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2011 Fiscal Year Annual Research Report

腐性ブドウ球菌に存在する唯一の接着因子UafAの構造機能解析

Research Project

Project/Area Number 21770101
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

田中 良和  北海道大学, 創成研究機構, 特任助教 (20374225)

Keywords結晶構造解析 / 腐性ブドウ球菌 / 接着因子
Research Abstract

腐性ブドウ球菌は尿路感染症の主要な原因菌であり,若年女性の尿路感染症の15%程度が腐性ブドウ球菌により引き起こされている.『女性の60%以上が一生に1回以上尿路感染症を発症する』という統計を考慮すると,腐性ブドウ球菌に関する基礎研究は社会的要請の高いものであるといえる.病原性細菌が感染する際,ホスト細胞への接着は感染の成否を決定する重要な過程となる.ブドウ球菌属の細菌は,細胞表面に存在する接着因子蛋白質を用いてホスト細胞に定着するが,腐性ブドウ球菌には1種類の接着因子(uro-adherence factor A;UafAと略)しか存在しない.これは,尿路という激しく尿が流動する過酷な環境下において,腐性ブドウ球菌がUafAのみを用いてホスト細胞に定着することを示唆しており,非常に興味深い.本研究では,X線結晶構造解析により,UafAによるリガンド認識機構を解明する.
前年度までに,N2,N3とBドメインがリガンド分子との結合に重要であるということが提案された.今年度は,リガンド候補分子の一つである,コレステロール分子との共結晶の構造解析を行い,ドメイン間の領域に有為な電子密度を確認した.より明瞭なマップを得るために,シクロデキストリン存在下で高濃度のコレステロールを共存させて共結晶を作製したが,依然として電子密度は不明瞭で,モデルを構築することはできなかった.コレステロールは非常に疎水性が高い分子であるため,親水性の官能基が導入されたコレステロール誘導体でも同様の実験を行ったが,結果はいずれも同じであった.

  • Research Products

    (10 results)

All 2012 2011

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA2011

    • Author(s)
      Futao Yu, Yoshikazu Tanaka, Keitaro Yamashita, Takeo Suzuki, Akiyoshi Nakamura, Nagisa Hirano, Tsutomu Suzuki, Min Yao, and Isao Tanaka
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 108 Pages: 19593-19598

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus and its complex with tRNA2011

    • Author(s)
      Futao Yu, Yoshikazu Tanaka, Shiho Yamamoto, Akiyoshi Nakamura, Shunsuke Kita, Nagisa Hirano, Isao Tanaka, and Min Yao
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: F67 Pages: 685-688

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of the Octameric Pore of Staphylococcal γ-hemolysin Reveals the β-barrel Pore Formation Mechanism by Two Components2011

    • Author(s)
      Keitaro Yamashita, Yuka Kawai, Yoshikazu Tanaka, Nagisa Hirano, Jun Kaneko, Noriko Tomita, Makoto Ohta, Yoshiyuki Kamio, Min Yao, Isao Tanaka
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 108 Pages: 17314-17319

    • DOI

      10.1073/pnas.1110402108

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Basis of Recognition of Antibacterial Porphyrins by Heme-Transporter IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus2011

    • Author(s)
      Yoshitaka Moriwaki, Jose M.M.Caaveiro, Yoshikazu Tanaka, Hiroshi Tsutsumi, Itaru Hamachi, Kouhei Tsumoto
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Pages: 7311-7320

    • DOI

      10.1073/pnas.1110402108

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Mutational Analyses of the Receptor Binding Domain of Botulinum D/C Mosaic Neurotoxin : Insight into the Ganglioside Binding Mechanism2011

    • Author(s)
      Nuemket Nipawan, Yoshikazu Tanaka, Kentaro Tsukamoto, Takao Tsuji, Keiji Nakamura, Shunji Kozaki, Min Yao, Isao Tanaka
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communication

      Volume: 411 Pages: 433-439

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Crystal structure of pore-forming toxin from Staphylococcus aureus-An example of the utility of crystal structure analysis-2012

    • Author(s)
      Yoshikazu Tanaka, Keitaro Yamashita, Yuka Kawai, Jun Kaneko, Noriko Tomita, Makato Ohta, Yoshiyuki Kamio, Min Yao, Isao Tanaka
    • Organizer
      Japan-Australia Symposium on Plant Sciences for Agriculture (JAS2012)
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      2012-01-20
  • [Presentation] Thermus thermophilus由来ジヒドロウリジン合成酵素とtRNA複合体の結晶構造解析2011

    • Author(s)
      田中良和, Yu Futao, 山下恵太郎, 鈴木健夫, 中村彰良, 平野なぎ沙, 鈴木勉, 姚閔, 田中勲
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      北海道
    • Year and Date
      2011-11-25
  • [Presentation] Crystal Structure of the Octameric Pore of Staphylococcal gamma-hemolysin2011

    • Author(s)
      Yoshikazu Tanaka, Keitaro Yamashita, Yuka Kawai, Nagisa Hirano, Jun Kaneko, Noriko Tomita, Makato Ohta, Yoshiyuki Kamio, Min Yao, Isao Tanaka
    • Organizer
      The Eighth International Conference on Flow Dynamics (ICFD2011)
    • Place of Presentation
      宮城県
    • Year and Date
      2011-11-10
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来巨大蛋白質Ebhの全体構造に関する研究2011

    • Author(s)
      田中良和
    • Organizer
      日本化学会東北支部化学系学協会東北大会
    • Place of Presentation
      宮城県
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Crystal structure of dihydrouridine synthase in complex with RNA reveals its tRNA recognition and reaction mechanisms2011

    • Author(s)
      Yoshikazu Tanaka, Futao Yu, Keitaro Yamashita, Akiyoshi Nakamura, Takeo Suzuki, Tsutorou Suzuki, Min Yao, Isao Tanaka
    • Organizer
      The 16th Annual Meeting of the RNA Society (Kyoto)
    • Place of Presentation
      京都府
    • Year and Date
      2011-06-17

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Published: 2013-06-26   Modified: 2019-06-06  

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