2009 Fiscal Year Annual Research Report
メタゲノミクスを用いた病院環境の微生物分布の解析と院内感染対策への応用
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21591291
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| Research Institution | Gunma University |
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Principal Investigator |
徳江 豊 Gunma University, 医学部, 准教授 (80292275)
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| Keywords | メタゲノム / 16SrRNA / 病院環境 / 感染対策 |
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| Research Abstract |
メタゲノミクスと呼ばれる、分子生物学的手法により微生物を検出する方法を用いた環境や生態の細菌巣の解析で、通常の培養可能な微生物の何倍もの培養不能な微生物が存在していることが判明している。病院という特殊な環境においてこの方法を利用し、感染症および感染制御に有用な新たな情報を得ることを目的とする。分子生物学的微生物同定法を含めた実験方法の妥当性を評価するために、培養された既知の細菌および病院内の特定部署2ヵ所から無菌綿棒を用いて検体を採取し、通常の一般細菌培養と同時にDNA抽出をおこなった。16SrRNA遺伝子を標的としたuniversal primerを2セット用いて(8F : AGAGTTTGATCCTGGCTCAG, 805R : GACTACCAGGGTATCTAATCC, 1391R : GACGGGCGGTGTRCA)PCRを施行しライブラリーを作成し、16SrRNA遺伝子断片をTOPO TAクローニングキットを用いて大腸菌にクローニングした後、シークエンスを決定しGenBank等のデータベースにて相同性を比較した。既知の細菌Streptococcus属およびProteus属は遺伝子学的方法で同定可能であった。しかし、環境中からの検体ではDNA抽出の確実性、再現性が不安定であり、再度方法論を含めて検討する。その後ICUや小児、内科、外科病棟などの部署と、さらにその中でナースステーション、入院ベッド周囲や水回りなどの個別部位についてサンプルを回収し、培養法と、分子生物学的方法で得られたデータを蓄積し、相互の結果を比較し信頼性を検証する。病棟毎の特徴や部位毎の微生物の特徴を把握し、臨床との関連性を検討する予定である。
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