2009 Fiscal Year Annual Research Report
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21580095
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
山田 隆 Hiroshima University, 先端物質科学研究科, 教授 (40230461)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤江 誠 広島大学, 先端物質科学研究科, 助教 (20274110)
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| Keywords | 応用微生物 / ゲノム / ファージ / 植物病理 / マイクロアレイ |
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| Research Abstract |
当初研究目的、計画に従い以下の成果を得た。
青枯病菌ファージRSL1調製(山田・藤江担当):研究に必要な十分量の高純度ファージRSL1粒子を調製した。
DNAマイクロアレイ作製(山田担当):dsDNAゲノム231256 bpに検出した計345個の遺伝子について最低二重に確認出来るDNAマイクロアレイを作製した。
プローブ作製(山田・藤江担当):RSL1を青枯病菌株M4Sに感染させ、感染後5分(初期期発現)、10分(早期期発現)、60分(中期発現)90分(後期発現のタイミングで細胞を凍結させ全RNAを抽出し、RNAを逆転写酵素でcDNA化し標識した(プローブ作製)。発現タイミングの設定を適切に行うために、一ステップ増殖パターンを事前に確認した。
アレイ解析:最適化した条件でハイブリダイゼーションを行い、プレートリーダーによりシグナルを検知しデータを情報化し、情報化データの解析を行った。
データー解析(山田担当):これにより、初期遺伝子クラスター、早期遺伝子クラスター、中期遺伝子クフスター後期遺伝子クラスターをゲノム上に設定できた。また発現領域(強発現・弱発現)、非発現領域の塗り分けも出来た。有意発現遺伝子についてはそめ系統学的位置づけをClustalWによって行った。これらの結果の一部について論文を発表した。Yamada, T. et al. (2010)A jumbo phage infecting the phytopathogen Ralstonia solanacerum defines a new lineage of the Myoviridae family. Virology, 398 : 135-147.
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