2009 Fiscal Year Annual Research Report
動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係に関する研究
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21310132
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| Research Institution | Toho University |
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Principal Investigator |
日紫喜 光良 Toho University, 理学部, 准教授 (30324271)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長崎 正朗 東京大学, 医科学研究所, 助教 (90396862)
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| Keywords | グラフ探索 / SNP / ASTD / ペトリネット / パスウェイシミュレーション |
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| Research Abstract |
本研究の次年度以降のステップとして、疾患とパスウェイとの関係について調べることが必要であるが、それをまとめた情報資源は未だ少ない。そこで、疾患に関係するパスウェイの文献からの探索作業を促進するために、遺伝子名から疾患との関係をPubMedあるいはGoogleで検索する際にWebページ中の疾患名をハイライトして表示するツール「日英疾患ナビ」をFirefoxブラウザのアドオンとして作製した。このアドオンをオンにした状態でForefoxでPubMedやGoogle検索をおこなうと、一度に100～200件もの多数の検索結果(例えばGoogleの場合はWebページのタイトルとサマリー)を一覧表示しても、疾患名の視認性が高まり、また、ハイライトされた箇所間をジャンプすることができるので素早くページ全体をチェックできる。それだけでなく、ページに含まれる疾患を表記のゆれがあっても概念ごとに集計・ソートして表示するパネルを有するので、検索に用いた遺伝子名と疾患との関係の強弱や多様性についておおまかな把握が可能である。さらに、認識された疾患から特定のものを選択して、それについてワンクリックでGoogle検索ができる。
また、(i)生体内パスウェイの構造を特長付けるような位置に所在する遺伝子の同定、(ii)生体内パスウェイのグラフ理論を用いた定性的な解析のために、(i)については、各ノードに属性を持つグラフから与えら得たパターンの部分グラフ(1万程度のグラフから抽出)を高速に全リスト化するための技術の研究を行った(成果未発表)。また、(ii)については、与えられたシミュレーションモデルからどの部分構造が動的に利用されているかを把握するための枠組みActive State Transition Diagram(ASTD)を研究・開発し、次年度への研究の準備を行った。
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