2011 Fiscal Year Annual Research Report
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21700317
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
冨田 誠 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (20399025)
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| Keywords | 連鎖不平衡解析 / ハプロタイプ / 空間統計手法 / 尤度比検定 / 多変量解析 / 遺伝発現モデル / LDブロック / タグSNP |
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| Research Abstract |
遺伝子多様性の研究には、多因子疾患関連遺伝子の探索を目的とした場合、従来から用いられている連鎖解析に加え、連鎖不平衡を利用した相関解析、ハプロタイプ解析が有力な手法として、世界的にも注目されている。具体的な分析方法としてDNAデータの中の代表的なSNPマーカーをブロックとして抜き出すLDブロック同定方法、LDブロック同定より代表的なマーカーを選択するhtSNP選択方法、その後のハプロタイプ・ディプロタイプ形推定、遺伝子型・ディプロタイプ形と表現型データとの関連解析について扱うことを考える。前半の同定されたLDブロックより代表的なマーカーを選択するhtSNP選択方法について空間統計手法の一つであるEchelon解析を利用し、有効なタグSNPを選択することを可能とした。また、この提案手法が既存の手法であるTaggerやloss less mode(改良版を含む)と比較しても、概ね一致した結果が得られることも確認し、これをまとめた論文が専門誌に掲載された。後者のハプロタイプ・ディプロタイプ形推定、遺伝子型・ディプロタイプ形と表現型データとの関連解析についても、QTLhaploの理論を純粋に多変量量的変量への適用を可能とし、3つの遺伝発現モデルについて、既存の手法QTLmarcと比較を行った。劣性モデル、加算モデルではもちろん、優性モデルについても設定した数個の平均ベクトルでのシミュレーションでは全て、検出力は既存の手法よりも上回った。これをまとめた論文も、計算機統計学の分野のトップジャーナルComputational Statistics and Data Analysisに掲載された。
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