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2010 Fiscal Year Annual Research Report

階層縦断的な蛋白質ネットワーク解析技術の構築

Research Project

Project/Area Number 21770174
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)

Keywordsクラスリン被覆小胞輸送 / X線溶液散乱 / ドメイン配置構造
Research Abstract

本申請研究では、X線溶液散乱測定法を活用することで、「構成要素である蛋白質(ドメイン)の状態変化」、及び、「蛋白質集団の性質を決定する蛋白質の離合集散過程」を構造学的に解析し、階層縦断的に蛋白質ネットワークシステムの理解を目指して研究を行ってきた。
申請者は、クラスリン被覆小胞輸送に関与するアダプター蛋白質GGAに注目し研究を行ってきた。GGAは3つのドメインからなるマルチドメイン蛋白質であり、ドメインごとに固有の機能を有しおり、ドメイン間の連動性を明らかにすることは、クラスリン被覆小胞輸送を理解する上で本質的である。先の研究では、ヒト由来GGAを用い研究を行ってきたが、全長蛋白質が不安定であるために、N末端に存在する2つのドメインのみを含む断片を使わざるを得なかった。しかし、切断部位には、N末端ドメインの機能制御に関与する配列が存在することが知られており、全長での研究を行う必要があった。昨年度は、Droshophila由来のGGA(DroGGA)の発現・精製を試み、その結果、全長DroGGAを安定に調製することに成功した。本年度は、全長DroGGAを用い、N未端ドメインへの結合因子添加に伴う溶液構造変化、並びに、リンカー領域がN末端ドメインに及ぼす影響について、X線溶液散乱測定、並びに、動的光散乱測定によって解析した。この結果、以下の知見が得られた。・DroGGAの3つのドメインは、相互作用蛋白質存在下で、互いに接触し、全体としてコンパクトな構造をとっている。・N未端ドメインに対する相互作用蛋白質存在下では、その結合により、3つのドメインが離散した構造をとる。DroGGA内部に存在する、N末端ドメイン結合領域は、他のDroGGAのN末端ドメインと分子間で相互作用を形成し、その結果、DroGGA多量体を形成する。・分子会合は、N末端ドメイン相互作用蛋白質存在下で可逆的に融解する。以上の結果から、GGAが関与する、あらたな蛋白質の離合集散制御機構が明らかとなり、GGAによるクラスリン被覆小胞形成機構の一端を解明することができた。

  • Research Products

    (32 results)

All 2011 2010

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (24 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Systematic alanine insertion reveals the essential regions that encode structure formation and activity of dihydrofolate reductase2011

    • Author(s)
      Rumi Shiba
    • Journal Title

      BIOPHYSICS

      Volume: 7 Pages: 1-10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of conformational states on protein dynamical transition2010

    • Author(s)
      Hiroshi Nakagawa
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta

      Volume: 1804 Pages: 27-33

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Non-local interaction responsible for the tertiary structural formation of Staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Shingo Kato
    • Journal Title

      Biophys.J.

      Volume: 98 Pages: 678-786

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-Assembly and Enhanced Magnetic Properties of Three-dimensional Superlattice Structures Composed of Cube- and Sphere-Shaped EuS Nanocrsytals2010

    • Author(s)
      Atsushi Tanaka
    • Journal Title

      Chem.Mat.

      Volume: 22 Pages: 1776-1781

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix2010

    • Author(s)
      Shun Hirota
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 107 Pages: 12854-12859

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Size-controlled aggregation of cube-shaped EuS nanocrystals with magneto-optic properties in solution2010

    • Author(s)
      Atsushi Tanaka
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 27 Pages: 104-108

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] フォトアクティブイェロープロテインの中性子結晶構造解析2010

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Journal Title

      RADIOISOTOPES

      Volume: 59 Pages: 289-297

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Fluctuation controls enzymatic activity of Staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-12-01
  • [Presentation] Classification of the functional element of dihydrofolate reductase by the systematic alanine insertion2010

    • Author(s)
      Rumi Shiba, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-12-01
  • [Presentation] FRET analysis of structural changes in staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Yusuke Kishi, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-12-01
  • [Presentation] Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix2010

    • Author(s)
      Zhonghua Wang, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-12-01
  • [Presentation] The investigation of the relationship between non-local interaction and the effect of single alanine insertion in staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Hiroki Sawada, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-11-30
  • [Presentation] Measurements of loop formation in the denatured state of staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Mariko Yamaguchi, et al.
    • Organizer
      The 4th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2010-11-30
  • [Presentation] Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix2010

    • Author(s)
      Shun Hirota, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] A case of EspB from enterohaemorrhagic Escherichia coli2010

    • Author(s)
      Daizo Hamada, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Property of a structural element of SNase-like domain in human p1002010

    • Author(s)
      Yoko Ogawa, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] The investigation of the relationship between non-local interaction and the effect of single alanine insertion in staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Hiroki Sawada, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] FRET analysis of structural changes in Staphylococcal nuclease2010

    • Author(s)
      Yusuke Kishi, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Solution structure of the light sensor histidine kinase of Ppr comprised of the PYP and Bph domains2010

    • Author(s)
      Junko Miura, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] Solution structural analysis of Drosophila GGA2010

    • Author(s)
      Maiko Naruse, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] Analysis of solution state of the interaction protein of Rc-PYP2010

    • Author(s)
      Miki Hayashi, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] The role of each residue in the flexible Ω loop of Staphylococcal nuclease on the catalytic activity2010

    • Author(s)
      Changjun Ahn, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] Classification of the functional element of dihydrofolate reductase (DHFR) by the systemic alanine insertion2010

    • Author(s)
      Rumi Shiba, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] Synthesis of an artificial enzyme by implanting the functional elements of SNase2010

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] Urea denaturation of staphylococcal nuclease monitored by tryptophan-cysteine distance2010

    • Author(s)
      Mariko Yamaguchi, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] Substitution effects of basic residues in the photoactive yellow protein of Rhodobacter caplsulatus2010

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] Photoactive Yellow Proteinにおける発色団の機能変調2010

    • Author(s)
      山崎洋一, et al.
    • Organizer
      第16回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      2010-08-11
  • [Presentation] The effect of alanine insertion mutation for folding process.2010

    • Author(s)
      Hiroki Sawada, et al.
    • Organizer
      The 4th Shanghai International Conference on Biophysics and Molecular Biology
    • Place of Presentation
      Shanghai-Jiashan, China
    • Year and Date
      2010-08-09
  • [Presentation] Extraction of the regions encoded foldability and/or functionability from dihydrofolate reductase by the systematic alanine insertion2010

    • Author(s)
      Rumi Shiba, et al.
    • Organizer
      The 4th Shanghai International Conference on Biophysics and Molecular Biology
    • Place of Presentation
      Shanghai-Jiashan, China
    • Year and Date
      2010-08-09
  • [Presentation] 精子由来蛋白質IZUMO,その構造と受精膜融合での役割2010

    • Author(s)
      萩原義久, et al.
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2010-06-18
  • [Presentation] 網羅的アラニン挿入変異解析法を用いたジヒドロ葉酸還元酵素の機能発現及び構造形成領域の抽出2010

    • Author(s)
      芝るみ, et al.
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Book] 入門 構造生物学(編集:加藤龍一 2章3節X線溶液散乱)2010

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2012-07-19  

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