2009 Fiscal Year Annual Research Report
D型アスパラギン酸特異的エンドペプチダーゼの構造・機能に関する先駆的研究
| Project/Area Number |
21580120
|
|---|
| Research Institution | Japan International Research Center for Agricultural Sciences |
|---|
Principal Investigator |
韮澤 悟 Japan International Research Center for Agricultural Sciences, 利用加工領域, 主任研究員 (10343823)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高橋 砂織 秋田県農林水産技術センター, 総合食品研究所, 主席研究員 (10142184)
|
|---|
| Keywords | 酵素 / ゲノム / 細菌 / 老化 / 抗生物質 |
|---|
| Research Abstract |
まず、天然paenidase Iの配列分析を行い、68番目までのアミノ酸配列を決定した。つぎに、各種PCRにより得られたDNA断片の塩基配列を決定し、これよりpaenidase Iの全アミノ酸配列を推定した。その結果、paenidase前駆体は322アミノ酸残基からなる成熟領域と、197アミノ酸残基からなるN末端延長ペプチドから構成されていることが明らかになった。配列をもとに成熟paenidase Iの分子量を計算すると34,980となり、天然paenidase IのMALDI-TOF/MSの結果(34,748)と近い値を示した(Takahashi et al.2006)。つぎに、アミノ酸配列の相同性を解析したところ、種々のβ-lactamase、penicillin-binding protein、D-Ala-D-Ala carboxypeptidaseと35～39%の相同性があることが明らかになった。さらに、ペプチダーゼファミリーS12に分類されることが推定された。ペプチダーゼファミリーS12は、活性部位にSer、Lys、Tyr残基をもつセリンプロテアーゼの一群であり、Ser-Xaa-Thr-LysおよびTyr-Xaa-Asnのモチーフを持つ。これらのモチーフはpaenidase Iにおいても保存されていた。また、S12にはStreptomyces R61 D-Ala-D-Ala carboxypeptidase、D-Stereospecific aminopeptidase DmpB、alkaline D-peptidaseなどのD型アミノ酸を認識するペプチダーゼが属しており、paenidaseの構造機能相関を解明する上で大変興味深い。
|
