2009 Fiscal Year Annual Research Report
ウィルスとの結合親和性データあらの糖鎖プロファイルの抽出
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21650068
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
木下 聖子 Soka University, 工学部, 准教授 (50440235)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
西原 祥子 創価大学, 工学部, 教授 (00164575)
高瀬 明 創価大学, 工学部, 教授 (60236221)
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| Keywords | 機械学習 / 糖鎖構造解析 / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
次の手順で研究を進めた。
(1)CFGより、最新の糖鎖親和性情報を取得し、実験可能なウィルス情報を抽出した。
(2)取得した糖鎖親和性情報と糖鎖構造情報を処理した。特に、CFGの糖鎖構造の表記法を機械学習の入力形式に合うように変換した。
(3)フィーチャ(部分構造)選択を行った。以前開発されたα-closed frequent subtreeの手法を結合親和性を考慮するように改良し、次のステップのために最も生物学的に妥当な部分構造を選択した。これは分担研究者の西原が行った。
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