2010 Fiscal Year Annual Research Report
相互作用情報と構造情報を統合した分子ネットワークの構築
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21310131
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
皿井 明倫 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (20221286)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤井 聡 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 助教 (40452825)
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| Keywords | 分子ネットワーク / 相互作用 / 構造 |
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| Research Abstract |
本研究では、生体分子の構造空間(ストラクチュローム)の全体像を俯瞰するために、Protein Data Bank (PDB)に含まれている構造単位としてのchainをクラスター化しそれらの相互作用からネットワークとして体系化したツール、PDBnet、の開発をすすめ、データの更新やインターフェイスの機能強化を行ってきた。本年度は、構造データに増大に伴うデータの更新と、それに基づく相互作用とネットワークの作成と、PDBnetのインターフェイスの改良を行った。一方、これまでの相互作用ネットワークはchainを単位として行ってきたが、蛋白質の場合にはより小さな構造と機能の単位であるドメインに基づく相互作用ネットワークを構築することも重要である。そこで、まずドメインの情報を他のデータベースなどから収集し、chainに含まれるドメインの解析を行った。そして、ドメイン配列をアラインメントすることによりクラスター化し、ドメイン間の相互作用を解析することによりネットワーク構築のための準備を行った。さらに、包括的な相互作用ネットワークを構築する目的で、生化学実験などで同定された蛋白質・蛋白質相互作用の情報の収集を続け、さまざまな生化学実験からの相互作用データを統合した。この統合化にあたっては、実験による精度の違いなどを考慮するため、これらの実験データの信頼性の情報を付加した。これらの一部のデータについては、PDBnetに統合した。
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