2010 Fiscal Year Annual Research Report
ケミカルバイオロジーにおける創薬をめざす化合物情報解析のための統計的方法論の開発
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21300109
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| Research Institution | Japanese Foundation For Cancer Research |
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Principal Investigator |
松浦 正明 (財)癌研究会, 癌研究所・がんゲノム研究部, 部長 (40173794)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星川 裕 (財)癌研究会, 癌研究所・がんゲノム研究部, 研究員 (80280626)
宮田 敏 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
磯村 実 (財)癌研究会, 癌研究所・がんゲノム研究部, 研究員 (40272497)
原 利英 東京理科大学, 理工学部・情報科学科, 助教 (30579769)
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| Keywords | 統計数学 / バイオインフォマティクス / 創薬 / 生体生命情報学 / ケミカルバイオロジー |
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| Research Abstract |
昨年度は、研究協力者により提供を受けたヒトがん細胞株39系(JFCR39)の50%増殖阻害剤濃度(GI50値)に関する基盤データを用い、「ヒト癌細胞株に対する統計学的新規生物学的活性指標の開発」を行った。本年度は、当初の予定通り、「創薬に向けたバイオプローブの探索・評価のための統計的手法の開発と応用」に関する研究を行った。本研究のために、既存薬剤である化合物約40種を用い、特定の細胞株に対して、化合物を作用させる前と作用させた後の遺伝子発現プロファイルデータを研究協力者より新規に入手した。この遺伝子発現プロファイルデータを用いて、化合物の作用により変動した遺伝子を抽出する統計学的手法を検討した。さらに、生物学的機能を有する各種パスウェイとの関連性を評価するための統計学的方法論について検討し、実データに対して解析と結果の評価を行い、化合物ごとに変動する遺伝子とパスウェイの情報を抽出した。また、昨年度報告したConnectivity Mapの実際の利用における統計学的問題点を基に、本問題に関しても研究を継続した。具体的には、複数の関連化合物が真に関連している場合に、これら複数の化合物を探索できるように方法論を改良し、解析システムのプログラミングを行ってシミュレーション実験を行い、その問題点と妥当性を評価した。
これらの解析結果などに関しては、統計数理研究所の研究者などと議論を行い、今後の研究に向けての方向性の探索や改良点などに関して検討を行った。また、論文作成の準備を本年度中に行った。
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Research Products
(3 results)
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[Journal Article] Prospective randomized phase II study determines the clinical usefulness of genetic biomarkers for sensitivity to primary chemotherapy with paclitaxel in breast cancer.2011
Author(s)
Ito Y, Nagasaki K, Miki Y, Iwase T, Akiyama F, Matsuura M, Horii R, Makita M, Tokudome N, Ushijima M, Yoshimoto M, Takahashi S, Noda T, Hatake K.
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Journal Title
Cancer Science
Volume: 102
Pages: 130-136
Peer Reviewed
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[Journal Article] Alcoholics show reduced telomere length in the oesophagus.2011
Author(s)
Aida J, Yokoyama A, Izumiyama N, Nakamura K, Ishikawa N, Poon SS, Fujiwara M, Sawabe M, Matsuura M, Arai T, Takubo K.
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Journal Title
Journal of Pathology
Volume: 223
Pages: 410-416
Peer Reviewed
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