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2011 Fiscal Year Annual Research Report

翻訳反応駆動部となるリボソームタンパク質複合体の分子機能解剖

Research Project

Project/Area Number 21370078
Research InstitutionNiigata University

Principal Investigator

内海 利男  新潟大学, 自然科学系, 教授 (50143764)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊東 孝祐  新潟大学, 自然科学系, 助教 (20502397)
姚 閔  北海道大学, 大学院・先端生命科学研究院, 准教授 (40311518)
Keywordsリボソーム / リボソームタンパク質 / タンパク質合成 / リボソームストーク / GTPaseセンター / 結晶構造 / タンパク質複合体 / 部位特異的アミノ酸置換
Research Abstract

リボソームストーク複合体の構造、動態、機能の関係を解明する目的で、平成22年度までの研究で各ストークC末端と翻訳因子間の結合性を検出してきた。平成23年度は主に次のような成果が得られ課題全体の研究結果を総括した。
A.古細菌aP1のC末端部位と翻訳因子間複合体の結晶構造解析
翻訳因子aEF-1αとストークC末端ペプチド間の結晶化に成功し、構造解析を進めている。また、翻訳因子とストーク間の結合性は、GDP結合型とGTP(GMPPCP)結合型因子間でほぼ同等であった。さらに、aP1のC末端と開始因子aIF5Bとの結合性も認められた。
B.古細菌aP1二量体と二種類の翻訳因子の結合性
aP1二量体にaEF-1αとaEF-2を混合することで三者複合体が形成し、aP1二量体の各C末端にaEF-1αとaEF-2が一分子ずつ結合しうることが示された。
C.古細菌P1のaEF-1α・GDP→aEF-1α・GTP交換反応への関わり
リボソーム上でのGTP加水分解後、aEF-1α・GDP→aEF-1α・GTP交換反応にaP1が関わるかどうか検証したが、交換因子aEF-1βはヌクレオチド非結合型aEF-1αに強く結合し、一端ストークの結合性を低下させGTP結合を推進させた。従ってヌクレオチド交換反応へのストークの直接的関与はなく、交換反応後にaEF-1α・GTPとストークの結合が復帰することが推察された。
D.3年間の研究成果総括
真核/古細菌リボソーム中に複数コピー存在するストークのC末端側の疎水性アミノ酸がそれぞれ、各種真核/古細菌GTPase翻訳因子と相互作用し、ストークはGTP結合型/GDP結合型因子の区別なくリボソーム周辺に因子を集め、リボソーム・因子間の結合・解離効率を高め、翻訳効率を上げると考えられた。

  • Research Products

    (16 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (10 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Archaeal ribosomal stalk protein interacts with translation factors in a nucleotide-independent manner via its conserved C terminus2012

    • Author(s)
      Nomura, N., 他
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 109 Pages: 3748-3753

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of Chimeric Ribosomal stalk Complexes from Eukaryotic and Bacterial Sources : Structural Features Responsible for Specificity of Translation Factors2012

    • Author(s)
      Mochizuki, M., 他
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 17 Pages: 273-284

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia coli in complex with the acceptor-TΨC domain of tRNA2011

    • Author(s)
      Ito K, 他
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.Sect F

      Volume: 67 Pages: 1566-1569

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the binding of IRES RNAs to the head of the ribosomal 40S subunit2011

    • Author(s)
      Muhs, M., 他
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 39 Pages: 5264-5275

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] リボソームには複数の"腕"がある2012

    • Author(s)
      内海利男, 他
    • Organizer
      第1回RIBOSOME MEETING
    • Place of Presentation
      広島大学生物生産学部(招待講演)
    • Year and Date
      20120315-20120316
  • [Presentation] 真核リボソームstalkに存在する2対のヘテロ二量体の翻訳伸長反応における機能の非等価性2011

    • Author(s)
      馬場健太朗, 他
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20111213-20111216
  • [Presentation] リボトキシンによるrRNA機能部位の脱プリン作用にはリボソームstalkタンパク質のC末端部位が関与する2011

    • Author(s)
      遊佐和之, 他
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20111213-20111216
  • [Presentation] 高度好熱菌T.thermophilusペプチジルtRNA加水分解酵素のX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      松本愛弥, 他
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20111213-20111216
  • [Presentation] 立体構造に基づくペプチジルtRNA分解酵素の酵素学的機能解析2011

    • Author(s)
      村上僚, 他
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20111213-20111216
  • [Presentation] Archaeal elongation factor acts as an omnipotent carrier GTPase in translational elongation, termination and mRNA surveillance2011

    • Author(s)
      Nureki, O., 他
    • Organizer
      The 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20110614-20110618
  • [Presentation] Structural Basis of the Substrate Recognition Mechanisms of Peptidyl-tRNA Hydrolase from Escherichia coli2011

    • Author(s)
      Ito, K., 他
    • Organizer
      The 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20110614-20110618
  • [Presentation] Introduction of a Lepidoptera-specific sequence within the GTPase-associated centerof 28S rRNA into Escherichia coli 23S rRNA : Effects of the mutations2011

    • Author(s)
      Maruyama, R., 他
    • Organizer
      The 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20110614-20110618
  • [Presentation] Omnipotent role of archaeal elongation factor 1 alpha in translation elongation, and termination. and quality control of protein synthesis2011

    • Author(s)
      Saito, K., 他
    • Organizer
      The 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20110614-20110618
  • [Presentation] 動物リボソームstalkヘテロ二量体の分子集合モードの解析2011

    • Author(s)
      馬場健太朗, 他
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク・大阪
    • Year and Date
      20110607-20110609
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/Uchiumi-Ito/research.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.niigata-u.ac.jp/top/pickup/240229.html

URL: 

Published: 2013-06-26  

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