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2011 Fiscal Year Final Research Report

Methods for detecting differentially expressed genes with reproducibility, sensitivity, and specificity from microarray data

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 21710208
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field ゲノム情報科学
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

KADOTA Koji  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)

Project Period (FY) 2009 – 2011
Keywordsバイオインフォマティクス
Research Abstract

In order to increase sensitivity, specificity, and reproducibility in microarray analyses, researchers need to select suitable combinations of preprocessing algorithms and gene ranking methods. We recommend the use of WAD for the purpose.

  • Research Products

    (17 results)

All 2012 2011 2010 2009 Other

All Journal Article (6 results) Presentation (8 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Evaluating methods for ranking differentially expressed genes applied to MicroArray Quality Control data2011

    • Author(s)
      Kadota K and Shimizu K
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics

      Volume: 12 Pages: 227

    • DOI

      DOI:10.1186/1471-2105-12-227

  • [Journal Article] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy2010

    • Author(s)
      Ishikawa K, Yoshida S, Kadota K, Nakamura T, Niiro H, Arakawa S, Yoshida A, Akashi K, Ishibashi T
    • Journal Title

      Investigative Ophthalmology & Visual Science

      Volume: 51(8) Pages: 4307-4319

    • DOI

      DOI:10.1167/iovs.09-4605

  • [Journal Article] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption2010

    • Author(s)
      Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N
    • Journal Title

      Journal of Biochemistry

      Volume: 147(2) Pages: 175-184

    • DOI

      DOI:10.1093/jb/mvp160

  • [Journal Article] Ketogenic Diet Disrupts the Circadian Clock and Increases Hypofibrinolytic Risk by Inducing Expression of Plasminogen Activator Inhibitor-12009

    • Author(s)
      Oishi K, Uchida D, Ohkura N, Doi R, Ishida N, Kadota K, Horie S
    • Journal Title

      Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology

      Volume: 29(10) Pages: 1571-1577

    • DOI

      DOI:10.1161/ATVBAHA.109.190140

  • [Journal Article] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data2009

    • Author(s)
      Ishii S, Kadota K, Senoo K
    • Journal Title

      Journal of Microbiological Methods

      Volume: 78(3) Pages: 344-350

    • DOI

      DOI:10.1016/j.mimet.2009.07.005

  • [Journal Article] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity2009

    • Author(s)
      Kadota K, Nakai Y, Shimizu K
    • Journal Title

      Algorithms for Molecular Biology

      Volume: 4 Pages: 7

    • DOI

      DOI:10.1186/1748-7188-4-7

  • [Presentation] Rでトランスクリプトーム解析, 2011年度HPCIチュートリアルセミナー2012

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      生命情報工学研究センター
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-03-09
  • [Presentation] Rによるトランスクリプトーム解析~NGS由来塩基配列データを自在に解析する~2012

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所(神奈川)
    • Year and Date
      2012-02-22
  • [Presentation] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較,新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」2010

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川)
    • Year and Date
      2010-12-28
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術~私の相場観~,日本バイオインフォマティクス学会2010

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第1部
    • Place of Presentation
      琉球大学(沖縄)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について,東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム2009

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      マイクロアレイデータ解析講習会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京)
    • Year and Date
      20091120-24
  • [Presentation] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺2009

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
    • Place of Presentation
      東京大学(東京)
    • Year and Date
      2009-10-21
  • [Presentation] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン2009

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      東京大学ILSI Japan寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
    • Place of Presentation
      東京大学(東京)
    • Year and Date
      2009-05-13
  • [Presentation] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

    • Author(s)
      門田幸二
    • Organizer
      基礎生物学研究所バイオインフォマティクス・トレーニングコース2009
    • Place of Presentation
      基礎生物学研究所(愛知)
  • [Book] Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I : Metagenomics and complementary approaches2011

    • Author(s)
      Ishii S, Kadota K, Senoo K
    • Total Pages
      67-73
    • Publisher
      Wiley-Blackwell
  • [Book] データ解析総論,バイオチップ実用化ハンドブック2010

    • Author(s)
      門田幸二
    • Total Pages
      103-114
    • Publisher
      NTS
  • [Remarks] 研究代表者ホームページ

    • URL

      http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

URL: 

Published: 2013-07-31  

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