2009 Fiscal Year Annual Research Report
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21700330
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
木立 尚孝 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)
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| Keywords | 進化系統樹 / Alu配列 / RNA二次構造 |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、ヒトゲノム上に大量に存在するAlu配列に対して、機能性RNA遺伝子としての進化的制約を明らかにするとともに、その過程で必要となる、クラスタリングや、RNA進化モデル構築などについて、汎用のゲノム解析ツールを作成することである。本年度は、RNA二次構造アルゴリズムを徹底的に使い、与えられたRNA配列からできる限り多種多様な情報を抽出するための基礎技術の開発を行った。その中でも、RNA分子がたがいに相互作用しやすいかどうかの指標となるアクセシビリティを計算するツールRaccessを作成し、siRNAとmiRNAのターゲット配列周辺の配列解析に応用した。その結果siRNAとmRNAの結合領域の周りでは、結合領域の下流端がアクセシブルであると、siRNAの効率が上がることが示された。RNAの二次構造解析ツールとしては、その他に、二次構造エネルギーのボルツマン分布に基づき、RNA配列の平均内部エネルギーを求めるツール(Renergy)、RNA配列の各塩基が、塩基対、ヘアピンループ、内部ループ、バルジループとなる確率を求めるツール(Rprofile)、RNA配列の塩基が一つまたは二つ変化したときの内部エネルギー及びエントロピーの変化を求めるツール(Rchange),RNA配列が与えられたときに、各配列位置のペアが、ヘアピンの一部として塩基対を組易いかどうかを求めるツール(Rhairpin)などの作成を行った。また、配列の高速クラスタリングツールとして、産総研CBRC研究者が開発中のSlideSortプログラムをAlu配列に応用するプログラムを作成した、これらの各種のツールにより、Alu配列の二次構造的特徴を非常に多様な視点からとらえられるようになり、進化的制約を明らかにする技術的な足場が整ったと考えられる。
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