンの構築をめざし、酵素への損傷がほとんど無い400 nm以上の可視光照射のみで可逆的にon-offスイッチング可能な光駆動型DNA エンザイムを設計・合成し、ターゲット遺伝子に緑色蛍光性タンパク質(GFP)を用いて、無細胞タンパク質合成系で遺伝子発現の光制御を行った。光駆動型DNAエンザイムは、catalytic loop部位に相補的なオーバーハングに多数の可視光応答型アゾベンゼンを導入し、これをDNAエンザイムの5’端へ導入することで設計した。こうすることで、アゾベンゼンがtrans体の場合(450 nmの光照射)にはオーバーハングがcatalytic loopに結合するためRNA切断活性がoffになるが、cis体(400 nmの光照射)ではオーバーハングが解離するのでonになる。まずはモデル系でRNA切断を調べたところ、設計通り450 nmの光照射で活性がoff、400 nmでonになることを確認した。そこで実際に無細胞タンパク質合成系で可視光駆動型DNAエンザイムによるGFP発現の光制御を試みた。その結果、450 nmの光照射により光駆動型DNAエンザイムの活性がoffになり、GFPに基づく強い緑色蛍光が観察された。一方400nmの光を照射したところ、光駆動型DNAエンザイムの活性がonになりGFP発現が抑制され、弱い緑色蛍光しか観察されなかった。また可視光応答型アゾベンゼンを導入した光応答性T7プロモーターを用いた場合でも、GFP発現の可視光制御に成功した。このように我々が開発した可視光応答型アゾベンゼンを用いることで、遺伝子発現の光制御が実現できた。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (53 results)

All 2013 2012

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (41 results) (of which Invited: 4 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Photoswitch nucleic acid catalytic activity by regulating topological structure with a universal supra-photoswitch2013

    • Author(s)
      Liang, X.G.; Zhou, M.G.; Kato, K.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      ACS Synth. Biol.

      Volume: 2 Pages: 194-202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of intrinsic spectroscopic properties of chromophore assemblies by shielding with cyclohexyl base pairs within a DNA duplex2013

    • Author(s)
      Kashida, H.; Higashiyama, N.; Kato, T.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem.

      Volume: 21 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a robust model system of FRET using base-surrogates tethering fluorophores for strict control of their position and orientation within DNA duplex2013

    • Author(s)
      Kato, T.; Kashida, H.; Kishida, H.; Yada, H.; Okamoto, H.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 135 Pages: 741-750

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/ja309279w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A model of elongation of short DNA sequence by thermophilic DNA polymerase under isothermal conditions.2012

    • Author(s)
      Kato, T.; Liang, X. G.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Pages: 7846-7853

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/bi3010413

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reversed assembling of dyes in RNA duplex compared with those in DNA2012

    • Author(s)
      Fujii, T.; Urushihara, M.; Kashida, H.; Ito, H.; Liang, X.G.; Yagi-Utsumi, M.; Kato, K.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 18 Pages: 13304-13313

    • DOI

      DOI: 10.1002/chem.201201956

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quencher-free linear probe with multiple fluorophores on acyclic scaffold2012

    • Author(s)
      Asanuma, H.; Akahane, M.; Kondo, N.; Osawa, T.; Kato, T.; Kashida, H.
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 3 Pages: 3165-3169

    • DOI

      DOI: 10.1039/c2sc20732j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bulge-like asymmetric hetero dye-clustering in DNA duplex results in efficient quenching of background emission based on the maximized excitonic interaction2012

    • Author(s)
      Fujii, T.; Hara, Y.; Osawa, T.; Kashida, H.; Liang, X.G.; Yoshida, Y.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 18 Pages: 10865-10872

    • DOI

      DOI: 10.1002/chem.201201365

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quencher-free molecular beacon tethering 7-hydroxycoumarin detects targets through protonation/deprotonation2012

    • Author(s)
      Kashida, H.; Yamaguchi K.; Hara, Y.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem.

      Volume: 20 Pages: 4310-4315

    • DOI

      dx.doi.org/10.1016/j.bmc.2012.05.052

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coherent Interactions of Dyes Assembled on DNA2012

    • Author(s)
      Asanuma, H.; Fujii, T.; Kato, T.; Kashida, H.
    • Journal Title

      J. Photochem. Photobiol. C

      Volume: 13 Pages: 124-135

    • DOI

      dx.doi.org/10.1016/j.jphotochemrev.2012.04.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preparation of supramolecular chromophoric assemblies using a DNA duplex2012

    • Author(s)
      Kashida, H.; Asanuma, H.
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 14 Pages: 7196-7204

    • DOI

      DOI:10.1039/c2cp40520b

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] RNAを検出するリニアプローブの設計と、その細胞内イメージングへの応用2013

    • Author(s)
      赤羽真理子 大澤卓矢 加藤智博 神谷由紀子 樫田啓 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 二重鎖の不安定化を伴わない高感度リニアプローブの設計2013

    • Author(s)
      赤羽真理子・丹羽理恵・大澤卓矢・加藤智博・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 修飾アゾベンゼン導入T7 プロモーターによる遺伝子発現の可視光制御2013

    • Author(s)
      高木 利樹・西岡 秀則・神谷 由紀子・梁 興国・浅沼 浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] Diels-Alder反応を用いたDNA二重鎖間の架橋2013

    • Author(s)
      岡山泰彰、東山尚史、加藤智博、樫田啓、浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 非環状骨格を持つ人工核酸の導入によるsiRNAの安定性と活性の向上2013

    • Author(s)
      高井順矢, 村山恵司, 伊藤浩, 樫田啓、神谷由紀子,浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 色素対導入siRNAを用いたRISCの細胞内蛍光イメージング2013

    • Author(s)
      神谷由紀子・伊藤杏奈・高井順矢・漆原雅朗・伊藤浩・樫田啓・梁興国・浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 非環状ジオールを骨格とする新規人工核酸aTNA及びSNAの開発と、その核酸検出プローブへの応用2013

    • Author(s)
      村山恵司、田中良寛、樫田啓、浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] p-stilbazole導入RNAによるRNA二重鎖の光架橋2013

    • Author(s)
      土居哲也、飯柴一輝、榊原拓海、高井順矢、神谷由紀子、樫田啓、浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] DNA二重鎖内部へ付加的に導入された色素間のFRETに関する研究2013

    • Author(s)
      加藤 智博・樫田 啓・岸田 英夫・矢田 祐之・岡本 博・浅沼 浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] スチルベン誘導体の[2+2] 二量化反応を利用したDNA二重鎖の光架橋2013

    • Author(s)
      土居哲也・榊原拓海・林威光・藤井大雅・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津)
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] DNA nano-engineering for the construction of photon-fuelled molecular-machine with azobenzenes as molecular engine2013

    • Author(s)
      Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      France-Japan seminar “Bio-Inspired Methods and Applications”
    • Place of Presentation
      フランス大使館(東京)
    • Year and Date
      20130204-20130206
    • Invited
  • [Presentation] DNA nano-engineering for the construction of photon-fuelled molecular-machine2012

    • Author(s)
      H. Asanuma, H. Nishioka, X.G. Liang, Y. Kamiya
    • Organizer
      5th NTTH symposium
    • Place of Presentation
      Okinawa
    • Year and Date
      20121219-20121221
    • Invited
  • [Presentation] Quencher-free linear probe with multiple fluorophores2012

    • Author(s)
      Mariko AKAHANE, Nobuyo KONDO, Takuya OSAWA, Tomohiro KATO, Hiromu KASHIDA, and Hiroyuki ASANUMA
    • Organizer
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry(ISNAC2012)
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.(Nagoya)
    • Year and Date
      20121115-20121117
  • [Presentation] Crosslinking of DNA through photodimerization of stilbene derivatives2012

    • Author(s)
      Tetsuya Doi, Takamitsu Hayashi, Taiga Fujii, Takumi Sakakibara, Hiromu Kashida, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry(ISNAC2012)
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.(Nagoya)
    • Year and Date
      20121115-20121117
  • [Presentation] Design and development of the functionalized siRNA  for studying RNAi2012

    • Author(s)
      Yukiko Kamiya and Hiroyuki Asanuma, et al.
    • Organizer
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry(ISNAC2012)
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.(Nagoya)
    • Year and Date
      20121115-20121117
  • [Presentation] Unusual Fluorescent H-aggregation by Covalent Incorporation of Pseudoisocyanine into DNA Duplex2012

    • Author(s)
      Taiga Fujii, Hiromu Kashida, Yasuyuki Araki, Takehiko Wada, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry(ISNAC2012)
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.(Nagoya)
    • Year and Date
      20121115-20121117
  • [Presentation] Development of a robust FRET system within DNA duplex using base-surrogate tethering2012

    • Author(s)
      Tomohiro Kato, Hiromu Kashida, Hideo Kishida, Hiroyuki Yada, Hiroshi Okamoto, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry(ISNAC2012)
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.(Nagoya)
    • Year and Date
      20121115-20121117
  • [Presentation] ステム構造および消光色素を持たない新規Linear Probe によるDNA・RNAの高感度検出2012

    • Author(s)
      赤羽 真理子・近藤 展代・大澤 卓矢・加藤 智博・樫田 啓・浅沼 浩之
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ
    • Place of Presentation
      東京工業大学(大岡山)
    • Year and Date
      20121014-20121017
  • [Presentation] 配列選択的RISC形成を目指した新規修飾siRNAの設計2012

    • Author(s)
      高井順矢,梁興国,伊藤浩,神谷由紀子,浅沼浩之
    • Organizer
      アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2012
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20120924-20120926
  • [Presentation] DNA二重鎖を利用した色素会合体のらせん制御2012

    • Author(s)
      樫田啓・土居哲也・藤井大雅・浅沼浩之
    • Organizer
      第61回高分子討論会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学(名古屋)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] ステム構造が不要なリニア型核酸プローブによるDNA・RNAの高感度検出2012

    • Author(s)
      赤羽真理子・近藤展代・大澤卓矢・加藤智博・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      第61回高分子討論会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学(名古屋)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] 励起子相互作用を利用した高感度モレキュラービーコンの開発2012

    • Author(s)
      樫田 啓・藤井 大雅・原 雄一・吉田 安子・浅沼 浩之
    • Organizer
      2012年光化学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(大岡山)
    • Year and Date
      20120912-20120924
  • [Presentation] DNA二重鎖内部に固定化した蛍光色素間のエネルギー移動に関する研究2012

    • Author(s)
      加藤 智博・樫田 啓・岸田 英夫・矢田 祐之・岡本 博・浅沼 浩之
    • Organizer
      2012年光化学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(大岡山)
    • Year and Date
      20120912-20120914
  • [Presentation] インスレーターを用いたTAMRA標識核酸の高輝度化2012

    • Author(s)
      東山 尚史、樫田 啓、浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] ステム構造が不要な高感度リニアプローブによるDNA・RNA配列特異的検出2012

    • Author(s)
      赤羽 真理子、近藤 展代、大澤 卓矢、加藤 智博、樫田 啓、浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] スチルベン誘導体を利用したDNAの連結および光架橋による固定化2012

    • Author(s)
      土居 哲也・榊原 拓海・林 威光・藤井 大雅・樫田 啓・浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] Off-target効果の抑制とRNAi活性の向上を目指した新規修飾siRNAの設計2012

    • Author(s)
      高井順矢・梁興国・伊藤浩・浅沼浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] Diels-Alder反応によるDNA二重鎖間架橋法の開発2012

    • Author(s)
      岡山泰彰・東山尚史・加藤智博・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] リン酸アニオンを認識する蛍光性核酸プローブの開発2012

    • Author(s)
      樫田 啓・山口 恭平・佐野 香苗・浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] 非環状ジオールD-Threoninolを骨格とした新規人工核酸aTNAの安定性の解析2012

    • Author(s)
      田中 良寛・村山 恵司・神谷 由紀子・樫田 啓・浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] 色素対型siRNAを用いたRISC形成過程の可視化解析2012

    • Author(s)
      漆原雅朗・伊藤浩・藤井大雅・梁興国・伊藤杏奈・樫田啓・神谷由紀子・浅沼浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] 非環状骨格を有する人工核酸SNAへの色素導入による機能化2012

    • Author(s)
      村山 恵司・樫田 啓・浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] DNA二重鎖内部に導入した蛍光色素間のFRET効率に関する研究2012

    • Author(s)
      加藤 智博・樫田 啓・岸田 英夫・矢田 祐之・岡本 博・浅沼 浩之
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] RNAi活性の向上とOff-target効果の抑制を目指した修飾siRNAの分子設計2012

    • Author(s)
      伊藤 浩、漆原 雅朗、高井順矢、梁興国、浅沼 浩之
    • Organizer
      第14回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(仙台)
    • Year and Date
      20120718-20120720
  • [Presentation] Development of functional siRNA for activating RNAi and tracing RISC2012

    • Author(s)
      Hiroyuki Asanuma, Hiroshi Ito, Masaaki Urushihara, Xingguo Liang, Hiromu Kashida
    • Organizer
      The Second Asian Chemical Biology Conference (ACBC2012)
    • Place of Presentation
      Okinawa
    • Year and Date
      20120704-20120706
  • [Presentation] Functionalization of novel artificial nucleic acids from acyclic diols2012

    • Author(s)
      Keiji Murayama, Yoshihiro Tanaka, Hiromu Kashida and Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      The Second Asian Chemical Biology Conference (ACBC2012)
    • Place of Presentation
      Okinawa
    • Year and Date
      20120704-20120706
  • [Presentation] Photon-fuelled DNA nanomachine carrying azobenzene as molecular engine2012

    • Author(s)
      Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      CIMTECH2012
    • Place of Presentation
      Montecatini Terme(Italy)
    • Year and Date
      20120610-20120614
    • Invited
  • [Presentation] アゾ系色素による選択的ヘテロ会合体形成を利用したDNA二重鎖の連結2012

    • Author(s)
      土居哲也・林威光・藤井大雅・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      第61回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(横浜)
    • Year and Date
      20120529-20120531
  • [Presentation] Threoninolを用いた新規人工核酸aTNAの安定性の解析2012

    • Author(s)
      田中良寛・村山恵司・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      第61回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(横浜)
    • Year and Date
      20120529-20120531
  • [Presentation] RISCの選択的モニタリングを目指した色素クラスター導入RNA二重鎖の設計2012

    • Author(s)
      漆原雅朗・伊藤浩・梁興国・樫田啓・浅沼浩之
    • Organizer
      第61回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(横浜)
    • Year and Date
      20120529-20120531
  • [Presentation] Highly Sensitive Fluorescent Probe designed with Threoninol-Nucleotides2012

    • Author(s)
      Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      A3RONA 2012 KOREA
    • Place of Presentation
      POSTEC(Korea)
    • Year and Date
      20120518-20120521
    • Invited
  • [Book] 最先端メディカルエンジニアリング2013

    • Author(s)
      浅沼浩之、樫田啓
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      一粒書房
  • [Book] DNA Conjugates and Sensors2012

    • Author(s)
      Kashida, H.; Asanuma, H.
    • Total Pages
      15
    • Publisher
      RSC Publishing

URL: 

Published: 2014-07-24  

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