2012 Fiscal Year Annual Research Report
ハプト・クリプト藻類を含む新奇巨大生物群の提唱とクロムアルベオラ－タ仮説の検証
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21370031
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
稲垣 祐司 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石田 健一郎 筑波大学, 生命環境系, 教授 (30282198)
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| Project Period (FY) |
2009-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 真核生物系統 / 葉緑体 / クロムアルベオラータ仮説 / 遺伝子水平移動 / 2次共生 |
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| Research Abstract |
新奇捕食性鞭毛虫Palpitomonas bilixとゴニオモナス類Goniomona sp.からの網羅的発現遺伝子（EST）データを加えた161遺伝子配列データセットに、カタブレファリス類Roombia sp.のESTデータを加えた最終的な分子系統解析用データセットを整備した。単一遺伝子データを系統解析し、系統的に離れた生物から水平的に伝播した可能性のある配列等を検出した場合当該配列を削除し、データセットから系統解析において「ノイズ」となる可能性の配列を取り除いた。最終的に159遺伝子配列を使用することに決定した。
この159遺伝子から構成されるデータセットを最尤法を用いて解析した。その結果、クリプト藻類、ゴニオモナス類、カタブレファリス類、Palpitomonasは単系統となり、最尤法ブートストラップ値（MLBP値）は89%であった。この単系統群の中で、まずPalpitomonas、カタブレファリス類の順で分岐し、最終的にクリプト藻類とゴニオモナス類が分岐すると推測された。Palpitomonasが最初に枝分かれするトポロジーはMLBP値89%で、クリプト藻類とゴニオモナス類の姉妹群関係はMLBP値100%で支持された。
顕微鏡観察からクリプト藻類、ゴニオモナス類、カタブレファリス類は射出装置をもち、その構成タンパク質の一つがESTデータ中に発見された。しかしPalpitomonasには射出装置はなく、そのESTデータにも射出装置構成タンパクは検出できなかった。射出装置の有無を、159遺伝子系統解析から推測されたクリプト藻類、ゴニオモナス類、カタブレファリス類、Palpitomonasの分岐順にあてはめると、Palpitomonasと分岐した後、クリプト藻類、ゴニオモナス類、カタブレファリス類の共通祖先が射出装置を獲得したと解釈できる。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Multigene phylogenies of diverse Carpediemonas-like organisms identify the closest relatives of 'amitochndriate' diplomonads and retortamonads2012
Author(s)
Takishita K, Kolisko M, Komatsuzaki H, Yabuki A, Inagaki Y, Cepicka I, Smejkalova P, Silberman JD, Hashimoto T, Roger AJ, Simpson AGB.
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Journal Title
Protist
Volume: 163
Pages: 344-355
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] The phylogenetic position and mitochondrial genome sequence of the enigmatic discobid Tsukubamonas globosa.2012
Author(s)
Ryoma Kamikawa, Yuki Nishimura, Akinori Yabuki, Martin Kolisko, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger, Ken-ichiro Ishida, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki.
Organizer
Protist2012
Place of Presentation
University of Oslo, Oslo, Norway
Year and Date
20120729-20120803
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[Presentation] Evolutionary analysis of mitochondrial ancestry of diplomonads: Phylogenomics of mitochondrial-related organelles in Carpediemonas-like organisms.2012
Author(s)
Martin Kolisko, Ryoma Kamikawa, Kiyotaka Takishita, Ivan Cepicka, Qianqian Zhang, Tetsuo Hashimoto, Akinori Yabuki, Yuji Inagaki, Andrew J Roger, Alastair GB Simpson.
Organizer
Protist2012
Place of Presentation
University of Oslo, Oslo, Norway
Year and Date
20120729-20120803
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