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2009 Fiscal Year Annual Research Report

ポリユビキチン鎖認識の構造生物学

Research Project

Project/Area Number 21687009
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

深井 周也  The University of Tokyo, 放射光連携研究機構, 准教授 (10361792)

Keywordsユビキチン / X線結晶構造解析 / シグナル伝達 / 生体分子 / 蛋白質 / 分子認識
Research Abstract

ユビキチン(Ub)は,酵母からヒトまで広く保存されたタンパク質であり,鎖状につながった複数個のUb(Ub鎖)がプロテアソームによるタンパク質分解のシグナルとして働くことが一般に知られている.一方,最近になって,Ub(鎖)が,タンパク質分解以外にも様々な分子シグナリングにおいて重要であることが明らかになってきている.本研究では,Ub鎖と結合タンパク質との複合体の立体構造をX線結晶構造解析によって決定し,変異体を用いた結合解析や反応速度論的解析によって,Ub鎖識別メカニズムを解明する.平成21年度は,Lys63結合型Ub鎖と特異的に結合するRap80(DNA修復関連因子)のタンデムUIM (ubiquitin interacting motif)およびTAB2/TAB3(TNF経路などの炎症シグナリングで働くシグナル分子)のNZF型zinc fingerとLys63結合型Ub鎖との複合体の結晶構造を決定し,変異体の結合解析と併せて,Lys63結合型Ub鎖認識メカニズムを解明した(Sato et al., EMBO J., 28,2461-2468,2009 ; Sato et al., EMBO J., 28,3903-3909,2009).一方,これまでLys63結合型Ub鎖に特異的に結合すると考えられていたNEMO (TAB2/TAB3と同様に炎症シグナリングで働くシグナル分子)は,むしろ直鎖型Ub鎖と強く結合することが報告されたが,我々は,Lys63結合型Ub鎖とNEMOとの複合体の結晶構造を決定することによって,Ub鎖の種類の違いに応じて結合の強弱が決まるメカニズムを明らかにした(Yoshikawa et al., FEBS Lett., 583,3317-3322,2009).これらの解析により,多様なUb鎖認識メカニズムを明らかにした.

  • Research Products

    (12 results)

All 2010 2009

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (2 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Structural insight into the membrane insertion of tail-anchored proteins by Get32010

    • Author(s)
      Yamagata, A., Mimura, H., Sato, Y., Yamashita, M., Yoshikawa, A., Fukai, S.
    • Journal Title

      Genes to Cells 15

      Pages: 29-41

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the Rho-and phosphoinositide-dependent localization of the exocyst subunit Sec32010

    • Author(s)
      Yamashita, M., Kurokawa, K., Sato, Y., Yamagata, A., Mimura, H., Yoshikawa, A., Sato, K., Nakano. A.. Fukai. S.
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology 17

      Pages: 180-186

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tuberous sclerosis tumor suppressor complex-like complexes act as GTPase-activating proteins for Ral GTPases2009

    • Author(s)
      Shirakawa, R., Fukai, S., Kawato, M., Higashi, T., Kondo, H., Ikeda, T., Nakayama, E., Okawa, K., Nureki, O., Kimura, T., Kita, T., Horiuchi. H.
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry 284

      Pages: 21580-21588

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by tandem UIMs of RAP802009

    • Author(s)
      Sato, Y., Yoshikawa, A., Mimura, H., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
    • Journal Title

      The EMBO Journal 28

      Pages: 2461-2468

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism for the definition of elongation and termination by the class 11 CCA-adding enzyme2009

    • Author(s)
      Toh, Y., Takeshita, D., Numata, T., Fukai, S., Nureki, O., Tomita, K.
    • Journal Title

      The EMBO Journal 28

      Pages: 3353-3365

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the NEMO ubiquitin-binding domain in complex with Lys 63-linked di-ubiquitin2009

    • Author(s)
      Yoshikawa, A., Sato, Y., Yamashita, M., Mimura, H., Yamagata, A., Fukai, S.
    • Journal Title

      FEBS Letters 583

      Pages: 3317-3322

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by NZF domains of TAB2 and TAB32009

    • Author(s)
      Sato, Y., Yoshikawa, A., Yamashita, M., Yamagata, A., Fukai, S.
    • Journal Title

      The EMBO Journal 28

      Pages: 3903-3909

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Lys63結合型ポリユビキチン鎖認識のメカニズム2009

    • Author(s)
      深井周也
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2009-12-10
  • [Presentation] 低分子量GTPaseによる開口放出制御の構造基盤2009

    • Author(s)
      深井周也
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • Year and Date
      2009-05-22
  • [Book] 日本結晶学会誌52巻特集構造生物学研究の新展開2010

    • Author(s)
      佐藤裕介, 深井周也
    • Total Pages
      20-24
    • Publisher
      日本結晶学会
  • [Book] 生化学81巻みにれびゅう2009

    • Author(s)
      深井周也
    • Total Pages
      815-819
    • Publisher
      日本生化学会
  • [Book] 生体の科学60巻[特集]ユビキチン化による生体機能の調節2009

    • Author(s)
      佐藤裕介, 深井周也
    • Total Pages
      593-598
    • Publisher
      金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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