2009 Fiscal Year Annual Research Report
大規模集団に適応できる口腔内細菌叢解析システムの構築
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21592652
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
中野 善夫 日本大学, 歯学部, 准教授 (80253459)
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| Keywords | 細菌叢 / 16S rRNA / T-RFLP |
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| Research Abstract |
本年度の計画としては、多検体ピークパターンの比較による各ピークのアラインメントを行うためのプログラム設計と、その結果を利用した相関係数行列を用いた菌種推定と構成比の計算方法の確立、およびMonte-Carlo法による菌種構成比の計算方法の開発であった。ピークの分布密度に基づくアラインメント方法の開発の結果は、その雛形となるプログラムをhttp://trf-alignment.appspot.com/にて構築した。まだ1000を越えるような解析は試みていないが、原理的には目的に叶うプログラムを開発できた。そのプログラムを用いておよそ300の唾液中の細菌叢を解析するためのサンプルのT-RFLPピークをアラインメントし、各ピークの増減のパターンを調べ、サンプル間の変動を比較するためにる総当たりの相関係数行列を計算した。その結果、同一DNA断片由来の末端の組合せを推定でき、その組合せから細菌種の推定も行えるようになった。唾液サンプルを採取したときの被験者の口臭測定データと比較し、菌叢パターンから口臭の有無を予測することが可能であるかどうかを検証し、ある程度の予測が可能であるという結果が得られた。現在、Monte-Carlo法による菌種構成比の計算方法の開発を進めているところである。
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