2011 Fiscal Year Annual Research Report
SNPによる疾患遺伝子座決定とシーケンスキャプチャー法開発による遺伝子単離
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21390100
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
吉浦 孝一郎 長崎大学, 大学院・医歯薬学総合研究科, 教授 (00304931)
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| Keywords | 次世代型シーケンサー / エキソンキャプチャー法 / 歌舞伎症候群 / 筋萎縮性側索硬化症 / emulsion PCR / SOLiD / 骨髄異形成症 |
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| Research Abstract |
昨年度の経験を踏まえ単一遺伝子疾患の原因遺伝子同定のために次世代型シーケンサーを活用したシーケンスキャプチャー解析を行った。本年度購入したSOLiD5500xlの塩基配列解析の動作性能を最大限に利用できるように,プロトコールの改良を第一目標とした。これまで収集していたKabuki Syndrome(KS:歌舞伎症候群)DNAを用いてMLL2遺伝子のスクリーニング検査も兼ねてSOLiD5500を使用してプロトコールの改良を行なった。同時に,Amyotropic Lateral Sclerosis(ALS:筋萎縮性側索硬化症)と転写共役性DNA修復酵素欠損症についてexome解析をおこなった。
SOLiD5500はemulsion PCRとligation反応による塩基配列決定を行うためにDNA合成にともなって塩基配列決定を行う機器とは全く原理が異なり,その性能はたの機種より優れているのか劣っているのかも不明である。emulsion PCRを行うことによりGC含有量の多い部分でもPCRを行う事が可能となり得るが確認はされていない。検討の結果,添付のプロトコールではGC含有量の高いところは塩基配列決定が出来ないが,Taqpolymeraseを工夫することで均一な増幅め可能性があることは確認出来た。しかし,まだ完全なプロトコールの改良には至っていない。
遺伝子単離に関してはAgilent社製の38M Allexoncapture kitによりエキソン部分の濃縮を行った後に外部委託(SOLiD5500が間に合わなかったため)によりシーケンス解析を行い,転写共役性DNA修復酵素欠損症の原因遺伝子を明らかにすることが出来た。また,HiSeq2000を用いた腫瘍(Myelodysplastic syndrome)の全ゲノム塩基配列決定を行っており,今後自ら所有しているSOLiD5500にて全ゲノムシーケンスを行い両機器の比較検討を行うとともに,MDSの原因変異の同定を目指す。
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[Journal Article] Surfactant protein C G100S mutation causes familial pulmonary fibrosis in Japanese kindred2011
Author(s)
Ono S, Tanaka T, Ishida M, Kinoshita A, Fukuoka J, Takaki M, Sakamoto N, Ishimatsu Y, Kohno S, Hayashi T, Senba M, Yasunami M, Kubo Y, Yoshida LM, Kubo H, Ariyoshi K, Yoshiura K, Morimoto K
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Journal Title
Eur Respir J
Volume: 38(4)
Pages: 861-869
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[Journal Article] An assembly defect due to a PSMB8 mutation reduces proteasome activity and causes autoinflammatory disorder, Nakajo-Nishimura syndrome2011
Author(s)
Arima K, Kinoshita A, Mishima H, Kanazawa N, KanekoT, Mizushima T, Ichinose K, Nakamura H, Tsujino A, Kawakami A, Matsunaka M, Kasagi S, Kawano S, Kumagai S, Ohmura K, Mimori T, Hirano M, Ueno S, Tanaka K, Tanaka M, Toyoshima I, Sugino H, Yamakawa A, Tana K, Niikawa N, Furukawa F, Shigeo Murata S, Eguchi K, Ida H, Yoshiura K
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Journal Title
Proc Natl Acad Sci
Volume: 108(36)
Pages: 14914-14919
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[Journal Article] Epidemiology of human papillomavirus genotypes in pregnant Japanese women2011
Author(s)
Yamasaki K, Miura K, Shimada T, Miura S, Abe S, Murakami M, Sameshima T, Fujishita A, Kotera K, Kinoshita A, Yoshiura K, Masuzaki H
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 56(4)
Pages: 313-315
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[Journal Article] Clinical application of fetal sex determination using cell-free fetal DNA in pregnant carriers of X-linked genetic disorders2011
Author(s)
Miura K, Higashijima A, Shimada T, Miura S, Yamasaki K, Abe S, Jo O, Kinoshita A, Yoshida A, Yoshimura S, Niikawa N, Yoshiura K, Masuzaki H
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 56(4)
Pages: 296-299
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[Journal Article] SMOC1 Is Essential for Ocular and Limb Development in Humans and Mice2011
Author(s)
Okada I, Hamanoue H., Terada K, Tohma T, Megarbane A, Chouery E, Abou-Ghoch J, Jalkh N, Cogulu O, Ozkinay F, Horie K, Takeda J, Furuichi T, Ikegawa S, Nishiyama K, Miyatake S, Nishimura A, Mizuguchi T, Niikawa N, Hirahara F, Kaname T, Yoshiura K, Tsurusak
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Journal Title
Am J Hum Genet
Volume: 88(1)
Pages: 1-12
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