2010 Fiscal Year Annual Research Report
高速シーケンサー解析を効率化するゲノム領域選択技術の開発研究
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21249024
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
松本 直通 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (80325638)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三宅 紀子 横浜市立大学, 医学部, 准教授 (40523494)
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| Keywords | ゲノム / 領域選択技術 / 高速シーケンス / 遺伝子変異 |
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| Research Abstract |
高速シーケンサーを用いてヒト疾患ゲノム解析を行うために鍵となるゲノム領域を選択する技術を用いて、この技術と高速シーケンサーを組み合わせた効果的なヒト疾患責任遺伝子単離・同定法を確立することを目的として研究を行っている。PCRによるゲノム領域をカバーするゲノム領域特異的増幅法、150-200merのビオチンラベルcRNAを領域特異的プローブとして溶液中でハイブリさせる液層ハイブリ法を用いて遺伝性要因の高いと考えられる複数の疾患を対象に次世代シーケンサー解析を行った。産出したゲノムシーケンス情報は、現行のデータベース上のヒトゲノム参照シーケンスとSNP情報を参考に変異塩基を抽出、そのリストを作製し、個々の変異について症例とその両親のゲノムでの確認を行い、新生突然変異(fresh mutation)を探索・同定している。液層ハイブリ法の検討では、ハイブリダイゼーションによる実験手技で生じる曖昧さ、および産出シーケンスを全ゲノムにマップする上で生じる曖昧さをどう許容しかつ真の変異を同定するその適切な折り合いが重要で各種のバイオインフォーマティクスアプローチによるデータ検証をすすめながら最適プロトコールを検討している。また次世代シーケンサーのエラー率検証を行うため疾患遺伝子をエクソン領域毎に増幅し解析して変異やSNP情報を検討しシーケンスアレーとのデータ比較を行っている。
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