2010 Fiscal Year Annual Research Report
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21700481
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| Research Institution | 財団法人京都高度技術研究所 |
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Principal Investigator |
嶋吉 隆夫 (財)京都高度技術研究所, 研究部, 副主任研究員 (60373510)
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| Keywords | 生体生命情報学 / 生理学モデル / 細胞モデル / オントロジ / アノテーション |
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| Research Abstract |
平成21年度に設計したオントロジとアノテーション方式を用いて細胞学モデルに付加される意味情報を活用して、生理学モデルの開発を知的に支援する手法について検討を行った。検討結果に基づいて,異なる研究グループにより開発された細胞モデル部品を組み合わせて細胞モデルを構築する際に,細胞モデル部品の定義に付加された意味情報と細胞モデル構造とを用いた推論により,各モデル部品に含まれる変数の同一性を判断し,変数間の参照関係を自動設定する手法を設計した.細胞モデル構築においては多くのモデル部品を既存モデルから取り込んで利用する事が一般的であり,従来は手動で取り込みモデルの変数間の参照関係を設定する必要があったが,本手法により簡便にモデル構築が可能になる.また,本設計手法のプロトタイプを,研究代表者が本課題とは別に開発している細胞モデル編集ソフトウェアCybowModellerへの機能追加として実装した.さらに,昨年度の細胞モデル記述形式に対するアノテーション方式に加えて,生理学実験プロトコル記述形式に対する意味情報のアノテーション方式を設計した.これにより,細胞モデルに対して複数の実験プロトコルを適用したシミュレーションや,異なる細胞モデルに対して同一の実験プロトコルを適用したシミュレーションか簡便に実行する事が可能になる.
また,昨年度に引き続いて,細胞生理学オントロジのスキーマ設計の改良と,登録概念の充実化を行った.本オントロジはhttp://cpo.dynabios.org/にて公開している.
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