中枢神経細胞ネットワーク形成に関わるゲノム構成とトランスクリプトームの網羅的解析

2010 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 21591334
• Research Institution: Tokyo Women's Medical University
• Principal Investigator: 山本 俊至 東京女子医科大学, 医学部, 准教授 (20252851)
• Keywords: ゲノムコピー数 / 中枢神経障害 / fiber-FISH / アレイCGH / 染色体微細欠失 / 染色体重複

Research Abstract

ヒトゲノムプロジェクトが終了し、ヒトゲノムの一次配列が明らかになったことにより、初めてゲノムコピー数を解析して比較することが可能となった。このことにより、ヒトゲノムには多くのゲノムコピー数多型が存在することが明らかとなり、それらの表現型との関連が注目されている。特にアレイCGH法の臨床応用によって、これまで知られていなかった微細な染色体断片の欠失や重複が多くの神経疾患の発症に関わっていることが明らかになってきた。本研究においては、小児の発達障害などをはじめとした中枢神経障害を示す疾患患者におけるゲノムコピー数の異常を明らかにし、そのゲノムコピー数の異常が神経症状に及ぼす影響について、明らかにすることが目的である。これまでの解析により、約500例の小児神経疾患患者におけるゲノムコピー数を解析したところ、約15%において何らかの異常が認められた。それらの多くは過去に報告がない新規のゲノムコピー数異常であり、その場合、真に表現型の原因となる異常か、単なる多型であるかの確認が必要となる。そこで、突然変異であるか否かを確認するため両親検体を含めたトリオ解析、公共データベースの検索、ゲノムコピー数異常を示す領域に含まれる遺伝子の発現解析、などを行った。このことにより、両親にはない突然変異で発生したゲノムコピー数異常であり、公共データベースにはない新規の変異であって、ゲノムコピー数異常に比例して発現が変化している遺伝子の存在を明らかにできた。このように、中枢神経に影響を与える遺伝子の中には、コピー数依存的に働いている遺伝子が存在しているということが明らかにできた。今後さらに検証を進める。

Research Products

• [Journal Article] Adult-onset hereditary pulmonary alveolar proteinosis caused by a single-base deletion in CSF2RB. (2011)
  • Author(s): Tanaka T, Motoi N, Tsuchihashi Y, Tazawa R, Kaneko C, Nei T, Yamamoto T, Hayashi T, Tagawa T, Nagayasu T, Kuribayashi F, Ariyoshi K, Nakata K, Morimoto K.
  • Journal Title: J Med Genet Volume: 48 Pages: 205-209
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Reduced expression by SETBP1 haploinsufficiency causes developmental and expressive language delay indicating a phenotype distinct from Schinzel-Giedion syndrome. (2011)
  • Author(s): Filges I, Shimojima K, Okamoto N, Rothlisb erger B, Weber P, Huber AR, Nishizawa T, Datta AN, Miny P, Yamamoto T.
  • Journal Title: J Med Genet Volume: 48 Pages: 117-122
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Two concurrent chromosomal aberrations involving interstitial deletion in 1q24.2q25.2 and inverted duplication and deletion in 10q26 in a patient with stroke associated with antithrombin deficiency and a patent foramen ovale. (2011)
  • Author(s): Kibe T, Mori Y, Okanishi T, Shimojima K, Yokochi K, Yamamoto T.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 155A Pages: 215-220
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Clinical manifestations of the deletion of Down syndrome critical region including DYRK1A and KCNJ6. (2011)
  • Author(s): Yamamoto T, Shimojima K, Nishizawa T, Matsuo M, Ito M, Imai K.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 155A Pages: 113-119
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] アレイCGH法によるデジタル染色体解析における遺伝カウンセリングの重要性 (2010)
  • Author(s): 山本俊至
  • Journal Title: 日本遺伝カウンセリング学会雑誌 Volume: 31 Pages: 137-141
• [Journal Article] アレイCGHによるデジタル染色体解析の進歩と臨床応用 (2010)
  • Author(s): 山本俊至
  • Journal Title: 脳と発達 Volume: 42 Pages: 138-143
• [Journal Article] STXBP1 mutations cause not only Ohtahara syndrome but also West syndrome-Result of Japanese cohort study. (2010)
  • Author(s): Otsuka M, Oguni H, Liang J-S, Ikeda H, Imai K, Hirasawa K, Imai K, Tachikawa E, Shimojima K, Osawa M, Yamamoto T.
  • Journal Title: Epilepsia Volume: 51 Pages: 2449-2452
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Altered gene expression in umbilical cord mononuclear cells in preterm infants with periventricular leukomalacia. (2010)
  • Author(s): Okumura A, Yamamoto T, Kidokoro H, Kato T, Kubota T, Shoji H, Sato H, Shimojima K, Shimizu T.
  • Journal Title: Early Hum Dev Volume: 86 Pages: 665-667
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A de novo 22q11.22q11.23 interchromosomal tandem duplication in a boy with developmental delay, hyperactivity, and epilepsy. (2010)
  • Author(s): Shimojima K, Imai K, Yamamoto T.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 152A Pages: 2820-2826
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic copy number variations at 17p13.3 and epileptogenesis. (2010)
  • Author(s): Shimojima K, Sugiura C, Takahashi H, Ikegami M, Takahashi Y, Ohno K, Matsuo M, Saito K, Yamamoto T.
  • Journal Title: Epilepsy Res Volume: 89 Pages: 303-309
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Phenotypic overlapping of trisomy 12p and Pallister-Killian syndrome. (2010)
  • Author(s): Inage E, Suzuki M, Minowa K, Akimoto N, Hisata K, Shoji H, Okumura A, Shimojima K, Shimizu T, Yamamoto T.
  • Journal Title: Eur J Med Genet Volume: 53 Pages: 159-161
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Severe pulmonary emphysema in a girl with interstitial deletion of 2q24.2q24.3 including ITGB6. (2010)
  • Author(s): Takatsuki S, Nakamura R, Haga Y, Mitsui K, Hashimoto T, Shimojima K, Saji T, Yamamoto T.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 152A Pages: 1020-1025
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A functional analysis of GABARAP on 17p13.1 by knockdown zebrafish. (2010)
  • Author(s): Komoike Y, Shimojima K, LiangJ-S, Fujii H, Maegaki Y, Osawa M, Fujii S, Higashinakagawa T, Yamamoto T.
  • Journal Title: J Hum Genet Volume: 55 Pages: 155-162
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Zebrafish gene knockdowns imply roles for human YWHAG in infantile spasms and cardiomegaly. (2010)
  • Author(s): Komoike Y, Fujii K, Nishimura A, Hiraki Y, Hayashidani M, Shimojima K, Nishizawa T, Higashi K, Yasukawa K, Saitsu H, Miyake N, Mizuguchi T, Matsumoto N, Osawa M, Kohno Y, Higashinakagawa T, Yamamoto T.
  • Journal Title: Genesis Volume: 48 Pages: 233-243
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comprehensive genetic analyses of PLP1 in patients with Pelizaeus-Merzbacher disease applied by array-CGH and fiber-FISH analyses identified new mutations and variable sizes of duplications. (2010)
  • Author(s): Shimojima K, Inoue T, Hoshino A, Kakiuchi S, Watanabe Y, Sasaki M, Nishimura A, Takeshita-Yanagisawa A, Tajima G, Ozawa H, Kubota M, Tohyama J, Sasaki M, Oka A, Saito K, Osawa M, Yamamoto T.
  • Journal Title: Brain Dev Volume: 32 Pages: 171-179
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Co-occurrence of Prader-Willi and Sotos syndromes. (2010)
  • Author(s): Okamoto N, Akimaru N, Matsuda K, Suzuki Y, Shimojima K, Yamamoto T.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 152A Pages: 2103-2109
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interstitial microdeletion of 4p 16.3 : Contribution of WHSC1 haploinsufficiency to the pathogenesis of developmental delay in Wolf-Hirschhorn syndrome. (2010)
  • Author(s): Izumi K, Okuno H, Maeyama K, Sato S, Yamamoto T, Torii C, Kosaki R, Takahashi T, Kosaki K.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: 152A Pages: 1028-1032
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Serum levels of CA 15-3, KL-6 and BCA225 are positively correlated with each other in general population. (2010)
  • Author(s): Ri G, Ohno S, Yamamoto T, Ito E, Furutani M, Furutani Y, Umeda Y, Tsukahara T, Hagita N, Matsuoka R.
  • Journal Title: Anticancer Research Volume: 29 Pages: 4239-4242
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] アレイCGH法:新技術によるてんかんの遺伝子研究 (2010)
  • Author(s): 山本俊至、下島圭子
  • Journal Title: Epilepsy Volume: 42 Pages: 138-143
• [Journal Article] Spondylometaphyseal dysplasia with cone-rod dystrophy A case report.
  • Author(s): Kitoh H, Kaneko H, Nishimura G, Kondo M, Yamamoto T, Ishiguro N.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A new microdeletion syndrome of 5q31.3 characterized by severe developmental delays, distinctive facial features, and delayed myelination.
  • Author(s): Shimojima K, Isidor B, Le Caignec C, Kondo A, Sakata S, Ohno K, Yamamoto T.
  • Journal Title: Am J Med Genet Volume: (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ゲノムコピー数異常と疾患iPS細胞を用いた病態解析
  • Author(s): 山本俊至、下島圭子
  • Journal Title: 東京女子医科大学雑誌 Volume: (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Presentation] TULIP1(RALGAPA1)haploinsufficiency with brain development delay. (2010)
  • Author(s): K.Shimojima, Y.Komoike, J.Tohyama, S.Takahashi, M.Paez, E.Nakagawa, Y.Goto, K.Ohno, M.Ohtsu, H.Oguni, M.Osawa, T.Higashinakagawa, T.Yamamoto.
  • Organizer: 60th Annual Meeting of American Society of Human Genetics
  • Place of Presentation: Washington DC
  • Year and Date: 20101102-20101106
• [Presentation] A functional analysis of GABARAP on 17p13.1 by knockdown zebrafish. (2010)
  • Author(s): T.Yamamoto, Y.Komoike, K.Shimojima, J-S.Liang, Y.Fujii, Y.Maegaki, M.Osawa, S.Fujii,T.Higashinakagawa.
  • Organizer: 60th Annual Meeting of American Society of Human Genetics
  • Place of Presentation: Washington DC
  • Year and Date: 20101102-20101106
• [Presentation] Failure of spermatogenesis in distal Xp nullisomy might be associated with miss-conjunction of sex chromosomes. (2010)
  • Author(s): Y.Kido, S.Sakazume, K.Obata, N.Murakami, Y.Ooto, K.Shimojima, T.Yamamoto, T.Nagai.
  • Organizer: 60th Annual Meeting of American Society of Human Genetics
  • Place of Presentation: Washington DC
  • Year and Date: 20101102-20101106
• [Presentation] シンポジウム臨床細胞遺伝学領域へのマイクロアレイ技術の導入:わが国の取組みCytogenetic Array解析-結果解釈の重要性 (2010)
  • Author(s): 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] ランチョンセミナーアレイCGH法が臨床遺伝学にもたらしたもの (2010)
  • Author(s): 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] 17番染色体p13.1領域の微細欠失とゼブラフィッシュによるGABARAP機能解析 (2010)
  • Author(s): 蒋池勇太, 下島圭子, 梁昭鉱, 藤井裕士, 前垣義弘, 大澤真木子, 藤井早紀子, 東中川徹, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] TULIP1のハプロ不全は精神発達遅滞とてんかんの原因となり得る (2010)
  • Author(s): 下島圭子, 蒋池勇太, 遠山潤, Paez MarcoT, 中川栄二, 後藤雄一, 大野耕策, 高橋苑子, 大津真優, 小国弘量, 大澤真木子, 東中川徹, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] 複数のde novoゲノムコピー数異常が同時に生じることは稀ではない? (2010)
  • Author(s): 山本俊至, 下島圭子, 木部哲也, 横地健治
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] MODY原因遺伝子領域における微細ゲノム構造異常の解析 (2010)
  • Author(s): 滝澤美保, 岩崎直子, 山本俊至, 岩本安彦
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] ゲノム構造異常を伴うMODY5に認められた表現型の多様性、またはHeterogeneous phenotype associated with MODY5 caused by a genomic rearrangement. (2010)
  • Author(s): 岩崎直子, 滝澤美保, 山本俊至, 斎藤加代子, 尾形真規子, 岩本安彦
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] 先天性大脳白質形成不全症:難治性疾患克服事業による希少疾患の統合的研究の推進 (2010)
  • Author(s): 井上健, 岩城明子, 小坂仁, 黒澤健司, 高梨潤一, 出口貴美子, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] Williams症候群責任領域近傍のYWHAGは点頭てんかんと心肥大の原因となり得る (2010)
  • Author(s): 蒋池勇太, 下島圭子, 藤井克則, 東浩二, 安川久美, 河野陽一, 大澤真木子, 東中川徹, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] Prader-Willi症候群とSotos症候群の合併例 (2010)
  • Author(s): 岡本伸彦, 秋丸憲子, 松田圭子, 下島圭子, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] ジストロフィン遺伝子を含む6-Mbの欠失を認めたXp21隣接遺伝子症候群の1例 (2010)
  • Author(s): 渡辺美緒, 椎原隆, 片山綾子, 小牧宏文, 下島圭子, 山本俊至
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会20101027-20101030
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] 次世代シーケンサーによる遺伝性筋疾患の網羅的遺伝子変異解析 (2010)
  • Author(s): 近藤恵理, 山本俊至, 古川徹, 斎藤加代子
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第55回大会
  • Place of Presentation: さいたま
  • Year and Date: 20101027-20101030
• [Presentation] 軽症胃腸炎に伴うけいれん患者におけるSCN1B遺伝子解析 (2010)
  • Author(s): 山下進太郎, 山本俊至, 下島圭子, 奥村彰久, 大友義之, 新島新一
  • Organizer: 第44回日本てんかん学会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20101014-20101015
• [Presentation] CDKL5遺伝子異常を有する乳児早期発症てんかんの検討発作型と脳波について (2010)
  • Author(s): 大谷早苗, 今井克美, 高橋宏佳, 高山留美子, 最上友紀子, 大谷英之, 池田浩子, 重松秀夫, 美根潤, 高橋幸利, 下島圭子, 山本俊至, 井上有史
  • Organizer: 第44回日本てんかん学会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20101014-20101015
• [Presentation] Diamond Blackfan貧血に関する新規の病因候補遺伝子同定 (2010)
  • Author(s): 菅野仁, 山本俊至, 大賀正一, 立石浩, 濱田貴子, 槍澤大樹, 小倉浩美, 藤井寿一
  • Organizer: 第17回日本遺伝子診療学会大会
  • Place of Presentation: 津
  • Year and Date: 20100805-20100807
• [Presentation] 染色体検査における事前説明の重要性に関する考察G-band法でX染色体構造異常を指摘された女児例の遺伝カウンセリングから (2010)
  • Author(s): 下島圭子, 山本俊至, 浦野真理, 齋藤加代子
  • Organizer: 第34回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20100528-20100530
• [Presentation] イブニングセミナー、アレイCGH法によるデジタル染色体解析における遺伝カウンセリングの重要性 (2010)
  • Author(s): 山本俊至
  • Organizer: 第34回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 20100528-20100530
• [Presentation] MODY(Maturity-Onset Diabetes of the Young)原因遺伝子領域におけるゲノム構造異常の解析 (2010)
  • Author(s): 滝澤美保, 岩崎直子, 山本俊至, 尾形真規子, 藤巻理沙, 富岡光枝, 岩本安彦
  • Organizer: 第53回日本糖尿病学会年次学術集会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 20100527-20100529
• [Presentation] 皮質下嚢胞を伴う巨脳性白質脳症の1例 (2010)
  • Author(s): 西村洋子, 豊嶋大作, 戸川雅美, 近藤章子, 前垣義弘, 大野耕策, 山本俊至
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] 顔貌異常、肝硬変、小脳髄を呈した剖検例 (2010)
  • Author(s): 神田祥子, 林雅晴, 渥美聡, 田沼直之, 熊田聡子, 山本俊至
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] Atypical benign partial epilepsy様のてんかんを呈した8p欠失/重複の2例てんかん責任領域の検討 (2010)
  • Author(s): 中山東城, 青天目信, 中川栄二, 斎藤義朗, 下島圭子, 山本俊至, 奥村恵子, 藤江弘美, 植松貢, 小牧宏文, 須貝研司, 佐々木征行
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] 9q34欠失症候群5例の臨床研究 (2010)
  • Author(s): 岡本伸彦, 山本俊至, 下島圭子
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] 先天性大脳白質形成不全症の診断と治療に向けた研究 (2010)
  • Author(s): 井上健, 小坂仁, 黒澤健司, 高梨潤一, 山本俊至, 岩城明子
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] モーニングセミナー先天性大脳白質形成不全症の診断と治療に向けた研究 (2010)
  • Author(s): 井上健, 小坂仁, 黒澤健司, 高梨潤一, 山本俊至, 岩城明子
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] TULIP1のハプロ不全は、発達遅滞と難治性てんかんの原因となる (2010)
  • Author(s): 下島圭子, 遠山潤, 大津真優, 中川栄二, 後藤雄一, 大野耕策, 小国弘量, 大澤真木子, 山本俊至
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] ダウン症候群責任領域のハプロ不全による臨床症状 (2010)
  • Author(s): 山本俊至, 下島圭子, 伊藤昌弘, 今井克美
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] 点頭てんかんを発症したWilliams症候群の2症例 (2010)
  • Author(s): 向田壮一, 今井克美, 下島圭子, 山本俊至, 池上真理子, 池田浩子, 高山留美子, 最上友紀子, 高橋幸利
  • Organizer: 第52回日本小児神経学会総会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20100520-20100522
• [Presentation] アレイCGH解析で診断に至ったJacobsen症候群の1例 (2010)
  • Author(s): 高橋郁子, 高橋勉, 澤田賢一, 下島圭子, 山本俊至
  • Organizer: 第33回日本小児遺伝学会学術集会
  • Place of Presentation: 盛岡
  • Year and Date: 2010-04-22
• [Presentation] 6番染色体長腕中間部欠失を認めた3例Prader-Willi like phenotypeの責任領域の検討 (2010)
  • Author(s): 下島圭子, 岡本伸彦, 益山龍雄, 荒井康裕, 山本俊至
  • Organizer: 第33回日本小児遺伝学会学術集会
  • Place of Presentation: 盛岡
  • Year and Date: 2010-04-22