2010 Fiscal Year Annual Research Report
オープンサイエンスの分析と基盤的ソフトウェアの構築
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21650018
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
萩谷 昌己 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
木賀 大介 東京工業大学, 総合理工学研究科, 准教授 (30376587)
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| Keywords | オープンサイエンス / 合成生物学 / 分子計算 / データベース / オントロジー |
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| Research Abstract |
本年度は,オープンサイエンスを志向した情報システム構築を行った.情報システムは,Media Wikiを拡張することによって構築されており,インターネットにアクセス可能なコンピュータであれば,自由に閲覧・編集できるようになっている.これを基盤システムとして,はじめに化学実験に関する情報を電子的に保管するためのテンプレートの作成を行った.実験の情報は,「Material Page」「Method Page」「Result Page」に分類され,相互に関連するページは整合性を保つようにリンク付けされる.
データは電子的に保存されているため,検索性に優れており,即座に必要な情報にアクセスすることが可能である.また,前述したように各種の情報は整合性を保つ形で保存されており,どの実験結果のデータからでも元となる原データや実験プロトコルに辿りつくことができる.つまり,traceabilityを備えている.
従来の実験系研究では,全てのデータは外部に非公開の実験ノートに記載されていたため,部外者は論文に記載されている一部のデータにしかアクセスできなかった.また,実験ノートにアクセスできたとしても,各々の流儀で書かれているために検索性や可読性,traceabilityに難があったが,本システムの導入により,これらの問題が解決され,実験系研究の進展が加速されることが期待される.
また,情報システムの構築に加えて,iGEMの部門賞「Information Processing」を受賞するなど,オープンサイエンス活動に様々な観点から貢献した.
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[Journal Article] Construction of a genetic AND gate under a new standard for assembly of genetic parts2010
Author(s)
Shotaro Ayukawa, Akio Kobayashi, Yusaku Nakashima, Hidemasa Takagi, Shogo Hamada, Masahiko Uchiyama, Katsuyuki Yugi, Satoshi Murata, Yasubumi Sakakibara, Masami Hagiya, Masayuki Yamamura, Daisuke Kiga.
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Journal Title
BMC Genomics
Volume: 11(Supp14)
Pages: S16
Peer Reviewed
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