2011 Fiscal Year Annual Research Report
胆汁うっ滞性肝疾患病態形成における内因性レトロウイルス遺伝子の関与の検討
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21590822
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
上野 義之 東北大学, 大学院・医学系研究科, 非常勤講師 (70282126)
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| Keywords | 原発性胆汁性肝硬変 / 次世代シーケンサー / レトロウイルス / プロファイリング |
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| Research Abstract |
PBCは、肝内胆管の進行性破壊と消失が特徴的な原因不明の疾患で、ウイルスもしくはウイルス関連因子の関与も推察されている。我々は次世代シーケンサーを用いて、PBC発症の原因解析を、(1)直接ウイルスgenomeをシーケンシングする方法、(2)血清内の遊離miRNAを抽出することで検討した。本年度は、特に技術的な検討を行うために、PBCとウイルス感染の関与の可能性を次世代シーケンサーを用いて検討することが技術的に可能かということについて、少数例での端索的検討を行った。(1)P8C患者での検討の前に、この手法により外来性のウイルスを同定可能かどうか、C型肝炎感染ヒト血清にて検討をおこなった。血清より遊離RNAを抽出、mRNA-seq sample prep kitを用いて、ライブラリーを作成し、Illuminaシーケンサーにてシーケンシング。(2)PBC患者の血清内遊離miRNAのプロファイリングを検討。血清よりTrizol LSを用いてTotal RNAを抽出、TruSeq small RNA sample prep kitを用いて、ライブラリーを作成し、シーケンシングを行った。研究結果(1)C型肝炎感染血清2検体の解析をおこなった。1,000万-3,000万リード/1レーン解析され、C型肝炎由来のリードは0.1%程度であった。ヒト由来ではない外来性の遺伝子断端も多数認められた。(2)PBC患者血清5検体の血清内遊離miRNAのプロファイリングを行い、B型肝炎、c型肝炎、健常者と多群比較しクラスタリングANOVA(分散分析)でP<0.05を抽出した。P-valueが計算できたものは670個あり、解析の結果得られたものは、110個のmiRNA。110個のmiRNAについて発現パターンによるクラスタリングを行い、ヒートマップを作成したところ、PBCは一つの群を形成した。考察 次世代シーケンサーはウイルス解析においても強力なツールになることが示され、新規ウイルスを同定することも可能である。PBC患者血清にて今後、解析予定することにより、疾患の新たな特徴を見い出せる可能性があり、発症原因の解明に迫ることが可能であると思われた。
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[Journal Article] Role of stem cell factor and granulocyte colony-stimulating factor in remodeling during liver regeneration2012
Author(s)
Meng F, Francis H, Glaser S, Han Y, DeMorrow S, Stokes A, Staloch D, Venter J, White M, Ueno Y, Reid LM, Alpini G
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Journal Title
Hepatology
Volume: 55(1)
Pages: 209-221
Peer Reviewed
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[Journal Article] Use of illumina deep sequencing technology to differentiate hepatitis Cvirus variants2012
Author(s)
Ninomiya M, Ueno Y, Funayama R, Kagashima T, Nishida Y, Kondo Y, Inoue J, Kakazu E, Kimura O, Nakayama K, Shimosegawa T
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Journal Title
Journal of clinical microbiology
Volume: 50
Pages: 857-866
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] H1 and H2 Histamine Receptor Agonists Differentially Stimulate the Regeneration of Small and Large Cholangiocytes by Activation of Ca (2+) and Camp-Dependent Mechanisms, Respectively2011
Author(s)
Francis HL, Meng F, Onori P, Venter J, White M, Ueno Y, Franchitto A, Renzi A, Gaudio E, Alpini G
Organizer
Annual Meeting of American Association for the Study of Liver Diseases
Place of Presentation
Boston,米国
Year and Date
2011-11-07
