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2009 Fiscal Year Annual Research Report

単一量子ドットのブリンキング機構の解明・制御に向けた新しい解析理論の開発

Research Project

Project/Area Number 21510123
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

李 振風  Hokkaido University, 電子科学研究所, 准教授 (90397795)

Keywords1分子計測(SMD) / 量子ドット / ナノバイオ / 物性理論 / 光物性
Research Abstract

QDの蛍光トレース(強度時系列)として、特筆すべき特徴のひとつにその間欠的なブリンキング現象がある。ブリンキング現象はQDに限らず、多くの蛍光色素分子において普遍的に存在し、1分子時系列からタンパク質の構造変化などを正しく同定するうえで大きな弊害のひとつになっている。QDのブリンキングは、定性的には、"暗"状態と"明"、状態のあいだのランダムジャンプと考えられている。しかしかしながら、それらのジャンプは強い相関を示し、"暗""明"状態の各滞在確率分布は4桁から9桁に渡って、べき分布をもつ(べき指数は1.1から2.2の間に殆どの場合、帰属される)ことが知られている。
我々は現象論的にモデルを構成するのではなく、1分子時系列情報からもっとも予測性能が高く、かつ最適なモデルを自動的に抽出するアプローチをとる。当該年度は、そのための予備的な統計解析を行った。
その結果、異なる同種QDの強度揺らぎが広く分布している(30~1200counts/100ms)こと;ほとんどのQDの強度は100~400counts/100msであること;寿命分布の形と強度揺らぎの大きさのあいだには明確な関係がないことが分かった。一方、明、暗状態のパターンはQD毎に変化する。あるQDは明状態に長く滞在し、暗状態に早く遷移するのに対し、ほかのQDは、逆に、ほとんどの時間、暗状態に滞在し、短い明状態へ速やかに遷移する。ほとんどの強度トレースはこれらの中間のパターンに属するものと考えることができるが、そのうちの幾つかは全く異なる揺らぎパターン間の遷移を包含することも分かった。
最尤推定法により決定された寿命時系列は10-40(unit=342ns/256)の間を大きく揺らいでいる。特筆すべき点は、この寿命時系列は強度揺らぎの時系列と強い相関を示唆している点である。最尤推定された寿命時系列では、強度時系列に含まれている幾つかの実験誤差、たとえば、測定に由来する(であろう)線形減衰していく成分、正弦波成分など、を除去することができるため、実験誤差に対してある程度の安定な解析を行えることが期待できる。今後、寿命時系列に対して、背後に存在する状態空間のネットワークを抽出し、QDのブリンキング現象のメカニズムを考察する計画である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2010 2009

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] New Quantification of Local Transition Heterogeneity of Multiscale Complex Networks Constructed from Single-Molecule Time Series2009

    • Author(s)
      C.B.Li, H.Yang, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B 113

      Pages: 14732-14741

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bifurcation of Transition States in Many-Degrees of Freedom Chemical Reactions2009

    • Author(s)
      C.B.Li, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics 130

      Pages: 124116-124122

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Transition to Chaos above the Reaction Threshold : Bifurcations, Resonances and Future Challenges(招待,口頭)2010

    • Author(s)
      C.B.Li
    • Organizer
      Workshop on Dynamical System Theory and Reaction Dynamics toward Large Systems
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2010-01-05
  • [Presentation] A Handy Guide to Analyze Time Series from Biological Systems : Some Simple but Powerful Tools(招待,口頭)2009

    • Author(s)
      C.B.Li
    • Organizer
      Graduate student seminar
    • Place of Presentation
      University of Fukui, Faculty of Medical Science
    • Year and Date
      2009-12-15
  • [Presentation] Quantifying the Local Transition Heterogeneity of Multiscale Complex Networks Reconstructed from Single-Molecule Time Series(一般,ポスター)2009

    • Author(s)
      C.B.Li, H.Yang, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      47^<th> Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Tokushima
    • Year and Date
      2009-11-01
  • [Presentation] What is the Relevant Information in Modeling the Dynamics of Complex Systems from Measurements(招待,口頭)2009

    • Author(s)
      C.B.Li
    • Organizer
      Symposium of Dynamics of complex systems 2009
    • Place of Presentation
      Hokkaido University
    • Year and Date
      2009-08-31
  • [Presentation] Challenges in Modeling the Dynamics of Multiscale Complex Bio-Systems(一般,口頭)2009

    • Author(s)
      C.B.Li
    • Organizer
      Telluride Workshop on"The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions"
    • Place of Presentation
      Telluride, USA
    • Year and Date
      2009-06-29
  • [Book] "Dynamical Reaction Theory based on Geometric Structures of Phase Space"Advances in Chemical Physics2010

    • Author(s)
      S.Kawai, H.Teramoto, C.B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • Total Pages
      60
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc.(印刷中)
  • [Book] "Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics"Advances in Chemical Physics2010

    • Author(s)
      D.M.Leitner, Y.Matsunaga, A.Shojiguchi, C.B.Li, T.Komatsuzaki
    • Total Pages
      50
    • Publisher
      John-Wiley & Sons, Inc.(印刷中)
  • [Book] "Extracting the Underlying Unique Reaction Scheme from a Single-Molecule Time Series"in Cell Signaling Reactions : Single-Molecular Kinetic Analysis2010

    • Author(s)
      C.B.Li, T.Komatsuzaki
    • Total Pages
      43
    • Publisher
      Springer(印刷中)

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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