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2011 Fiscal Year Annual Research Report

動物の進化におけるミトコンドリアの遺伝暗号とtRNAの共進化の分子機構

Research Project

Project/Area Number 21570242
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

渡辺 公綱  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 名誉教授 (00134502)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横堀 伸一  東京薬科大学, 生命科学部, 講師 (40291702)
鴫 直樹  (独)産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究員 (20392623)
Keywordsミトコンドリア / 遺伝暗号 / tRNA / 修飾塩基 / マボヤ / ヤリイカ / 分子進化 / 非普遍暗号
Research Abstract

遺伝暗号は地球上の全生物で共通、普遍であるとされていたが、1979年ヒトとウシ・ミトコンドリアで非普遍暗号が発見されたことを契機として動物ミトコンドリアや種々の生物(核遺伝子)で、普遍暗号に従わない例が発見されたため、普遍遺伝暗号説は否定され、現在では生物の進化に伴って遺伝暗号は変化し得るものであるという概念が定着した。しかしその変化のメカニズムや必然性についてはまだ十分理解されていない。そこで各種動物ミトコンドリアにおける暗号変化の分子機構を探るために、個々の動物種のミトコンドリアについてコドンとアミノ酸の対応関係のより詳細な解明を行い、コドンとtRNAの共進化の分子機構を詳細に解明することを本研究の目的とする。
研究対象としては無脊椎動物と脊椎動物の中間に位置する尾索動物ホヤ(マボヤ:Halocynthria reretzi)と無脊椎動物の代表として軟体動物イカ(ヤリイカ:Loligo bleekeri)を取り上げ、それらの暗号変化(ホヤ:UGA,終止コドン→Trp;AUA,Ile→Met;AGA/G,Arg→Gly,イカ:UGA,終止コドン→Trp;AUA,Ile→Met;AGA/G,Arg→Ser)に対応するtRNAを単離精製した。それらのアンチコドンの修飾塩基を高精度質量分析装置を用いて分析した結果(東大・工・鈴木研究室との共同研究)、ホヤの3種類のtRNA(Trp,Met,Gly)とtRNAとイカtRNAT^<Trp>のアンチコドン1字目に5-タウリノメチルウリジン(tm^5U)を発見した。これがコドン3字目のAとGを認識することにより、上記の暗号変化を引き起こすことが結論された。またホヤでは例外的にMet用のtRNAが2種類存在するが、アンチコドンにCAUを持つ方は開始tRNAであることが推定された。ホヤの結果についてはJ.Biol.Chem.に発表した。イカの他の2種類のtRNA(Met,Ser)のアンチコドンはそれぞれ未修飾のCとm^7Gであった。これまでの暗号変化はすべて修飾塩にが関与して実現されるものであったが、イカtRNA^<Met>での未修飾Cの発見は、Cは本来GとAを認識できるポテンシャルを有するものであり、初期遺伝暗号はすべて未修飾RNAで実現されることを強力に示唆した。

  • Research Products

    (21 results)

All 2012 2011

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (16 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] tRNA modification and genetic code variaitons in animal mitochondria2011

    • Author(s)
      Watanabe, K., Yokobori, S.
    • Journal Title

      J.Nucleic Acids (Online J.)

      Volume: 2011

    • DOI

      10.4061/2001/623095

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic code : introduciton2011

    • Author(s)
      Watanabe, K., Yokobori, S.
    • Journal Title

      Encyclopedia of Life Sciences (Online J.)

    • DOI

      10.1002/9780470015902.a0000809.pub2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Taurine-containing uridine modifications in tRNA anticodons are required to decipher non-universal genetic codes in ascidian mitochondria2011

    • Author(s)
      Suzuki, T., Miyauchi, K., Suzuki, T., Yokobori, S., Shigi, N., Kondow, A., Takeuchi, N., Yamagishi, A., Watanabe, K.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 286 Pages: 35494-35498

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.279810

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Male death resulting from hybridisation between subspecies of the gypsy moth, Lymantria dispar2011

    • Author(s)
      Higashiura, Y., H.Yamaguchi, M.Ishihara, N.Ono, H.Tsukagoshi, S.Yokobori, S.Tokishita, H.Yamagata, T.Fukatsu
    • Journal Title

      Heredity

      Volume: 106 Pages: 603-613

    • DOI

      10.1038/hdy.2010.92

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] α2型グリシルtRNA合成酵素を用いた全生物の分子系統解析2012

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      第37回生命の起源と進化学会学術講演会
    • Place of Presentation
      高槻
    • Year and Date
      2012-03-08
  • [Presentation] ロウリガイ類のミトコンドリアゲノム解析2012

    • Author(s)
      小澤元希、島村繁、高木善弘、横堀伸一、前田太郎、丸山正、吉田尊雄
    • Organizer
      ブルーアース2012
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-02-22
  • [Presentation] An approach to an early genetic code table inferred from decoding system of non-universal genetic codes in animal mitochondria2011

    • Author(s)
      Watanabe, K., Yokobori, S., Suzuki, T.
    • Organizer
      Symposium on behalf of Tom RhajBhandary
    • Place of Presentation
      Bangalore, India(招待講演)
    • Year and Date
      2011-12-19
  • [Presentation] Molecular phylogeny of urochordates and evolution of mitochondrial genetic code in urochordate mitochondria2011

    • Author(s)
      Yokobori, S., Watanabe, K., Yamagishi
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年回
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] マイコプラズマtRNA修飾酵素が主導する遺伝暗号解読の進化2011

    • Author(s)
      別所義隆、北村彩、Henri Grosjean、横堀伸一
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年回
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] 深海性二枚貝シロウリガイ類のミトコンドリアゲノム解析2011

    • Author(s)
      小澤元希、島村繁、高木善弘、横堀伸一、丸山正、吉田尊雄
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年回
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] tRNAから見た遺伝暗号の進化2011

    • Author(s)
      横堀伸一
    • Organizer
      第4回アストロバイオロジーネットワークワークショップ
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2011-11-27
  • [Presentation] ミトコンドリア翻訳伸長因子EF-Gの多様性:リボソームサブユニット解離活性を「再獲得」した植物ミトコンドリアEF-G?2011

    • Author(s)
      末松卓真、渡邊修、横堀伸一、北潔、渡邊洋一
    • Organizer
      第84回日本生化学会年回
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] ミトコンドリアゲノムに基づく尾索動物の分子系統解析2011

    • Author(s)
      大曾根祐、廣瀬裕一、和田洋、西川淳、倉橋敦、山岸明彦、横堀伸一
    • Organizer
      動物学会
    • Place of Presentation
      旭川、北海道
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] 尾索動物ミトコンドリア遺伝暗号の進化2011

    • Author(s)
      横堀伸一、山岸明彦、渡辺公綱
    • Organizer
      日本進化学会第13回年回
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-07-31
  • [Presentation] α2グリシルtRNA合成酵素を用いた全生物の分子系統解析2011

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      日本進化学会第13回年回
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-07-30
  • [Presentation] 翻訳伸長因子を用いた生命の初期進化の解析2011

    • Author(s)
      金武舞、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      日本進化学会第13回年回
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-07-30
  • [Presentation] Tryptophanyl-tRNA synthetase for the Mycoplasma deviant genetic code2011

    • Author(s)
      Kitamura, A., H.M. Sasaki, K.Higashijima, M.Nishimoto, T.Sengoku, S.Yokobori, S.Yokoyama, Y.Bessho
    • Organizer
      RNA2011
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-06-17
  • [Presentation] Decoding the four CGN codons as arginine in mycoplasmas (Mollicutes) : possible role of partial deamination of the wobble adenosine into inosine in anticodon of tRNA ^<Arg>(ACG)2011

    • Author(s)
      Yokobori S., A.Kitamura, H.Grosjean, Y.Bessho
    • Organizer
      RNA2011
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-06-17
  • [Presentation] Unique characteristics of ascidian mitochondrial tRNAs : Existence of 5-taurinometylyuridine-containing tRNAs involved in deciphering the non-universal genetic codes and an initiator tRNA corresponding to AUG codon2011

    • Author(s)
      Suzuki, T., K.Miyauchi, N.Shigi, A.Kondoh, N.Takeuchi, T.Suzuki, A.Yamagishi, S.Yokobori, K.Watanabe
    • Organizer
      RNA2011
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-06-17
  • [Presentation] ミトコンドリアtRNAの解析から見た遺伝暗号の進化2011

    • Author(s)
      横堀伸一、山岸明彦、渡辺公綱
    • Organizer
      第37回生命の起源と進化学会学術講演会
    • Place of Presentation
      高槻
    • Year and Date
      2011-03-08
  • [Book] 生命化学II遺伝子の働きとその応用2011

    • Author(s)
      渡辺公綱・姫野俵太
    • Total Pages
      3-172(269)
    • Publisher
      丸善出版(株)

URL: 

Published: 2013-06-26   Modified: 2023-03-16  

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