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2012 Fiscal Year Annual Research Report

呼吸酵素における、酸素還元と一酸化窒素還元の機能変換と分子進化

Research Project

Project/Area Number 21245041
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

Project Period (FY) 2009-04-01 – 2013-03-31
Keywords一酸化窒素還元酵素 / 亜酸化窒素 / 脱窒 / 呼吸酵素 / チトクロム酸化酵素 / X線結晶構造解析 / 温室効果ガス / オゾン層破壊
Research Abstract

当初の目的通りに明らかにした脱窒菌の一酸化窒素還元酵素の結晶構造を基に、その酵素反応の分子機構を議論できた。平成24年度は、当初の酸化休止型に加えて、還元型、還元シアン結合型、還元一酸化炭素結合型さらに酸化アルドキシム結合型の構造も解析できた。既に、他のグループが我々の提案した機構に対して、支持や反論を展開始めているので、これらの成果は、我々の酵素反応機構を検証するうえで大いに役立った。また、構造を基盤にした分子動力学シミュレーションにより、呼吸酵素におけるプロトンポンプ機構の分子進化に関する議論を深める事ができた。好気呼吸のチトクロム酸化酵素との構造比較から、2つの疎水性のアミノ酸残基が親水性の残基に変異すると、水チャネルが形成し、細胞内から酵素の活性中心までのプロトン輸送経路が形成できる事を示唆した。大腸菌をホストとする組換え酵素の作成が可能となったので、今後は酵素反応機構とともに、プロトン輸送経路に関する議論を検証していきたい。4年間の研究で、酵素分子内あるいは細胞内での一酸化窒素の伝搬に関しては、新たな問題点として明らかになった。一酸化窒素のモデルとしてキセノンを結合させた酵素の構造と、一酸化窒素産生酵素(亜硝酸還元酵素)と一酸化窒素還元酵素の超分子複合体の構造解析も試み、その構造を得る事にも成功した。2つの酵素が超分子複合体を形成し、細胞毒性の高い一酸化窒素を細胞内に拡散させない機構が存在する事が示唆できた。今後、学会、論文等でその成果は報告する。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Crystal Structures of Nitric Oxide Reductases Provide Key Insights into Functional Conversion of Respiratory Enzymes2013

    • Author(s)
      T. Tosha, Y. Shiro
    • Journal Title

      IUBMB Life

      Volume: 65 Pages: 217-226

  • [Journal Article] Structural Basis for Oxygen Sensing and Signal Transduction of the Heme-Based Sensor Protein Aer2 from Pseudomonas aeruginosa2012

    • Author(s)
      H. Sawai, H. Sugimoto, Y. Shiro, H. Ishikawa, Y. Mizutani, S. Aono
    • Journal Title

      Chem. Commun

      Volume: 48 Pages: 6523-6525

    • DOI

      doi: 10.1039/c2cc32549g

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coupling Reaction of Indolepyruvic Acid by StaD and Its Product: Implications of Biosynthesis of Indolocarbazole and Violacein2012

    • Author(s)
      S. Asamizu, S. Hirano, H. Onaka, H. Koshino, Y. Shiro, S. Nagano
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 13 Pages: 2495-2500

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interactions of Soluble Guanylate Cyclase with a P-Site Inhibitor: Effects of Gaseous Heme Ligands, Azide, and Allosteric Activators on the Binding of 2’-Deoxy-3’-GMP2012

    • Author(s)
      R. Makino, S. Yazawa, H. Hori, Y. Shiro
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Pages: 9277-9289

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/bi3004044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chiral Substrate Analogues Assisted Stereoselective Epoxidation Catalyzed by H2O2-Dependent Cytochrome P450SPα2012

    • Author(s)
      T. Fujishiro, O. Shoji, N. Kawakami, T. Watanabe, H. Sugimoto, Y. Shiro, Y. Watanabe
    • Journal Title

      Chem. Asian J.

      Volume: 7 Pages: 2286-2293

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Dynamic Simulations Reveal Proton Transfer Pathways in Cytochrome C-Dependent Nitric Oxide Reductase2012

    • Author(s)
      A. V. Pisliakov, T. Hino, Y. Shiro, Y. Sugita
    • Journal Title

      POLS Comp. Biol.

      Volume: 8 Pages: e1002674

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2012

    • Author(s)
      T. Hino, S. Nagano, H. Sugimoto, T. Tosha, Y. Shiro
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta - Bioenergetics

      Volume: 1817 Pages: 680-687

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proton Transfer in the Quinol-dependent Nitric Oxide Reductase from Geobacillus stearothermophilus during Reduction of Oxygen2012

    • Author(s)
      L. Salomonsson, J. Reimann, T. Tosha, N. Krause, N. Gonska, Y. Shiro, P. Adelroth
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta - Bioenergetics

      Volume: 1817 Pages: 1914-1920

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for Nitrous Oxide Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductases2012

    • Author(s)
      Y. Shiro, H. Sugimoto, T. Tosha, S. Nagano, T. Hino
    • Journal Title

      Philosophical Transactions B, The Royal Society

      Volume: 367 Pages: 1195-1203

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and Function of Bacterial Nitric Oxide Reductases, Anaerobic Enzymes2012

    • Author(s)
      Y. Shiro
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta - Bioenergetics

      Volume: 1817 Pages: 1917-1913

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 一酸化窒素還元酵素の結晶構造から見えてきた呼吸酵素の機能変換2012

    • Author(s)
      日野智也、當舍武彦、城 宜嗣
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 52 Pages: 186-189

  • [Journal Article] Diversity and Substrate Specificity in the Structures of Steroidogenic Cytochrome P450 Enzymes2012

    • Author(s)
      H. Sugimoto, Y. Shiro
    • Journal Title

      Biol. Pharm. Bull.

      Volume: 35 Pages: 818-823

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Functional Characterization of Some Hemoproteins Based on Their Molecular Structures2012

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      The First International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC2012)
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      20121128-20121130
    • Invited
  • [Presentation] Functional Characterization of Some Hemoproteins Based on Their Molecular Structures2012

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      The 6th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC6)
    • Place of Presentation
      Hong Kong
    • Year and Date
      20121105-20121108
    • Invited
  • [Presentation] Structural Basis for NO Reduction by Bacterial Nitric Oxide Reductases2012

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      17th European Bioenergetics Conference 2012 (EBEC 2012)
    • Place of Presentation
      Freiburg, Germany
    • Year and Date
      20120915-20120920
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2012

    • Author(s)
      Shiro, Y
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phtalocyanines
    • Place of Presentation
      Jeju, Korea
    • Year and Date
      20120701-06
  • [Remarks] Biometal Science Laboratory, RIKEN

    • URL

      http://www.riken.jp/biometal/index.htm

URL: 

Published: 2014-07-24  

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