2009 Fiscal Year Annual Research Report
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21510239
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
小松 康雄 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, ゲノムファクトリー研究部門, 研究グループ長 (30271670)
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| Keywords | 架橋 / DNA / 疎水的相互作用 / アミノオキシ / 連結 |
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| Research Abstract |
今年度は、2本鎖DNA間を架橋し、かつ安定化する新規な化学試薬の合成と、その活性評価を行った。
1.架橋化試薬の合成
架橋化試薬は、架橋後にも塩基部と効率的にスタッキングするため、芳香族基に2つの反応性基を有するデザインとした。この架橋化反応では2本鎖DNAの向かい合った2つの塩基を脱塩基処理した後に糖部に生成する2つのアルデヒド基を連結させる目的から、アルデヒド基と高効率で反応し、還元反応を必要としないアミノオキシ基を反応性基に選択し、架橋化試薬【アミノオキシ基-linker-芳香族基-linker-アミノオキシ基】を合成した。また、DNAの架橋化反応は水溶液中で行うため、合成された試薬の疎水性が高くなり過ぎないことに配慮し、芳香族基にはナフータレン基を選択した。また、芳香族基の重要性を評価するために、芳香族部分を直鎖のプロピル基で置換した試薬も併せて合成した。
2.活性評価
DNA中の脱塩基部は、デオキシウリジン(以下dU)にウラシルDNAグリコシラーゼ(以下UDG)を作用させ、その加水分解触媒反応からDNA中に生成させた。dUを中心の向かい合った部位に有する相補的な2本鎖DNAを合成し、この2本鎖の一方の5'末端には、ゲル電気泳動の解析に利用するために蛍光色素を導入した。合成した2本鎖DNAを会合させた後にUDGで処理し、次いで試薬を添加して架橋化反応を行い、変性ポリアクリルアミド電気泳動(PAGE)によって生成物を分析した。その結果、架橋されたDNA2本鎖が試薬の存在によって生成していることを確認できた。反応の効率は、ナフタレン基を分子内に有する試薬の方が、アルキル鎖を有する試薬よりも格段に高かったことから、芳香族基と塩基対間のスタッキングが架橋反応には重要であることが明らかになった。
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