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2009 Fiscal Year Annual Research Report

低エネルギー電子による生体分子損傷の第一原理シミュレーション法の開発

Research Project

Project/Area Number 21550005
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

高柳 敏幸  Saitama University, 理工学研究科, 教授 (90354894)

Keywords溶媒和電子 / 反応動力学 / 電子衝突 / 分子クラスター / 水素結合 / 電子脱離
Research Abstract

水アニオンクラスター(H_2O)_nは、凝縮相中の水和電子のモデルとして、これまで盛んに研究されてきた。本年度は、経路積分分子動力学理論を使って核の運動を量子力学的に取り扱い、クラスター構造における核の量子効果について検討した。
水アニオンクラスターの経路積分計算を行うには、ポテンシャルエネルギー曲面が必要になる。水-電子ポテンシャルおよび水-水ポテンシャルについては、半経験的関数を利用した。核の位置に応じて、一電子波動関数を離散的なグリッド法によって求め、ポテンシャルエネルギー曲面を得、水の5量体アニオンを対象として経路積分計算を行った。クラスターの構造変化を避けるため、温度は50Kの低温で行い、約200個のビーズを使って計算を行った。計算の結果、水素原子は、量子的なゼロ点振動効果および温度効果によって大きな振幅を持っていることを見出した。また、水素結合の強さによって水素原子の分布は大きく変化ことがわかった。このことは、単にクラスターの構造最適化では理解できないことを示している。経路積分計算で得られた構造揺らぎを用いて電子脱離のスペクトルシミュレーションを行った。また、D置換体についても計算を行い、H原子をD原子に置き換えると、スペクトルのピーク位置が若干シフトし、スペクトル幅も狭くなることを見出した。この結果は、電子脱離スペクトルが原子のゼロ点振動の振幅によって変化することを示している。

  • Research Products

    (4 results)

All 2010 2009

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of small hydrated sulfuric acid culsters H_2SO_4(H_2O)_n (n=1-6) on semiempirical PM6 potential surfaces2009

    • Author(s)
      A.Kakizaki, H.Motegi, T.Yoshikawa, T.Takayanagi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Journal of Molecular Structure THEOCHEM 901

      Pages: 1-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of hydrated hydrogen chloride cluster HCl(H_2O)_4 on a semiempirical potential energy surface2009

    • Author(s)
      T.Takayanagi, K.Takahashi, A.Kakizaki, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics 358

      Pages: 196-202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of glycine-(H_2O)_n (n=1-7)clusters on semiempirical PM6 potential energy surfaces2009

    • Author(s)
      T.Yoshikawa, H.Motegi, A.Kakizaki, T.Takayanagi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics 365

      Pages: 60-68

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Nuclear quantum effects in heliun complex and uracil anion2010

    • Author(s)
      T.Takayanagi
    • Organizer
      The 69th Okazaki Conference on"New Frontiers in Quantum Chemical Dynamics
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2010-02-23

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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