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2011 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシン群の構造と機能分化

Research Project

Project/Area Number 21370070
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

神山 勉  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30170210)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村上 緑  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教 (20324387)
井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 助教 (90223297)
岩佐 達郎  室蘭工業大学, 工学部, 教授 (00133926)
Keywordsレチナール蛋白質 / X線結晶構造解析 / 光駆動プロトンポン / 視物質 / 塩素イオンポンプ / 膜タンパク質 / イカ・ロドプシン / ハロロドプシン
Research Abstract

1)ロドプシン群タンパク質の結晶化:(1)高熱性好塩菌由来のデルタロドプシンの結晶を作成し、その立体構造を2.8Åの分解能で求めた。(2)タコ・ロドプシンの結晶化を行い、微結晶を得た。
2)バクテリオロドプシンの構造解析:(1)0中間体の寿命が長くなることで知られるBR変異体(L93A)の結晶を作製し、0中間体の形成に伴う構造変化を2.3Åの分解能で明らかにした。
3)ファラオニス・ハロロドプシン(pHR)の構造解析:(1)塩素イオン非結合状態(中性pHでの0中間体)の構造を求め、レチナール・シッフ塩基近傍にある陰イオン結合部位から塩素イオンが排出される様子を明らかにした。(2)弱酸性陰イオン(アザイド)存在下でのpHRの光誘起構造変化を調べ、M中間体の形成に伴いFヘリックスが大きく変形することを明らかにした。(3)ヘリックスAの前方にある短いヘリックスA'とヘリックスBとCをつなぐB-Cループの一部が塩素イオンの取り込みに関してキャップする構造を形成していることを、phRを発現させた大腸菌とそのゴースト膜小胞を用いて明らかにした。(4)pHRのB-Cループ部分の一部(phRにだけ存在しているアミノ酸)を欠失した変異体(phR△BC)では、光反応は膜電位に依存せず、塩素イオンの取りこみが素早くなることを明らかにした。
4)無脊椎動物系ロドプシンの構造解析:(1)イカ・ロドプシンのバソ中間体およびイソ中間体の構造を求め、反応初期過程の様子を明らにした。(2)タコのマイクロビライ(MV)のX線小角散乱(SAXS)を測定し、タコロドプシンの光反応(メタロドプシンの生成)に伴う高次構造の変化の様子を明らかにした。

  • Research Products

    (19 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (11 results)

  • [Journal Article] Gene orders in the upstream of 16S rRNA genes divide genera of the family Halobacteriaceae into two groups2012

    • Author(s)
      Minegishi H, Kamekura M, Kitajima-Ihara T, Nakasone K, Echigo A, Shimane Y, Usami R, Itoh T, Ihara K
    • Journal Title

      Int J Syst Evol Microbiol.

      Volume: 62 Pages: 188-95

    • DOI

      DOI10.1099/ijs.0.031708-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photochemistry of a putative new class of sensory rhodopsin (SRIII) coded by xop2 of Haloarcular marismortui2012

    • Author(s)
      Nakao Y, Kikukawa T, Shimono K, Tamogami J, Kimitsuki N, Nara T, Unno M, Ihara K, Kamo N.
    • Journal Title

      J Photochem Photobiol B

      Volume: 102 Pages: 45-54

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2010.09.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intracellular distribution of iron in the cell of magnetotactic bacteria inhibited the biosynthesis of magnetic nano-particles by limiting the iron source2012

    • Author(s)
      Watanabe S.Iwasa T.
    • Journal Title

      Advanced Materials Research

      Volume: 476-478 Pages: 1020-1026

    • DOI

      10.4028/www.scientific.net/AMR.476-478.1020

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallographic analysis of the primary photochemical reaction of squid rhodopsin2011

    • Author(s)
      Murakami M, Kouyama T.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol.

      Volume: 413 Pages: 615-627

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of an O-Like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin2011

    • Author(s)
      Kanada S, Takeguchi Y, Murakami M, Ihara K, Kouyama T.
    • Journal Title

      J.Mol.Bid.

      Volume: 413 Pages: 162-176

    • DOI

      10.1016/j.imb.2011.08.021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A microbial rhodopsin with a unique retinal composition shows both sensory rhodopsin II and bacteriorhodopsin-like properties2011

    • Author(s)
      Sudo Y, Ihara K, Kobayashi S, Suzuki D, Irieda H, Kikukawa T, Kandori H, Homma M.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 286 Pages: 5967-76

    • DOI

      10.1074/jbc.M110.190058

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An amino acid residue (S201) in the retinal binding pocket regulates the photoreaction pathway of phoborhodopsin2011

    • Author(s)
      Dai G, Zhang, Y、Tamogami J、Demura M, Kamo N, Kandori H, Iwasa T
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Pages: 7177-7183

    • DOI

      10.1021/bi200598r

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A MarR-type transcriptional regulator ChlR activates expression of tetrapyrrole biosynthesis genes in response to low-oxygen conditions in cyanobacteria

    • Author(s)
      Aoki R, Takeda T, Omata T, Ihara K, Fujita Y.
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: (印刷中)

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.346205

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] X線結晶構造から観る無脊椎動物ロドプシンの光反応過程2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      生命情報科学研究セミナー
    • Place of Presentation
      東京(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-22
  • [Presentation] ハロロドプシンの光誘起構造2012

    • Author(s)
      中西太市, 金田創運, 井原邦夫, 村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] タコロドプシンの結晶化2012

    • Author(s)
      水野克秀, 張進, 中村洋子, 村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2012

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2012

    • Author(s)
      張進, 山崎芳和, 樋掛正則, 村上緑, 井原邦夫, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の結晶構造解析2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      蛋白研セミナー「結晶学でみるタンパク質の化学と物理」
    • Place of Presentation
      名古屋(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシン光反応中間体の結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20111124-20111125
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      張進, 山崎芳和, 樋掛正則, 村上緑, 井原邦夫, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] ファラオニシス・ハロロドブシンのアザイド結合型紫状態のM中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      中西太市, 金田創運, 村上緑, 井原邦夫, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体のX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] Lipocalin family proteins foud in the olfactory epithelium of Japanese common newt2011

    • Author(s)
      K.Sawada, T.Nakamura, T.Iwasa
    • Organizer
      ICCPB2011
    • Place of Presentation
      Nagoya
    • Year and Date
      20110531-20110605

URL: 

Published: 2013-06-26  

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