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2010 Fiscal Year Annual Research Report

高速計算可能な木構造の類似度の設計とさまざまな離散構造への拡張

Research Project

Project/Area Number 21500145
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

平田 耕一  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 准教授 (20274558)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 久保山 哲二  学習院大学, 計算機センター, 准教授 (80302660)
Keywords木 / 木の類似度・非類似度 / 編集距離 / 二分木コード / ボトムアップ編集距離 / 系統樹 / エピソード
Research Abstract

木,グラフ,超グラフといった離散構造における類似度・非類似度の計算のうち,本年度は,主に木の非類似度である木の編集距離とその応用についての研究を進めた
木構造の非類似度として最も広く用いられている木の編集距離は、この兄弟間の順序を考慮する順序木ではノード数nの木に対して計算に0(n^3)時間かかり、兄弟間の順序を考慮しない無順序木ではNP困難でありMAX SNP困難であることが知られている
そこで本年度はまず,編集距離の変種の一つであり,Valienteによって定式化力・意図されていた共通完全部分木に基づくボトムアップ編集距離について研究を進めた.Valienteの定式化ではラベルの置換を許していないため,厳密には編集距離ではなくインデル距離であった.そこで,新たにボトムアップ編集距離を定式化し,順序木では0(n^2)時間で計算するアルゴリズムを設計するとともに,無順序木ではMAX SNP困難になることを示した
また,本年度は,順序木の編集距離τを二分木コードの文字列編集距離δによる近似にも取り組んだ.そして,0(n^2)時間で計算でき,かつ,(τ-h)/(h+1)≦δ≦2τで近似することを示した.無順序木で同様の高速近似手法を確立することは今後の課題である
さらに,本年度は、インフルエンザウイルスの系統樹、および、薬剤感受性検査データから得られる菌交代や耐性変化を表す有向グラフであるエピソードを求める技術を発展させた.今後は,これらの木やグラフの類似度・非類似度の計算方法を確立することが課題である

  • Research Products

    (18 results)

All 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (16 results)

  • [Journal Article] Approximating Tree Edit Distance through String Edit Distance for Binary Tree Code2010

    • Author(s)
      T. Aratsu, K. Hirata, T. Kuboyam
    • Journal Title

      Fundamenta Informaticae

      Volume: 101 Pages: 1-15

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mining Frequent k-Partite Episodes from Event Sequences2010

    • Author(s)
      Takashi Katoh, Hiroki Arimura, Kouichi Hirata
    • Journal Title

      Lecture Note in Artificial Intelligence

      Volume: 6284 Pages: 331-344

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] A Bottom-Up Edit Distance between Rooted Labeled Trees2011

    • Author(s)
      Yoshiyuki Yamamoto, Kouichi Hirata, Tetsuji Kuboyama
    • Organizer
      7th Workshop on Learning with logics and Logics for Learning (LLLL2009)
    • Place of Presentation
      大阪市
    • Year and Date
      20110329-20110330
  • [Presentation] Broom Distance between Rooted Labeled Trees2011

    • Author(s)
      Tetsuji Kuboyama, Kouichi Hirata
    • Organizer
      7th Workshop on Learning with logics and Logics for Learning (LLLL2009)
    • Place of Presentation
      大阪市
    • Year and Date
      20110329-20110330
  • [Presentation] On Learning Dyck-Typed Regular Translation Elementary Formal Systems with Tag Operations between XML Documents2011

    • Author(s)
      Noriko Sugimoto, Kouichi Hirata
    • Organizer
      7th Workshop on Learning with logics and Logics for Learning (LLLL2009)
    • Place of Presentation
      大阪市
    • Year and Date
      20110329-20110330
  • [Presentation] 根付き無順序木の編集距離とその変種の比較2011

    • Author(s)
      山本恭之, 有福洋史, 平田耕一
    • Organizer
      火の国情報シンポジウム2011
    • Place of Presentation
      福岡市
    • Year and Date
      20110308-20110309
  • [Presentation] インフルエンザウイルスの塩基配列からの正規圧縮距離に基づく系統樹推定2011

    • Author(s)
      牧野俊亮, 佐田和也, 平田耕一
    • Organizer
      火の国情報シンポジウム2011
    • Place of Presentation
      福岡市
    • Year and Date
      20110308-20110309
  • [Presentation] 薬剤感受性検査データにおける薬剤耐性変化の時系列解析2011

    • Author(s)
      李宏偉, 平田耕一
    • Organizer
      火の国情報シンポジウム2011
    • Place of Presentation
      福岡市
    • Year and Date
      20110308-20110309
  • [Presentation] Discovering Global Propagation for Influenza A Viruses Based on Robinson-Foulds Distance between Phylogenetic Trees2011

    • Author(s)
      Kazuya Sata, Kouichi Hirata, Kimihito Ito, Tetsuji Kuboyama
    • Organizer
      Annual International Conference on BioInformatics and Computational Biology(BICB2011)
    • Place of Presentation
      シンガポール
    • Year and Date
      20110228-20110301
  • [Presentation] Predicting Mutations of Influenza Virus HA Genes Using Dimentionality Reduction of Hamming Distance Space2011

    • Author(s)
      Tetsuji Kuboyama, Kimihito Ito, Kouichi Hirata, Hiroshi Sakamoto
    • Organizer
      Annual International Conference on BioInformatics and Computational Biology(BICB2011)
    • Place of Presentation
      シンガポール
    • Year and Date
      20110228-20110301
  • [Presentation] 進化系統樹のRobinson-Flouds距離を用いたインフルエンザウイルスの地位間遷移解析2011

    • Author(s)
      佐田和也, 平田耕一, 伊藤公人, 久保山哲二
    • Organizer
      第81回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      甲府市
    • Year and Date
      20110131-20110201
  • [Presentation] インフルエンザウイルスのRNA分節に生じる共変異の抽出2011

    • Author(s)
      櫨本竜也, 平田耕一, 伊藤公人
    • Organizer
      第81回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      甲府市
    • Year and Date
      20110131-20110201
  • [Presentation] 細菌検査データからの頻出二部エピソードの抽出2010

    • Author(s)
      河東孝, 有村博紀, 平田耕一
    • Organizer
      第79回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      札幌市
    • Year and Date
      20100924-20100925
  • [Presentation] アミノ酸の高次元符号化によるインフルエンザウイルスの抗原変異予測2010

    • Author(s)
      久保山哲二, 申吉浩, 伊藤公人, 平田耕一
    • Organizer
      第78回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      20100731-20100801
  • [Presentation] ラベル付き根付き順序木のボトムアップ距離2010

    • Author(s)
      山本恭之, 平田耕一, 林田崇佑, 久保山哲二
    • Organizer
      第78回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      20100731-20100801
  • [Presentation] Temporal Interrelations of Bacteria Based on the Occurrence Time2010

    • Author(s)
      Kouichi Hirata, Kenichiro Motoyama, Shigeki Yokoyama, Kimiko Matsuoka
    • Organizer
      2010 ICME International Conference on Complex Medical Engineering (CME2010)
    • Place of Presentation
      ゴールドコースト(オーストラリア)
    • Year and Date
      20100713-20100715
  • [Presentation] Aligned Bipartite Episodes between the Genera of Bacteria2010

    • Author(s)
      Takashi Katoh, Kouichi Hirata, Hiroki Arimura, Shigeki Yokoyama, Kimiko Matsuoka
    • Organizer
      2010 ICME International Conference on Complex Medical Engineering(CME2010)
    • Place of Presentation
      ゴールドコースト(オーストラリア)
    • Year and Date
      20100713-20100715
  • [Presentation] 無順序木編集距離のMAX SNP困難性について2010

    • Author(s)
      平田耕一, 山本恭之, 久保山哲二
    • Organizer
      第80回人工知能学会基本問題研究会
    • Place of Presentation
      東京都港区
    • Year and Date
      2010-11-17

URL: 

Published: 2012-07-19  

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