2009 Fiscal Year Annual Research Report
複雑な大規模生命科学データを用いた進化解析のための情報処理技術開発
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21810005
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Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
岩崎 渉 The University of Tokyo, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (50545019)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 系統樹 / 巡回セールスマン問題 / セントロイド / 車輪樹法 / グラフクラスタリング / ネットワーク / テキストマイニング |
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| Research Abstract |
本研究計画では,グラフや自然言語などの形で複雑な情報を記述する大規模な生命科学データが蓄積されつつあることを背景に,これらのデータを系統関係を考慮した生物種横断的な解析に用いるための基盤技術を開発することを目的としている.具体的には,(1)系統トポロジーの曖昧性を考慮した進化系統表現法の開発(2)複雑なグラフ構造をマルチスケールかつインタラクティブに解析するための手法開発(3)進化系統関係と論文情報とを用いた遺伝子-表現型関係の網羅的取得の3つのサブテーマに取り組んでいる.平成21年度の成果は以下のとおりである.
(1)について,系統トポロジーの曖昧性を考慮しつつ,進化系統関係を偏りなく・直感的に・かつ効率的に描くための手法「車輪樹法」の開発に成功した.本手法はバイオインフォマティクス研究者のみならず進化系統学の専門家にも高く評価され,進化系統学分野の権威ある雑誌への採録が決定している.また(2)については,生命科学分野における巨大なグラフ・ネットワークデータを,超高速な階層的グラフクラスタリングアルゴリズムに基づいてウェブ上の地図サービスのように自由にズーム・平行移動できるソフトウェアの開発に成功し,近日中に論文投稿予定である.引き続きサブテーマ(3)について研究を進めていく予定である.
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