2011 Fiscal Year Annual Research Report
ケミカルバイオロジーにおける創薬をめざす化合物情報解析のための統計的方法論の開発
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21300109
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| Research Institution | 公益財団法人がん研究会 |
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Principal Investigator |
松浦 正明 公益財団法人がん研究会, がん研究所・がんゲノム研究部, 部長 (40173794)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮田 敏 公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大 公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
星川 裕 公益財団法人がん研究会, がん研究所・がんゲノム研究部, 研究員 (80280626)
磯村 実 島根大学, 医学部・病態病理学講座, 講師 (40272497)
原 利英 東京理科大学, 理工学部・情報科学科, 助教 (30579769)
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| Keywords | 統計数学 / バイオインフォマティクス / 創薬 / 生体生命情報学 / ケミカルバイオロジー |
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| Research Abstract |
昨年度は、既存薬剤である化合物約40種を用い、特定の細胞株に対して、化合物を作用させる前と作用させた後の遺伝子発現プロファイルデータを新規に入手し、この遺伝子発現プロファイルデータを用いて、化合物の作用により変動した遺伝子を抽出し、化合物間の類似性を評価し新規薬剤に対して既存薬剤との関連性を評価する統計学的手法を検討した。さらに、生物学的機能を有する各種パスウェイとの関連性を評価するための統計学的方法論について検討し、実データに対して解析と結果の評価を行い、化合物ごとに変動する遺伝子とパスウェイの情報を抽出した。また、Connectivity Mapの実際の利用における統計学的問題点に関しても研究を行った。今年度は、これらの研究を継続し、特に、各化合物を細胞株に作用させた遺伝子発現変化の情報解析の方法を検討することに力点をおいた。さらに今年度は、新規にハイスループット化合物構造情報に基づく構造活性相関分析法の研究を開始した。従来の構造活性相関解析では人口知能分野のエキスパート法の他に統計学的な多重回帰分析が使用されてきた。このように、構造活性相関解析は基本的には多変量解析の枠組みの中で取り扱われてきた経緯を持ち、本研究では、化合物アレイや質量分析計などのハイスループットデータやなど、他次元のオミックスデータから複数のメカニズムを考慮した上で、創薬に重要な化合物候補を探索できる構造活性相関分析法の新規の検討を行った。これらの解析結果などに関しては、未だ再現性のある十分な結果は得られなかったため、今後、統計数理研究所の研究者などと議論を行い、今後の研究に向けての方向性の探索や改良点などに関して検討を行なう予定である。また、上記内容に関する論文作成の準備を本年度中に行った。
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[Journal Article] Hyperactivation of 4E-binding protein 1 as a mediator of biguanide-in duced cyto toxicity during glucose deprivation2012
Author(s)
Matsuo J, Tsukumo Y, Saito S, Tsukahara S, Sakurai J, Sato S, Kondo H, Ushijima M, Matsuura M, Watanabe T, Tomida A
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Journal Title
Mol Cancer Ther
Volume: 11(5)
Pages: 1082-1091
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] ASCL1-coexpression profiling but not single gene expression profiling defines lung adenocarcinomas of neuroendocrine nature with poor prognosis2012
Author(s)
Fujiwara T, Hiramatsu M, Isagawa T, Ninomiya H, Inamura K, Ishikawa S, Ushijima M, Matsuura M, Jones M. H., Shimane M, Nomura H, Ishikawa, Y, Aburatani H
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Journal Title
Lung Cancer
Volume: 75(1)
Pages: 119-125
URL
Peer Reviewed
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