• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2011 Fiscal Year Annual Research Report

単一量子ドットのブリンキング機構の解明・制御に向けた新しい解析理論の開発

Research Project

Project/Area Number 21510123
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

李 振風  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (90397795)

Keywords1分子計測(SMD) / 量子ドット / ナノバイオ / 物性理論 / 光物性
Research Abstract

量子ドットの間欠的なブリンキングの速度論は、通常、一分子蛍光を用いた手法で観察されてきた。蛍光の測定に際しては、内因的および外因的ノイズが正確な明状態と暗状態の帰属を複雑にさせている。明暗状態の滞留時間に関する、よく知られている有名な普遍的べき乗統計は、光子時系列をビニングして蛍光強度時系列へ変換した、後、明および暗状態を分ける閾値を導入し蛍光の明暗状態間の遷移の時系列データからを帰属する強度光子時系列のしきい値化方法の適用によって一般的に通常結論されている。しかしながら、この方法が滞留時間の統計にartifactをもたらしかねない事ことが最近明らかになり、そのため、量子ドットのブリンキング速度論的スキームの構築において誤った結果を導きかねない(ACS Nano投稿予定)。量子ドットのブリンキング速度論的スキームを明らかにするための1分子解析技術を整備するために、閾値法による状態同定の欠点この問題を解消するため、強固な統計的基盤に基づいた新しい変化点検出手法を開発した。この変化点分析解析によって、高時間分解能で1分子時系列の強度変化点を客観的に特定することができる可能となる。この変化点検出法は、不十分なSN比での蛍光観察においても実際の滞留時間統計を従来より正確に再現できることが判明した。わかった。一方で、ビニングおよびしきい値化方法によるartifactは他の1分子測定においても普遍的に存在し、生じ、例えば、1分子酵素ターンオーバー実験において見出されているdynamic disorderの呼ばれている現象(言われている連続する連続して生起する触媒ターンオーバー時間の間に相関が存在するの存在)もデータ解析によるのartifactが存在することを示唆する結果が得られたを含んでいる可能性がある(ACS Nano 2012、1月号のハイライトに選出された)。

  • Research Products

    (18 results)

All 2012 2011

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (15 results)

  • [Journal Article] Decomposability of Multivariate Interactions2011

    • Author(s)
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
    • Journal Title

      Complex Systems

      Volume: 20 Pages: 165-179

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic Disorder in Single Enzyme Experiments : Facts and Artifacts2011

    • Author(s)
      Tatyana Terentyeva, Hans Engelkamp, Alan Rowan, Tamiki Komatsuzaki, Johan Hofkens, Chun Biu Li, Kerstin Blank
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 6(1) Pages: 346-354

    • DOI

      10.1021/nn203669r

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatial Heterogeneity of Multivariate Dependence2011

    • Author(s)
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • Journal Title

      AIP Conference Proceedings

      Volume: 1,389 Pages: 991-994

    • DOI

      10.1063/1.363777

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 大域的パターンの連結情報量とその分解可能性2012

    • Author(s)
      宮川尚紀, 寺本央, 李振風, 小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)(一般、口頭)
    • Year and Date
      2012-03-27
  • [Presentation] 一分子時系列から"掘り起こす"多次元自由エネルギー地形の情報理論的構成法の開発2012

    • Author(s)
      千葉勇太, 河合信之輔, 馬場昭典, 寺本央, Chun-Biu Li, 小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2012-03-27
  • [Presentation] 非リボソームペプチド合成酵素の多次元挙動解析理論の開発2012

    • Author(s)
      菊地正浩, 河合信之輔, 寺本央, Chun-Biu Li, 小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2012-03-27
  • [Presentation] Data-Driven Modeling of the Complex Kinetics and Dynamics from Single Protein Motor Rotation Experiments2012

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      RIKEN Center for Developmental Biology (CDB)(神戸市)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] 2つの反応方向をもつ鞍点での、反応の「過去・未来」を一義的に分ける相空間構造2012

    • Author(s)
      永幡裕, 河合信之輔, 寺本央, 李振風, 小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)(一般、口頭)
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] An information theoretic approach to dynamical irreversibility from time series2012

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      Dynamics of complex systems
    • Place of Presentation
      Hokkaido University(札幌市)(口頭)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-07
  • [Presentation] Extracting the Reaction Network Buried in Single Molecule Time Series of Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) and Growth Factor Receptor-Bound Protein (Grb2) in Cytoplasm2012

    • Author(s)
      Tahmina Sultana, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      IGP International Symposium, 2012
    • Place of Presentation
      Hokkaido University(札幌市)(一般、口頭)
    • Year and Date
      2012-03-02
  • [Presentation] Extracting Protein Dynamics from Single Molecular Time Series2011

    • Author(s)
      Z.Liu, C.B.Li, H.Teramoto, T.Komatsuzaki
    • Organizer
      分子科学討論会(札幌)2011
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(札幌市)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2011-09-23
  • [Presentation] Spatial Heterogeneity of Multivariate Dependence2011

    • Author(s)
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      International Conference of Numerical Analysis and Applied Mathematics
    • Place of Presentation
      Rodos Palace Resort Hotel (Greece, Rodos)(口頭)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] Extracting the reaction network buried in single Molecule Time Series of Epidermal Growth Factor Receptor and Grb22011

    • Author(s)
      Sultana Tahmina, Komatsuzaki Tamiki, Li Chun-Biu, Teramoto Hiroshi
    • Organizer
      分子科学討論会(札幌)2011
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(札幌市)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] 二つの反応方向をもつ鞍点における反応の決定性2011

    • Author(s)
      永幡裕, 河合信之輔, 寺本央, Chun-Biu Li, 小松崎民樹
    • Organizer
      分子科学討論会(札幌)2011
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(札幌市)(一般、口頭)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] 階層構造をつくる多変数確率過程の数理2011

    • Author(s)
      宮川尚紀, 寺本央, Chun-Biu Li, 小松崎民樹
    • Organizer
      分子科学討論会(札幌)2011
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(札幌市)(一般、ポスター)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] Learning the Kinetic Scheme with Minimum Excessive Information from Dwell-Time Time Series2011

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学大学院(神戸市)(一般、口頭)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Complex Dynamics and Kinetics from Dwell-Time Time Series2011

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      Telluride Workshop on The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • Place of Presentation
      Telluride Intermediate School (USA)(口頭)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-20
  • [Presentation] Data-Driven Modeling of Single Molecule Expriments from Time Series Analysis2011

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      Seminar
    • Place of Presentation
      Rice University, Department of Chemistry (USA)(口頭)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-17

URL: 

Published: 2013-06-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi