2009 Fiscal Year Annual Research Report
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21700317
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
冨田 誠 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 特任教員 (20399025)
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| Keywords | 空間統計学 / 遺伝統計学 / ゲノムワイド関連解析 / 連鎖不平衡 / 集積性 / 空間疫学 / 大規模データ解析 / 時空間解析 |
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| Research Abstract |
多因子性疾患関連遺伝子の探索について、従来から用いられている連鎖解析に加え、連鎖不平衡を利用した関連解析、ハプロタイプ解析が有力な手段として注目されている。
具体的な分析方法としてDNAデータの中の代表的なSNPマーカーについて、連鎖不平衡係数などの指標によるブロックとして同定する方法、ブロック同定によりその中の代表的なマーカーを最適に選択するhtSNPsを選択する方法を開発し、シミュレーションデータやHapmap国際計画などの公開データを用いて検証し、比較した。ブロック同定については、Haploviewに含まれるGabriel法、Kamatani et al.(2004)が提案したAvi-Itzhak et al.(2003)のloss-less modeを改良した方法、我々の提案する手法の3つで比較した。Gabriel法は連鎖不平衡係数D'の信頼区間を単純に用いるため、ほかの2手法に比べると小さなブロックを同定する傾向が見られた。また、我々の手法は、Kamatani et al.(2004)の精密にハプロタイプを推定することで得られるブロック同定とほぼ同じ領域を、D'の値のみで空間集積性を解析することで得ることができた。これは計算時間を大きく短縮する利点もある。これについて、まとめたものをProceedings in Computational Statisticsに投稿し、フルペーパー査読され、採択された。
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