2010 Fiscal Year Annual Research Report
アミノ酸配列からタンパク質溶解度を計算する高精度計算システムの開発
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21300110
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
黒田 裕 東京農工大学, 大学院・工学研究院, 准教授 (10312240)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤 博幸 (独)産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 副研究センター長 (70192656)
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| Keywords | 熱力学 / 蛋白質凝集 / 会合自由エネルギー / 溶解度測定 / 回帰解析 / 溶解度向上タグ / SEPタグ |
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| Research Abstract |
ペプチドやタンパク質の溶解性は、その構成アミノ酸の親水性・疎水性で決まるというのが定説であるが、本来このモデルは、分子の溶解性を計算するための理論ではない。本計画では、ペプチドの正しい溶解性を計算するための手法として、まず全20種類のアミノ酸の「会合自由エネルギー」(ΔGAggr)を実験的に測定する。次に、会合自由エネルギーの加算性を仮定し、任意のアミノ酸配列からなるペプチド・タンパク質の溶解性を計算する。各アミノ酸の会合自由エネルギーは、「基準ペプチド」にそのアミノ酸を特定の個数付加した際の溶解性変化から決定する。
平成22年度では、Arg、Ile、Lys、SerとAspの5種類のアミノ酸を付加した基準ペプチドを大量発現し、高純度に精製し、それぞれのアミノ酸付加による溶解性変化を測定し、会合自由エネルギーを求めた。平成23年度には、さらに5、6種類のアミノ酸の会合エネルギーを求め、バイオインフォマティクス的手法も駆使して、溶解性計算システムを完成させる。
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[Remarks] The first prize for the poster (Best poster賞)受賞Islam Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Kuroda Yutaka, "Effect of short peptide tags on protein solubility, function, and structure" Symposium on the Role of Biochemists in Health and Environment, Dhaka, Bangladesh, May 21, 2010
