2010 Fiscal Year Annual Research Report
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21710212
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| Research Institution | Ritsumeikan University |
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Principal Investigator |
奥田 修二郎 立命館大学, 生命科学部, 助教 (00512310)
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| Keywords | メタゲノム / 環境 |
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| Research Abstract |
JGIの提供するメタゲノムデータベースであるIMG/M(http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi)から60のメタゲノムサンプルを取得した。その遺伝子情報を、KAAS(http://www.genome.ad.jp/tools/kaas/)により自動アノテーションを行うことで、各遺伝子にKEGGオーソロジー(KO)に基づいた機能カテゴリを割りつけた。各サンプルにおけるKOのリストから、KEGGで提供されるPATHWAY、MODULE、BRITEなどの各データベースにマッピングを行った。また、このマッピングの過程を、メタゲノムのデータ用に、ある閾値以上のカバレッジで、各要素を推測できるシステムとなるようプログラムを開発した。また、MODUKEデータベースにおいては、隣接するモジュール構造を定義し、得られたサンプルデータ内で、隣接するモジュールがどの程度存在するかを推測するシステムを開発した。これにより、生体内パスウェイの機能単位であるモジュールの有無だけでなく、その連結性も評価できるようになった。ランダムに遺伝子あるいはゲノム全体を取り出し、再構築したモデルと、実際のメタゲノムのデータを比較したところ、メタゲノムデータにおけるモジュールの連結性が、ランダムモデルにおける、高連結な組み合わせの場合に近いと言う結果を得た。これは、環境微生物の化学物質を介した相互作用を示唆しているものと考えられる。
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