2009 Fiscal Year Annual Research Report
DGGE法を用いた感染性心内膜炎の原因となる口腔フローラの網羅的解析
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21592602
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
西口 美由季 Nagasaki University, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (10253676)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤原 卓 長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (00228975)
星野 倫範 長崎大学, 病院, 講師 (00359960)
齋藤 幹 長崎大学, 病院, 助教 (40380852)
釜崎 陽子 長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (30253678)
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| Keywords | 感染性心内膜炎 / 歯科治療 / DGGE法 / 微生物群集解析 / 口腔フローラ / rodA遺伝子 / ゲノムシークエンス |
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| Research Abstract |
口腔フローラは300種を超える細菌種で構成される複雑な細菌叢である。この口腔フローラで大多数を占める種が口腔レンサ球菌と呼ばれるStreptococcus属である。この口腔レンサ球菌は常在菌で通常は強い病原性を示さないが、Streptococcus mutansのように齪蝕病原性を示したり、ミティスグループレンサ球菌のように日和見感染により亜急性感染性心内膜炎を引き起こしたりするものが含まれている。そこで本研究ではまずこれらの口腔レンサ球菌を標的として網羅的解析を行うための手法を開発することにした。また、これまで我々は細菌細胞の形態形成に関与するRod shape-determining protein遺伝子(rodA)に関する研究を行っており、このrodA遺伝子が口腔レンサ球菌をはじめとした多くの細菌が有していること、遺伝系統解析から細菌叢の網羅的解析に通常使用される16S rRNA遺伝子よりも10倍以上の多様性を有していることがわかった。そこで本年度は、rodA遺伝子の多様性に基づいた口腔レンサ球菌を検出するためのDGGE法を確立し、Journal of oral microbiology誌に報告を行った。その一方で実際に感染性心内膜炎を引き起こし、口腔由来と考えられるレンサ球菌の臨床分離株を入手出来たことからこの菌株の生化学的性状検査と16S rRNA遺伝子の決定を行って大体の菌種を推定した。また、この菌株のゲノムDNAを抽出精製し、特異的な病原遺伝子、特にDGGE法などにより心内膜炎起炎菌の検出に有効な遺伝子の特定を行うためにホールゲノムのシークエンスの決定を行うこととした。現在ドラフトシークエンスが終了し、得られたデータコンティグのアッセンブルとアノテーションの作成を行っている。今後は他のレンサ球菌ゲノムとの比較により、目的遺伝子の抽出を行っていく予定である。
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