自然免疫蛋白質の機能アノテーション

2009 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 21570169
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: STANDLEY Daron Osaka University, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授 (00448028)
• Keywords: アライメント / アルゴリズム / タンパク質構造モデリング / タンパク質の機能予測 / 免疫反応 / RNase / 二重特異性キナーゼ / STAT3

Research Abstract

このプロジェクト目標は、新しい構造アライメント法を使って、自然免疫反応に関与しているタンパク質の特性を明らかにすることである。つまり、われわれは、1)タンパク質モデリングとアライメントを行うための新しいソフトウェアを開発すること、および2)このソフトウェアを使って自然免疫反応を解明することの2つに焦点を絞っている。この両方の方向性に関して、次のような予備的な成果を得ている。
HHP red、BLAST、PsiBLASTを使った、われわれの機能アノーテーションパイプラインは、オンラインで利用可能であり(http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/sfas/)、計画通り、Dell Power Edge PCクラスター上で稼働している。機能マッピングプログラム(http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/SeSAW/)もオンラインで提供しており、これについての論文の掲載が受理されている(Standley, et al. 2010)。加えて、multiple sequence alignments (MSAs)の対を直接にアラインするわれわれ独自のinternal threading program (http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/MSThread/)も開発した。われわれのプログラムを使えば(http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/MAFFTash/)、どのような処理要求やテンプレートであってもMSAを計算することができ、fragment assembly program (http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/cgi-bin/spanner)を使って、構造モデルを構築することができる。われわれ自身もこれらのツールを使うことで、自然免疫反応を制御しているzc3h12a(Matsushita, et al. 2009)とROP 16(Yamamoto, et al. 2009)の2つの重要なタンパク質の機能を解明することができた。

Research Products

• [Journal Article] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping (2010)
  • Author(s): Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
  • Journal Title: Bioinformatics (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat3 (2009)
  • Author(s): Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, Soldati-Favre D, Takeda K
  • Journal Title: J Exp Med 206 Pages: 2747-2760
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research (2009)
  • Author(s): Schwede T, et al. (23 authors), Standley DM, Stouch T, Vajda S, Vasquez M, Westbrook JD, Wilson IA
  • Journal Title: Structure 17 Pages: 151-159
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay (2009)
  • Author(s): Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
  • Journal Title: Nature 458 Pages: 1185-1190
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A (2009)
  • Author(s): Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa G, Takano Y, Nakamura H
  • Journal Title: Biochemistry 48 Pages: 5864-5873
  • Peer Reviewed
• [Presentation] An introduction to protein-protein docking II (2009)
  • Author(s): Daron M.Standley
  • Organizer: Ochanomizu Univ. Predictive Biology lecture series
  • Place of Presentation: お茶の水大学
  • Year and Date: 2009-11-11
• [Presentation] Functional Annotation using SeSAW (2009)
  • Author(s): Daron M.Standley
  • Organizer: MEI Center lecture series
  • Place of Presentation: 大阪大学中の島センター
  • Year and Date: 2009-11-07
• [Remarks]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/sfas/
• [Remarks]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/SeSAW/
• [Remarks]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/MSThread/
• [Remarks]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/cgi-bin/spanner