2011 Fiscal Year Annual Research Report
高速シーケンサー解析を効率化するゲノム領域選択技術の開発研究
| Project/Area Number |
21249024
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
松本 直通 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (80325638)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三宅 紀子 横浜市立大学, 医学部, 准教授 (40523494)
|
|---|
| Keywords | ゲノム / 領域選択技術 / 高速シーケンス / 遺伝子変異 |
|---|
| Research Abstract |
高速シーケンサーを用いてヒト疾患ゲノム解析を行うために鍵となるゲノム領域を選択する技術を用いて、この技術と高速シーケンサーを組み合わせた効果的なヒト疾患責任遺伝子単離・同定法を確立することを目的として研究を行った。PCRによるゲノム領域をカバーするゲノム領域特異的増幅法、150-200merのビオチンラベルcRNAを領域特異的プローブとして溶液中でハイブリさせる液層ハイブリ法を用いて遺伝性要因の高いと考えられる複数の疾患を対象に次世代シーケンサー解析を行った。PCRシステムの次世代シーケンス解析とりシーケンシングアレーを用いた検証でほぼ同等のシーケンス正確性と検出度を確認することができた。液相ハイブリ法は、対象領域のほぼ90%の領域の検証が可能であり網羅的スクリーニングの系として有用であった。産出したゲノムシーケンス情報は、MAQ、BWA,Novoalign等の各種alignerでマッピングを施行し、現行のデータベース上のヒトゲノム参照シーケンスとSNPデータベース情報を参考に変異候補となるバリアントを抽出、そのリストを作製した。個々のバリアントについて症例とその両親のゲノムでの確認を行い、いくつかの疾患で新生突然変異(fresh mutation)を同定した。これまでのところNovoalignとGATKを用いてバリアントを抽出しANNOVAを用いて意義付けを行うシステムを採用作り上げ疾患遺伝子の特定に効果を上げている。
|
