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2009 Fiscal Year Annual Research Report

階層縦断的な蛋白質ネットワーク解析技術の構築

Research Project

Project/Area Number 21770174
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

上久保 裕生  Nara Institute of Science and Technology, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)

Keywordsクラスリン被覆小胞輸送 / X線溶液散乱 / ドメイン配置構造
Research Abstract

本申請研究では、X線溶液散乱測定法を活用することで、「構成要素である蛋白質(ドメイン)の状態変化」、及び、「蛋白質集団の性質を決定する蛋白質の離合集散過程」を構造学的に解析し、これらの事象を互いに関連づけることで、階層縦断的に蛋白質ネットワークシステムの理解を目指している。
これまで、ヒト由来のクラスリン被覆小胞輸送に関与するアダプター蛋白質(GGA)をモデル系として、研究を行ってきた。GGAは本来、3つのドメインからなるマルチドメイン蛋白質である。しかしながら、精製上の問題から、N末端に存在する2つのドメインからなるGGA断片使用せざるを得なかった。近年、DroshophilaからもGGA類似蛋白質が存在することが明らかとなり、全長での解析を進めるために、Drosophila由来の全長GGAの発現系を構築し、精製条件の検討を行った。その結果、GST融合蛋白質として発現し、GSTカラムを用いて精製後、PreScission Proteaseを用いた限定分解の結果、800mlあたり、数mgの全長GGAを精製することに成功した。
動的光散乱測定を行った結果、単量体で存在していることが示唆され、今後は、全長GGA蛋白質を用いた検証実験を展開していく。

  • Research Products

    (22 results)

All 2010 2009

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (16 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Non-local interaction responsible for the tertiary structural formation of Staphylococcal nuclease.2010

    • Author(s)
      S.Kato, H.Kamikubo, S.Hirano, Y.Yamazaki, M.Kataoka
    • Journal Title

      Biophys.J. 98

      Pages: 678-786

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of conformational states on protein dynamical transition.2010

    • Author(s)
      H.Nakagawa, H.Kamikubo, M.Kataoka
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta 1804

      Pages: 27-33

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-assembling Formation and Enhanced Magnetic Properties of Three-dimensional Super-lattice Structures Composed of Cube-and Sphere-shaped EuS nanocrsytals2010

    • Author(s)
      Atsushi Tanaka
    • Journal Title

      Chemistry of Materials (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-aggregation of magnetic semiconductor EuS nanocrystals.2009

    • Author(s)
      A.Tanaka, Y.Hasegawa, H.Kamikubo, M.Kataoka, T.Kawai
    • Journal Title

      Thin Solid Films 518

      Pages: 870-872

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 中性子結晶構造解析による蛋白質分子内プロトン移動機構の解明2010

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      茨城県中性子利用促進研究会
    • Place of Presentation
      リコッティ
    • Year and Date
      2010-03-25
  • [Presentation] 分子内プロトン移動:Photoactive Yellow Proteinの水素結合構造から何がわかるのか2010

    • Author(s)
      上久保裕生、山口繁雄、片岡幹雄
    • Organizer
      分子研研究会 広がるロドプシンの仲間から何がわかるのか、何をもたらすのか
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2010-03-24
  • [Presentation] 中性子結晶構造解析による蛋白質中の「低障壁」水素結合の発見2009

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      第9回日本中性子科学会年会
    • Place of Presentation
      茨城
    • Year and Date
      20091209-20091211
  • [Presentation] Low barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein and its role in photoreaction2009

    • Author(s)
      S.Yamaguchi, H.Kamikubo, M.Kataoka
    • Organizer
      The 1st NCTU-NAIST workshop on "Molecular/Nano Science"
    • Place of Presentation
      新竹(台湾)
    • Year and Date
      20091111-20091113
  • [Presentation] Rc-PYPと相互作用タンパク質を用いた酵素活性の光制御系の作製2009

    • Author(s)
      久保晴政
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rhodobacter capsulatus由来PYPの相互作用様式の解析2009

    • Author(s)
      山崎洋一
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Rc-PYPの低温分光2009

    • Author(s)
      濱祐口也
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] キメラを用いたPhotoactive Yellow Proteinの研究2009

    • Author(s)
      松本啓佑
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Staphylococcal nucleaseアラニン挿入変異体の結晶学的研究2009

    • Author(s)
      吉岡紘志
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] エレメント置換による蛋白質の機能獲得の試み2009

    • Author(s)
      小賀坂彰浩
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] アゾベンゼンを用いた構造エレメントのモジュレーション2009

    • Author(s)
      齊藤謙介
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 誘導折り畳み反応のΦ値解析:スタフィロコッカルヌクレアーゼ変異体の誘導折り畳み反応におけるリガンド結合の役割2009

    • Author(s)
      鬼塚正義
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 電子常磁性共鳴分光法による天然変性Staphylococcal nuclease変異体の構造解析2009

    • Author(s)
      澤田宏起
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析法を用いたジヒドロ葉酸還元酵素の機能発現および構造形成領域の抽出2009

    • Author(s)
      芝るみ
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析によるHuman p100 SNase様ドメインの構造形成に関わる領域の抽出2009

    • Author(s)
      小川洋子
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] イェロープロテインの低障壁水素結合の形成とその役割2009

    • Author(s)
      片岡幹雄、上久保裕生、山口繁生
    • Organizer
      第36回生体分子化学討論会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20090619-20090620
  • [Book] 中性子回折の基礎と応用(応用11)(フォトアクティブイェロープロテインの中性子結晶構造解析)2010

    • Author(s)
      上久保裕生、山口繁生、片岡幹雄
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      日本アイソトープ協会RADIOISOTOPES
  • [Book] Water and Biomolecules(eds.by K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka and M.Terazima, Structure of the photointermediate of photoactive yellow protein and the propagataion mechanism of structural change.)2009

    • Author(s)
      M.Kataoka, H.Kamikubo
    • Total Pages
      12

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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