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2010 Fiscal Year Annual Research Report

ヘム蛋白質のアロステリック効果における情報伝達の構造化学

Research Project

Project/Area Number 21350098
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

北川 禎三  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40029955)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小倉 尚志  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (70183770)
Keywords生体分子科学 / 生物物理 / アロステリック効果 / 共鳴ラマン / ヘム蛋白質 / 紫外共鳴ラマン散乱 / 生体生命情報学 / 振動分光学
Research Abstract

アロステリック効果を持つ蛋白質のモデル分子としてヘモグロビンが色々な方法で研究されてきた。我々は紫外共鳴ラマン散乱法を用いてチロシン残基とトリプトファン残基の振動スペクトルを選択的に観測した。その振動数やラマン散乱強度が、それらの置かれている環境に鋭敏である事が知られているので、ヒトヘモグロビンの4つのチロシンと3つのトリプトファン一つひとつに部位特異的アミノ酸置換法を用いて、紫外共鳴ラマン不活性で酸素結合の協同効果を示すアミノ酸に置換し、それらの典型的なT-及びR-状態のスペクトルを測定した。自然体のスペクトルからそれを差し引く事によって、各残基1個のスペクトルを抽出した。それにより、Trpβ37, Tyrα42, Tyrα140, Tyrβ145がT-とR-状態でかなり変化する事がわかった。Tyrα14, Tyrβ15 ,Tyrβ35はTとRでほとんど変わらなかった。TとRの中間状態では,各残基のT状態とR状態の数が変る事がわかった。ヘモグロビンには4個のリガンドが結合できるが、2個リガンドが結合した状態に対して、それらの残基がT状態とR状態にある数を定量的に決める方法を編み出し、それを用いて四次構造を記述する新しい提案をした。この実験により、教科書に記載されているヘモグロビンの機能モデルであるMWCモデルが構造化学としては正しくない面の有る事を指摘した。
インドールアミンジオキシゲナーゼにおけるL-TrpとD-TrpのCO結合型ヘムとの相互作用の違いをCOの振動モード(ν(CO), ν(Fe-CO), δ(FeCO))をプローブとして詳しく調べた。その結果をもとにO_2添加反応における基質の立体異性体に依存する反応性の違いの起源を考察した。

  • Research Products

    (42 results)

All 2011 2010 Other

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 15 results) Presentation (25 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Differences between two active forms of CO-bound soluble guanylate cyclase in the presence of activators and substrate and their populations revealed by resonance Raman spectroscopy2011

    • Author(s)
      B.Pal, T.Kitagawa
    • Journal Title

      Ind.J Chem.

      Volume: 50A Pages: 395-400

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spectroscopic and computational characterization of Cu^<II>-OOR(R=H or cumyl) complexes bearing a Me6-tren ligand2011

    • Author(s)
      Yu Jin Choi, et al.
    • Journal Title

      Dalton Trans.

      Volume: 40 Pages: 2234-2241

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Post-translational His-Cys Cross Linkage Formation in Tyrosinase Induced by Copper(II)-Peroxo Species2011

    • Author(s)
      Nobutaka Fujieda, et al.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: 133 Pages: 1180-1183

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Resonance Raman study on the oxygenated and the ferryl-oxo species of indoleamine 2, 3-dioxygenase during catalytic turnover2011

    • Author(s)
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • Journal Title

      Faraday Disc.

      Volume: 148 Pages: 239-247

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The β-sheet structure pH dependence of the core fragments of β_2-microglobulin amyloid fibrils2010

    • Author(s)
      M.Hiramatsu, M.Lu, Y.Goto, T.Kitagawa
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn.

      Volume: 83 Pages: 495-504

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Binding of YC-1/BAY 41-2272 to soluble guanylate cyclase ; A new perspective to the mechanism of activation2010

    • Author(s)
      B.Pal, T.Kitagawa
    • Journal Title

      Biochem.Biophys.Res.Commun.

      Volume: 397 Pages: 375-379

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Resonance Raman spectroscopic investigation of structural changes of CO-heme in soluble guanylate cyclase generated by effectors and substrate2010

    • Author(s)
      B.Pal, B., Tanaka, S.Takenaka, T.Kitagawa
    • Journal Title

      J.Raman Spectrosc.

      Volume: 41 Pages: 1178-1184

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Important Roles of Tyr43 at the Putative Heme Distal Side in Oxygen Recognition and Stability of the Fe(II)-O_2 Complex of YddV, a Globin-coupled Heme-based Oxygen Sensor Diguanylate Cyclase2010

    • Author(s)
      Kenichi Kitanishi, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 49 Pages: 10381-10393

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Specific Interaction of L-Tryptophan with CO of CO-Bound Indoleamine2, 3-Dioxygenase Identified by Resonance Raman Spectroscopy2010

    • Author(s)
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 49 Pages: 10081-10088

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis, Structural and Spectroscopic Characterization, and Reactivities of Mononuclear Cobalt(III)-Peroxo Complexes2010

    • Author(s)
      Jaeheung Cho, et al.
    • Journal Title

      J Am.Chem.Soc.

      Volume: 132 Pages: 16977-16986

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Low-Spin Ruthenium(IV)-Oxido Complex : Does the Spin State Have an Impact on the Reactivity?2010

    • Author(s)
      Takahiko Kojima, et al.
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed.

      Volume: 49 Pages: 8449-8453

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reversible O-O Bond Cleavage and Formation between Mn(IV)-Peroxo and Mn(V)-Oxo Corroles2010

    • Author(s)
      Sun Hee Kim, et al.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: 132 Pages: 14030-14032

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell-free synthesis of cytochrome c oxidase, a multicomponent membrane protein2010

    • Author(s)
      Yukie Katayama, et al.
    • Journal Title

      J Bioener.and Biomemb.

      Volume: 42 Pages: 235-240

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nickel(II) Complexes of tpa Ligands with 6-Phenyl Substituents(Ph_ntpa).Structure and H_2O_2-Reactivity2010

    • Author(s)
      T.Tano, et al.
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn.

      Volume: 83 Pages: 530-538

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A square-planar Ni(II) complex with an N_2S_2 donor set similar to the active centre of nickel-containing superoxide dismutase and its reaction with superoxide2010

    • Author(s)
      D.Nakane, et al.
    • Journal Title

      Chem.Commun.

      Volume: 46 Pages: 2142-2144

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヘム鉄の電子密度の変化を通したミオグロビンの機能調節機構の解明2011

    • Author(s)
      西村龍, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-29
  • [Presentation] CuA近傍のアミノ酸残基へ部位特異的変異導入をしたチロシナーゼにおけるペルオキソ活性酸素種の特性評価2011

    • Author(s)
      藤枝伸宇, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-29
  • [Presentation] CuB近傍のアミノ酸残基へ部位特異的変異を導入したチロシナーゼにおけるペルオキソ活性酸素種の特性評価2011

    • Author(s)
      藪田真太郎, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-29
  • [Presentation] 単核ルテニウム-テロポリタングステン酸錯体を触媒とする水の酸化反応機構2011

    • Author(s)
      村上将人, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] 時間分解共鳴ラマン分光法によるCO光解離後のチトクロムC酸化酵素の構造緩和過程の追跡2011

    • Author(s)
      石上泉, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] リン脂質小胞に再構成したチトクロムC酸化酵素の共鳴ラマン分光2011

    • Author(s)
      野村高志, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] 高酸化型鉄ポルフィリンの共鳴ラマンスペクトル:軸配位子の陰性度及び2位の嵩高さがFe=O伸縮振動に及ぼす影響2011

    • Author(s)
      石丸裕士, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] CO結合型インドールアミン2, 3ジオキシゲナーゼへのTrpの光学異性体依存的相互作用の検出:共鳴ラマン分光法2011

    • Author(s)
      柳澤幸子, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] 単核銅(II)アルキルペルオキソ錯体の性質に及ぼす配位子の効果2011

    • Author(s)
      太農哲朗, その他
    • Organizer
      日本化学会第91春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-26
  • [Presentation] インドールアミンジオキシゲナーゼの反応中間体活性部位の構造解析:共鳴ラマン分光法2010

    • Author(s)
      小倉尚志
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー:蛋白質の機能-構造相関解明のための精密構造解析とその方法-水素原子から細胞まで-
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      20101006-20101007
  • [Presentation] ペルオキシダーゼ反応中間体モデル錯体の共鳴ラマンスペクトル2010

    • Author(s)
      石丸裕士, その他
    • Organizer
      第60回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      大阪国際交流センター(大阪府)
    • Year and Date
      20100927-20100930
  • [Presentation] Femtosecond-Laser-Based Highly-Sellsitive Time-Resolved IR Spectrometer for Studying Enzyme Reactions under Physiological Conditions2010

    • Author(s)
      Minoru Kubo, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Resonance Kaman study on the oxygenated and the ferryl-oxo species of indoleamine 2, 3-dioxygenase2010

    • Author(s)
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Interaction between Substrate and Dioxygen in the Enzyme/Substrate/Dioxygen Ternary Complex of Indoleamine Dioxygenase as Probed with Resonance Raman Spectroscopy2010

    • Author(s)
      Takashi Ogura, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Resonance Raman Evidence for Heme-heme interaction in Cytochrome c Oxidase2010

    • Author(s)
      Miyuki Sakaguchi, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Structural Relaxation of Cytochrome C Oxidase after CO photolysis : Assignment of a Heme Peripheral Raman Mode2010

    • Author(s)
      Izumi Ishigami, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] 高輝度フェムト秒レーザーを用いた時間分解赤外分光装置の開発2010

    • Author(s)
      久保稔, その他
    • Organizer
      分子科学討論会2010
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府)
    • Year and Date
      20100914-20100917
  • [Presentation] Resonance Raman Identification of a Fe^<IV>=O Type Reaction Intermediate During Indoleamine 2, 3-Dioxygenase Reaction2010

    • Author(s)
      Takashi Ogura, et al.
    • Organizer
      The XXII^<th> International Conference on Raman Spectroscopy
    • Place of Presentation
      Boston Park Plaza Hotel(U.S.A.)
    • Year and Date
      20100808-20100813
  • [Presentation] Evaluation of Inter-subunit Interactions in Half-ligated Human Adult Hemoglobin based on the Single Residue UVRR Spectra2010

    • Author(s)
      Teizo Kitagawa, Shigenori Nagatomo, Masako Nagai
    • Organizer
      12^<th> Intl.Conf.Raman Spectroscopy
    • Place of Presentation
      Boston Park Plaza Hotel (U.S.A.)
    • Year and Date
      20100800
  • [Presentation] Distinct binding geometries of CO to L-Trp- and D-Trp-bound indoleamine 2, 3-dioxygenase as probed with resonance Raman spectroscopy2010

    • Author(s)
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • Organizer
      Faraday Discussions 148, Spectroscopy, Theory and Mechanisms in Bioinorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      University of Nottingham(UK)
    • Year and Date
      20100705-20100706
  • [Presentation] Structural Chemistry of Information Communication in Oxygen Sensor Protein, EcDOS, Revealed with Resonance Raman Spectroscopy2010

    • Author(s)
      T.Kitagawa, S.F.El-Mashtoly, S.Nakajima, H.Takahashi, A.Tanaka, Toru Shimizu
    • Organizer
      6^<th>Intl.Conf.on Porphyrin and Phthalocyanine
    • Place of Presentation
      Hyatt Regency Tamaya Resort & Spa(U.S.A.)
    • Year and Date
      20100700
  • [Presentation] Structural Analysis of Transcriptional Factor NPAS2 by Resonance Raman Spectroscopy2010

    • Author(s)
      Y Misumi,, K Yoshii, I.Sagami, Y.Katayama, H.Shimada,, T.Kitagawa, T.Ogura
    • Organizer
      第48回生物物理学会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] Resonance Raman study on the oxygenated and the ferryl-oxo species of indoleamine 2, 3-dioxygenase during catalytic turnover2010

    • Author(s)
      Takashi Ogura, et al.
    • Organizer
      Faraday Discussions 148, Spectroscopy, Theory and Mechanisms in Bioinorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      University of Nottingham(UK)
    • Year and Date
      2010-07-06
  • [Presentation] インドールアミンジオキシゲナーゼの共鳴ラマンスペクトル2010

    • Author(s)
      柳澤幸子, その他
    • Organizer
      第37回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      山口大学(山口県)
    • Year and Date
      2010-06-19
  • [Presentation] ヒトヘモグロビンリガンド結合中間体の紫外共鳴ラマン分光法によ四次構造評価2010

    • Author(s)
      北川禎三、長友重紀、長井雅子
    • Organizer
      第37回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      山口大学(山口県)
    • Year and Date
      2010-06-18
  • [Book] Hemoglobin ; Recent Development and Topics(M.Nagai ed.)2011

    • Author(s)
      S.Nagatomo, M.Nagai, T.Kitagawa
    • Total Pages
      37-61
    • Publisher
      Research Signpost, Kerala, India
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/life/biophys2/MolBiophys_II_main/home_j.html

URL: 

Published: 2012-07-19  

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